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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł
TŃŊŇ ĸĹ ʼnĵĶŀĹ
TŃŊŇ ĸĹ ʼnĵĶŀĹ
Mais avant toute chose…
Types de données que chacun a à traiter ?
Quelles limites avec les outils que chacun utilise actuellement ?
En conséquence, quels besoins ?
Déjà utilisé R ?
5. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ?
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň
Les principales solutions actuelles pour le calcul scientifique
SPSS, SAS ;
Python (NumPy) ;
MATLAB ;
R.
Alors, pourquoi R ?
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ?
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň
Deux mots d’histoire
Dans les années ǨǰǮǧ, au Bell Laboratories (New Jersey, É.-U.) John Chambers
et ses collaborateurs développent S, un système dédié de traitement des
données qui est à la fois un langage interactif et un environnement de
programmation.
John Chambers, Ǩǰǰǯ, Programming with Data.
Au début des années Ǩǰǰǧ, Robert Gentleman et Ross Ihaka (université
d’Auckland) développent une solution de traitement statistique pour
Macintosh en partant de S : R.
En ǨǰǰǬ, ils placent leur création sous licence libre.
Depuis, des centaines d’extensions ont été produites et entretenues par la
communauté. (Aujourd’hui, Ǩǩ mai ǩǧǨǫ, ǬǬǪǨ packages sont disponibles.)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ?
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň
Un accroissement fulgurant du nombre de packages…
Joseph Rickert, http://blog.revolutionanalytics.com/2013/05/how-r-grows.html
(NB : cet élégant graphique a été généré sous R avec ggplotǩ…)
9. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R
LĹň ĺŃłķʼnĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłʼn͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R
LĹň ĺŃłķʼnĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłʼn͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R
Une attitude fondamentale : l’auto-documentation
RňĽʼnĹSĹĵŇķļ() : recherche dans l’ensemble des documents (manuels,
documentation, archives des listes de diffusion) du site de R :
RsiteSearch(un sujet)
ļĹŀń.ňĹĵŇķļ() : rechercher un sujet dans l’ensemble de l’aide.
help.search(un sujet)
ļĹŀń() ŃŊ ?() : afficher la page d’aide relative à un sujet ou une fonction
help(un sujet) ou
?(un sujet)
ĹŎĵŁńŀĹ() : exécuter les exemples contenus dans l’aide d’une fonction.
example(nom d’une fonction)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
Tutoriels (les principaux en français)
Poinsot, ǩǧǧǬ, R pour les statophobes
ElementR, R pour Géographes
Barnier, R pour les sociologues
Barnier, Introduction à R
Kauffmann, Aide mémoire R
Goulet, Introduction programmation R
et de nombreux autres (avant tout en anglais).
Cette sélection est à télécharger ici :
http://tinyurl.com/restomethode
11. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
Sites internet
Le site du projet :
http://cran.r-project.org/
Les site de communautés :
http://www.r-bloggers.com/
http://stackoverflow.com
R-help list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
Hadley Wickham Vocabulary :
http://adv-r.had.co.nz/Vocabulary.html
12. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
Livres
Springer, la collection « Use R ! » :
Spector, P, ǩǧǧǯ, Data manipulation with R
Sarkar, D. ǩǧǧǯ, Lattice : multivariate data visualization with R.
et autres (ǯ titres actuellement).
Aux PUR :
Cocaud, M., J. Cellier, ǩǧǨǩ, Le traitement des données en Histoire et Sciences Sociales
Cornillon P-.A., et. al., ǩǧǨǩ, Statistiques avec R
Revues
R-Journal
Journal of Statistical SoƜwares
13. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň
L’exemple d’une instruction simple
a <- 4.2
« ǫ.ǩ » est un nombre en virgule flottante,
« a » contiendra une information de type numérique,
trouver une place en mémoire où mettre « ǫ.ǩ » ,
enregistrer « a » comme pointeur vers cette place en mémoire.
R est à la fois :
un langage interprété (contra Fortran, C… : typage dynamique),
un système d’exploration interactif (contra SAS),
un environnement de programmation.
17. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň
Lĵ Ň͐ķŊŇňĽŋĽʼn͐ ĸĵłň R
Les structures de contrôle
If…then, while,for
La vectorisation : en R tout est vecteur
soient Y et Z des vecteurs de longueur n
for (i in Ǩ :n) X[i] <Y[
i] + Z[i]
X <- Y + Z
idem X <- Y + ǩ
apply : appliquer une fonction soit aux lignes ou aux colonnes
lapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour une liste)
sapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour un vecteur)
mapply : appliquer une fonction à plusieurs listes parallèlement
18. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R
L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R
L’import/export
Un standard : le format .csv (encodage, > read.csv) ;
des objets spécifiques (l’objet « graph ») ;
et les sorties numériques.
L’analyse via l’application de fonctions
Les fonctions ;
l’écriture d’un script ;
avec une bonne pratique : les commentaires.
Le développement de fonctions et d’extensions
Créer une petite fonction dans un script ;
créer un script avec plusieurs fonctions ;
et créer une extension (Julien Barnier)
19. .
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň
Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R
Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R
Exploration et représentation (EDA) ;
les fonctions plot et ggplotǩ ;
et les sorties graphiques (exportation png, svg, pdf…).