1. Atelier
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spécialisés par discipline »
PubMed
Dernière mise à jour : 16/02/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie
2. Base de données spécialisée : PubMed
1. PubMed et Medline
2. Le thésaurus MeSH
3. Recherche MeSH à
partir de l’interface
NLM
4. Exploitation des
résultats
5. Recherche avancée
6. Le compte MyNCBI
Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr
3. PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/
NLM (National Library of Medecine) et NIH (National
Institutes of Health)
Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie,
sciences chimiques, bio ingénierie, principalement
Medline + autres références (articles non encore indexés par
la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed
Central)
Plus de 22 millions de notices
Remonte à 1946
Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project,
PubChem, etc.
1. PubMed et Medline
4. 1. PubMed et Medline
Jubil >
Ressources en
lignes > Les
bases de
données
5. 1. PubMed-UPMC
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais PubMed-UPMC, accessible
depuis Jubil et sur
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib,
vous permet d’afficher le
bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC
6. 1. Liste de résultats PubMed-UPMC
Le mode
d’affichage
Abstract permet
d’afficher dès la
liste de résultats
le bouton SFX
7. 1. Principales fonctionnalités de PubMed
Interface de recherche
• Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH
• Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc.
• Opérateurs : AND, OR, NOT
• Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge,
humains/animaux, etc.
• Recherche avancée
› Search builder : construire une équation de recherche en combinant
des champs
› Search history : historique des recherches
Résultats
• Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.)
• Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder,
imprimer, etc. - valide 8 heures
• Search details : détails sur la recherche en cours
9. 2. Le thésaurus MESH
Les articles sont indexés avec un système de
mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
MeSH pour Medical Subject Headings
Intérêt du MeSH :
• gère les synonymes (Trisomy 21 = Down
Syndrome = Mongolism)
• permet de chercher sur le sujet seulement
des articles (ex: revue Cell/docteur Cell)
• permet de réaliser des recherches fines, en
allant du général au particulier
10. 15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals
and drugs, etc.
Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B
pour organisms, C pour disease
Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées
par la lettre de la branche principale + 1 chiffre
2. Le thésaurus MESH
11. 2. Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH
On part du +
général pour
arriver au +
précis
12. 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs
arborescences
13. Sans MeSH : Mapping
PubMed cherche automatiquement une
correspondance avec le terme recherché :
• dans le MeSH,
• puis dans l’index des titres de revue,
• puis dans l’index des auteurs.
La recherche est lancée en + dans tous les
champs (résumé, auteur, etc.).
2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH
Sans utiliser le MeSH
En utilisant le MeSH
Avec MeSH
PubMed cherche uniquement dans les
mots-clé MeSH attribués par les
documentalistes de la NLM.
16. 3. Détail d’un terme MeSH
Terme et champ
d’application
Qualificatifs
possibles
Explosion et pondération
Synonymes
Termes associés
Hiérarchie
Permettent
de préciser
la
recherche
17. Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains
aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect
microbiologique, Aspect radiographique).
En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de
qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être
qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être
par + de 45 termes.
Appliquer des qualificatifs
• à partir du MeSH
• syntaxe descripteur/qualificatif
ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh]
• code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner
avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non)
ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]
3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs
18. Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats
inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de
recherche
Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats
rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence
Désactiver l’explosion
• à partir du MeSH
• en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]
3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion
19. La pondération permet de restreindre la recherche aux références
dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article
Appliquer la pondération
• à partir du MeSH
• en utilisant le code [majr]
• en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le
code [majr:noexp]
3. Détail d’un terme MeSH : la pondération
20. 3. Recherche MeSH - interface NLM
2
1
1
2
Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion,
combiner des termes
Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou
avec pondération
23. 4. Changer d’affichage
• Par défaut : Summary
= auteurs + titre +
PMID + niveau
d’indexation
• Abstract : résumé +
bouton SFX
24. 4. Affiner les résultats avec les filtres
• Seuls les filtres
pertinents (i. e.
s’appliquant aux
résultats de la liste) sont
proposés.
• Les filtres sont actifs
pour toutes les
recherches tant qu’ils
n’ont pas été supprimés
Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles
disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles
pour lesquels une version en ligne existe
25. 4. Sauvegarder les résultats de sa
recherche dans PubMed : RSS
Créer un flux RSS
sur une requête
26. 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans
PubMed : export d’un fichier de références
27. 5. Recherche
avancée
5.1 Search builder et
Search history
5.2 La recherche par sujet
au-delà du MeSH : le
langage naturel pour une
recherche exhaustive
5.3 L’interface Cismef pour
construire une requête en
MeSH et en langage
naturel
Par : AdvancedPhotonSource - BY-NC-SA - http://flic.kr/p/a3ZPPQ
29. 5.1 Search builder
choix du critère de recherche
choix de
l’opérateur
booléen
1
3
2
envoi
automatique
vers la
fenêtre de
recherche accès aux
index
Search = lancer la recherche
Add to history = ajouter à l’historique de recherche,
pour combiner la requête avec une autre
30. 5.1 Search history
Historique automatique, conservé 8 heures
Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder
Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes
31. 5.2 Pourquoi le langage naturel?
• Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés
en MeSH, notamment les articles les plus récents
• Tous vos mots-clé n’ont pas d’équivalent MeSH
en cours d’indexation
Pas encore paru en
imprimé
32. 5.2 Interroger PubMed en langage naturel
2 vidéos de la Bibliothèque de médecine de Yale
• Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #4:
Building Search Strategies (Part I) : interroger PubMed en MeSH
• Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #5:
Building Search Strategies (Part II) : interroger PubMed en langage naturel
Recourir aux opérateurs de recherche
• Opérateurs booléens et parenthèses
• Seul caractère de remplacement = troncature = *
• Guillemets « » pour rechercher une chaîne de caractère
• NB les guillemets désactivent le mapping (i. e. recherche de
correspondances dans le MeSH
Penser aux synonymes et aux variantes (graphies
alternatives)
33. 5.2 Interroger PubMed en langage naturel
Sur quels champs faire porter la requête?
Title/Abstract [TIAB]
Words and numbers included in a citation's title, collection title, abstract, and other abstract. English
language abstracts are taken directly from the published article. If an article does not have a published
abstract, NLM does not create one.
Text Words [TW]
Includes all words and
numbers in the title, abstract,
other abstract, MeSH terms,
MeSH Subheadings,
Publication Types, Substance
Names, Personal Name as
Subject, Corporate Author,
Secondary Source,
Comment/Correction Notes,
and Other Terms (see Other
Term [OT] above) typically
non-MeSH subject terms
(keywords), including NASA
Space Flight Mission, assigned
by an organization other than
NLM.
34. [TIAB] = champs titre et résumé
NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) =
exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc
indexé en MeSH, et les articles les + anciens,
non indexés en MesH
5.2 Exemple de recherche en langage naturel
Construire une équation de recherche, en
utilisant tous les synonymes (Entry terms)
du terme MeSH retenu
Objectif :
rechercher
uniquement
les articles
les plus
récents
36. 5.3 L’interface CISMEF : pourquoi?
L’interface du CISMEF
permet d’interroger la
traduction française du
Mesh et de lancer
directement dans
PubMed une requête
combinant interrogation
en MeSH et en langage
naturel.
38. 5 Exemple de stratégie de recherche
Source : PhD on track - CC BY-NC-SA
39. 6. Compte My NCBI
Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche
Personnaliser l’interface
Définir des filtres sur les résultats de recherche
Par Edwård Source Flickr
40. 6. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées
Alerte par courriel
Nouveaux
résultats
correspondant à la
requête
41. 6. Compte My NCBI : filtrer les résultats
LinkOut : liens à d’autres bases, au
texte intégral, etc.
Properties : dates, limites PubMed,
etc.
Links : liens vers PubMed Central et
ressources NCBI, etc.
Create custom filter : créer un filtre à
partir d’une requête
42. ifrhplib : articles
parus dans des
revues accessibles
via l’APHP
ifrbinslib :
articles parus dans
des articles
accessibles sur
biblioInserm
6. Compte My NCBI : filtres d’accès
43. JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via
les abonnements de la BUPMC
6. Compte My NCBI : filtres d’accès
Revues en ligne signalées
dans PubMed et faisant
partie des abonnements
de la BUPMC :
Revues imprimées signalées
dans PubMed et faisant
partie des abonnements
de la BUPMC :
Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX :
privilégiez ce dernier pour l’accès au texte
intégral (et aux autres services qu’il propose)
44. 6. Compte My NCBI : filtres Properties
Possibilité
d’utiliser
simultanément
15 filtres
maximum sur
PubMed
45. 6. Compte My NCBI : paramétrer l’interface
Affichage des résultats de recherche
Auto-
complétion
Etape 1 : concepts et mots-clefs ( ~ X min) Le MeSH comprend 83 qualificatifs (début 2008). Lors d’une recherche avec le MeSH dans PubMed et MedLine , il est possible d’ajouter un qualificatif au mot-clef choisi pour en préciser le sens d'un point de vue conceptuel. La syntaxe à utiliser dans ce cas est la suivante : termeMeSH/qualificatif. Il est possible de préciser la requête en indiquant de restreindre la recherche du mot-clef et du qualificatif dans le sujet principal des documents. La formule a utiliser est : termeMeSH/qualificatif[majr]. Pour que les mots-clefs soient cherchés dans tous les sujets, la syntaxe a utiliser est similaire : termeMeSH/qualificatif[mh]. Attention comme toujours lors de l’interrogation de MedLine avec PubMed les recherches sont explosées. Pour supprimer cette explosion, et faire en sorte que la recherche porte sur le sujet principal des documents, la syntaxe a utiliser est la suivante : termeMeSH/qualificatif[majr:noexp]. Pour supprimer l’explosion mais conduire la recherche dans tous les sujets du document, la syntaxe est analogue : termeMeSH/qualificatif[mh:noexp].