This is a manual of AutoDock & AutoDockTools in Japanese. Autodock is a molecular docking simulation software. AutoDock & AutoDockToolsに関する日本語マニュアルです。Autodockは、主にタンパク質-低分子化合物の複合体予測を行うソフトウェアです。

1. 120704 ver. 1.0
Presented by Satoshi Kume, Osaka Pref. Univ.
How to use AutoDock 4.2 on Mac
1. Auto Dock (http://autodock.scripps.edu/)と MGL Tools (http://mgltools.scripps.edu/)を ダ
ウンロードする。
2. MGL Tools の AutoDock Tools を 起 動 す る 。
3. Protein Data Bank(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)よ り PBD フ ァ イ ル を 取 得 す る 。
3. Protein と Ligand の PDB フ ァ イ ル か ら PDBQT へ 変 換 す る 。
PDBQT ファイルは、原子電荷と Torsion の定義を付け加えた PDB ファイルである。
a. Process for Protein
File → Read Molecule → Open PDB file (Check Ribon.)
Edit → Hydrogens → add → Polar only → OK.
Edit → Charges → Compute Gasteiger → OK
(Edit → Hydrogens → Merge Non-Polar)
(Edit → Atoms → Assign AD4 type)
File → save → Write PDBQT (or Grid → Macromolecule → Choose 同じ PDB file → Save
PDBQT)
Edit → Delete → All molecules
b. Process for Ligand
Ligand → input → open Ligand PDB File
Ligand → Torsion Tree → Direct Root
Ligand → Torsion Tree → Choose Torsions → Done
Ligand → Output → save as PDBQT
Edit → Delete → All molecules
4. Protein の flexible residues を 設 定 す る 。
Flexible Residues → Input → Open PDBQT file
flexible にしたい Amino acid residues の Sel.(select)を選択する(less than 32 residues)。
flexible Residues → Choose Torsions in Currently Selected → Residues → OK
flexible Residues → Output →
Save Flexible PDBQT or Save Rigid PDBQT
Edit → Delete → All molecules
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2. 5. GridBox を 設 定 す る 。
Grid → Micromolecules → Open PBDQT file
Grid → Set Map Types → Open ligand PDBQT file
Grid → Grid Box → Grid Box の設定 → File → close saving current
Grid → output → Save GPF
6. Run AUTOgrid
すべて同じ File 内で行う。
RUN → AUTOgrid4
Program Pathname → universal darwin10 の AUTOgrid4 を選択
Parameter Filename → gpf file
Log Filename → glg file
ターミナルを起動 → bash を起動する
PDBQT のある File まで移動して、CMD コードを貼付け、Enter
Map file ができる。
Edit → Delete → All molecules
7. Docking パ ラ メ ー タ を 設 定 す る 。
Docking → Macromolecules → Set Rigid Filename → PDBQT File of Protein
Docking → Ligand → Open PDBQT File of ligand → Accept
Docking → Search Parameters → Genetical Algoritm Parameters → Number of GA Runs ≥ 200,
Maximum Number of generation: 270000 → Accept
Docking → Docking Parameters → Accept
Docking → Output → Lamarckian GA
8. RUN AUTODOCK4
RUN → RUN AUTODOCK4
Program Pathname → universal darwin10 の AUTODOCK4 を選択
Parameter Filename → dpf file
Log Filename → dlg file
ターミナルを起動 → bash を起動する
PDBQT のある File まで移動して、CMD コードを貼付け、Enter
アクティビティモニタで Autodock の動作を確認。
MGL Tools、及び X11 は消しても大丈夫。
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3. 9. Docking Data Analysis
AutoDock Tools) Analyze → Docking → Open DLG file
Open PDBQT file of Protein
Analyze → Clustering → Show
(Xterm → cd file → less DLG file → /Rank → /number / → control + Z)
10. Pymol で の Docking フ ァ イ ル の 作 成 ~ dlg フ ァ イ ル を pdb フ ァ イ ル へ 変 換 ~
Terminal) cd docking file
Terminal) grep '^DOCKED' ???.dlg | cut -c9- > ???.pdbqt
Terminal) cut -c-66 ???.pdbqt > ???.pdb
Terminal) less ???.dlg
Pymol) File → Open PDB file of Ligand Docking
Pymol) File → Open PDB file of Protein
追記
11. リ ガ ン ド pdb フ ァ イ ル の 作 製
⑴Chemskech software でリガンドの化学構造式を作製する。
Tools → 3D ….
File → Export → save .mol file
Open .mol file by Chimera → save as a pdb file
⑵ Pubchem の SMILE から PDB file の作製
Pubchem でリガンドの SMILE をコピーして、CORINA demo に Submit する。
CORINA (http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo)
⑶ Pubchem の sdf file から PDB file の作製
リガンドの sdf file をダンロードして、Chimera で pdb file に変換する。
12. Pubchem の SMILE か ら logP 計 算
ALOGPS にリガンドの SMILE をペーストして、Submit する。logP や pKa などが計算される。
http://www.vcclab.org/lab/alogps/
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