SlideShare a Scribd company logo
1 of 30
Download to read offline
“Ile waży białko,
czyli historia pewnej informacji”
               Agata Malinowska
           GEEK GIRLS CARROTS
                    Warszawa, dn. 16 sierpnia 2012 r.
Ile waży białko, czyli
historia pewnej informacji
         Agata Malinowska
  Laboratorium Spektrometrii Mas,
              IBB PAN
Spektrometr mas
=
    Spektrometr mas
Masa

       Spektrometr mas
Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji by Agata Malinowska
Punkt
izoelektryczny

                                Funkcja
                              biologiczna



 Tożsamość
                            Struktura

                         Rozpuszczalność
  Aktywność
                 Ilość
Punkt
izoelektryczny

                                Funkcja
                              biologiczna



 Tożsamość
                            Struktura

                         Rozpuszczalność
  Aktywność
                 Ilość
Punkt
izoelektryczny

                                Funkcja
                              biologiczna



 Tożsamość
                            Struktura

                         Rozpuszczalność
  Aktywność
                 Ilość
Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji by Agata Malinowska
M
              A
Specyficzny
              S
  enzym       A




              Peptide mass
              fingerprinting
M
              A
Specyficzny
              S
  enzym       A




              Peptide mass
              fingerprinting
Specyficzny
  enzym




              Peptydy składają się
                z aminokwasów
K     A       W   A



                             K     A       W   A

Specyficzny   Fragmentacja
  enzym        w aparacie
                             K         A   W   A




                                     Widmo
                                 fragmentacyjne
K     A       W   A

              K   A   W   A

                                             K     A       W   A

Specyficzny                   Fragmentacja
  enzym                        w aparacie
                                             K         A   W   A




                                                     Widmo
                                                 fragmentacyjne
Identyfikacja!




                                              K   A   W   A
              M
              A
Specyficzny
              S
                               Fragmentacja
  enzym       A                 w aparacie




                                                  Sekwencje
              Masy peptydów
                                                  peptydów
Punkt
izoelektryczny

                                Funkcja
                              biologiczna



 Tożsamość
                            Struktura

                         Rozpuszczalność
  Aktywność
                 Ilość
MAAVKTLNPKAEVARAQAALAVNISAARGLQDVLRTNLGPKGTMKMLVSGAGDIKLTKDG NVLLHEMQIQHPTASLIAKVATAQDDITGDGTTSNVLIIGELL
KQADLYISEGLHPRIIT EGFEAAKEKALQFLEQVKVSKEMDRETLIDVARTSLRTKVHAELADVLTEAVVDSILAIR KKDEPIDLFMVEIMEMKHKSETDTSLIR
GLVLDHGARHPDMKKRVENAYILTCNVSLEYE KTEVNSGFFYKSAEEREKLVKAERKFIEDRVKKIIELKKKVCGDSDKGFVVINQKGIDPF SLDALAKEGIVA
LRRAKRRNMERLTLACGGIALNSFDDLNPDCLGHAGLVYEYTLGEEKF TFIEKCNNPRSVTLLVKGPNKHTLTQIKDAIRDGLRAVKNAIDDGCVVPGAGAVE
VALAE ALIKYKPSVKGRAQLGVQAFADALLIIPKVLAQNSGFDLQETLVKVQAEHSESGQLVGVD LSTGEPMVAAEMGVWDNYCVKKQLLHSCTVIATNILL
VDEIMRAGMSSLKG
MAAVKTLNPKAEVARAQAALAVNISAARGLQDVLRTNLGPKGTMKMLVSGAGDIKLTKDG NVLLHEMQIQHPTASLIAKVATAQDDITGDGTTSNVLIIGELL
KQADLYISEGLHPRIIT EGFEAAKEKALQFLEQVKVSKEMDRETLIDVARTSLRTKVHAELADVLTEAVVDSILAIR KKDEPIDLFMVEIMEMKHKSETDTSLIR
GLVLDHGARHPDMKKRVENAYILTCNVSLEYE KTEVNSGFFYKSAEEREKLVKAERKFIEDRVKKIIELKKKVCGDSDKGFVVINQKGIDPF SLDALAKEGIVA
LRRAKRRNMERLTLACGGIALNSFDDLNPDCLGHAGLVYEYTLGEEKF TFIEKCNNPRSVTLLVKGPNKHTLTQIKDAIRDGLRAVKNAIDDGCVVPGAGAVE
VALAE ALIKYKPSVKGRAQLGVQAFADALLIIPKVLAQNSGFDLQETLVKVQAEHSESGQLVGVD LSTGEPMVAAEMGVWDNYCVKKQLLHSCTVIATNILL
VDEIMRAGMSSLKG




                                                         Wymiana proton-deuter
Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji by Agata Malinowska
Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji by Agata Malinowska
Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji by Agata Malinowska
M
A
S
A
Punkt
izoelektryczny

                                Funkcja
                              biologiczna



 Tożsamość
                            Struktura

                         Rozpuszczalność
  Aktywność
                 Ilość
EQVKVSK
                                        AGLVYEYT
                   KAWA
               EQVKVSK
                               KSAEEREKLVAGLVYEYT
                   RSVTLLVKG
                             EKSPRESDMKKRVENA

                  LAKEGIVA       KSAEEREKLV
Specyficzny
  enzym                  DMKKRVENA         START
                                     RSVTLLVKG
                   LAKEGIVA
Gen kodujący białko
KAWAEKSPRESSTART
 AAGGCCTGGGCTGA               Kultura bakteryjna
 GAAGAGCCCCCGGG           w pożywce z ciężkim azotem
 AAAGTAGTACAGCGA
 GGACT                     15N
                                 15N
                                       15N


                           15N



                                  15N




     15N
                 15N
     KAWA
                 START                       15N      15N       15N
           15N
                                         KAWAEKSPRESSTART
           EKSPRES
       „Ciężkie” wersje                            „Ciężkie” białko
          peptydów
15N          15N           15N

KAWAEKSPRESSTART                                                   15N
                                                                                       15N
                                                                KAWA
                                                EQVKVSK
                                                                                      START
                   5 µg                                                   15N   AGLVYEYT
                                                     KAWA
                                                                         EKSPRES
                                                 EQVKVSK
                                                                    KSAEEREKLVAGLVYEYT
                                                     RSVTLLVKG
                                                               EKSPRESDMKKRVENA

                                                    LAKEGIVA             KSAEEREKLV
                                  Specyficzny
                                    enzym                  DMKKRVENA               START
                                                                           RSVTLLVKG
                                                     LAKEGIVA




                                                             15N
                                                                                 15N
                                                                     15N



      4 µg         10 µg         6 µg
Krystalografia
rentgenowska     Knock-out




                  Badania
                 aktywności




                 Modelowanie
                 komputerowe


 Spektrometria
     mas
Dziękuję za uwagę :)
GEEK GIRLS CARROTS
   społeczność kobiet kochających nowe technologie



www.geekgirlscarrots.pl
           @ggcarrots

More Related Content

More from GeekGirlsCarrots

Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014
Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014 Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014
Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014 GeekGirlsCarrots
 
Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)
Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)
Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)GeekGirlsCarrots
 
Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)
Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)
Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)GeekGirlsCarrots
 
Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )
Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )
Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )GeekGirlsCarrots
 
Skrocona wersja prezentacja
Skrocona wersja prezentacjaSkrocona wersja prezentacja
Skrocona wersja prezentacjaGeekGirlsCarrots
 
Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11
Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11
Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11GeekGirlsCarrots
 
Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15)
Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15) Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15)
Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15) GeekGirlsCarrots
 
Joanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymi
Joanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymiJoanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymi
Joanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymiGeekGirlsCarrots
 
Marta Nocoń, Jak zostać lifehackerem
Marta Nocoń, Jak zostać lifehackeremMarta Nocoń, Jak zostać lifehackerem
Marta Nocoń, Jak zostać lifehackeremGeekGirlsCarrots
 
Monika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketingu
Monika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketinguMonika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketingu
Monika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketinguGeekGirlsCarrots
 
Barbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnych
Barbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnychBarbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnych
Barbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnychGeekGirlsCarrots
 
Marta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na Facebooku
Marta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na FacebookuMarta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na Facebooku
Marta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na FacebookuGeekGirlsCarrots
 
Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013
Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013
Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013GeekGirlsCarrots
 
Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013
Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013
Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013GeekGirlsCarrots
 
Mandy Waite, Warszawa marzec 2013
Mandy Waite, Warszawa marzec 2013Mandy Waite, Warszawa marzec 2013
Mandy Waite, Warszawa marzec 2013GeekGirlsCarrots
 
Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013
Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013
Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013GeekGirlsCarrots
 
Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013
Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013
Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013GeekGirlsCarrots
 
Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013
Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013
Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013GeekGirlsCarrots
 
Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013
Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013
Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013GeekGirlsCarrots
 

More from GeekGirlsCarrots (20)

Code at Home
Code at HomeCode at Home
Code at Home
 
Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014
Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014 Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014
Summary of activities Geek Girls Carrots 2011- 2014
 
Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)
Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)
Tytus Cytowski, Building a succesful startup, GGC Seattle#8 (2014-09-10)
 
Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)
Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)
Michał Woźniak, Basement hacking, Django Carrots IV, (2014-05-10)
 
Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )
Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )
Tomasz Karwatka, Jak zarobić na e-biznesie? GGCWroclove#17 (2014-05-15 )
 
Skrocona wersja prezentacja
Skrocona wersja prezentacjaSkrocona wersja prezentacja
Skrocona wersja prezentacja
 
Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11
Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11
Nina Pankiewicz, Xxi wiek erą usług online, GGCSzczecin#11
 
Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15)
Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15) Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15)
Marta Soja, Blogerzy? To zależy, GGCWroclove#17, (2014-05-15)
 
Joanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymi
Joanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymiJoanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymi
Joanna Strzelec, Zarządzanie zespołami rozproszonymi
 
Marta Nocoń, Jak zostać lifehackerem
Marta Nocoń, Jak zostać lifehackeremMarta Nocoń, Jak zostać lifehackerem
Marta Nocoń, Jak zostać lifehackerem
 
Monika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketingu
Monika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketinguMonika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketingu
Monika Mikowska, 3 prawdy o mobile marketingu
 
Barbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnych
Barbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnychBarbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnych
Barbara Fusińska, ABC architektury aplikacji mobilnych
 
Marta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na Facebooku
Marta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na FacebookuMarta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na Facebooku
Marta Rogalewska, Jak przeprowadzić legalny i skuteczny konkurs na Facebooku
 
Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013
Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013
Anna Zybura, Rzeszów lipiec 2013
 
Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013
Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013
Lilianna Poradzińska, Białystok kwiecień 2013
 
Mandy Waite, Warszawa marzec 2013
Mandy Waite, Warszawa marzec 2013Mandy Waite, Warszawa marzec 2013
Mandy Waite, Warszawa marzec 2013
 
Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013
Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013
Kamila Kiersznowska, Białystok marzec 2013
 
Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013
Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013
Marta Rhea Gawlicka, Białystok marzec 2013
 
Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013
Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013
Rafał Skarżyński, Białystok luty 2013
 
Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013
Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013
Tamara Kuprianowicz, Białystok luty 2013
 

Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji by Agata Malinowska