Applying sw mikel_egana
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![Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Mikel Egaña Aranguren [email_address] http://mikeleganaaranguren.com http://tinyurl.com/2u6vhqe](https://image.slidesharecdn.com/applyingswmikelegana-100919095349-phpapp01/85/applying-sw-mikelegana-1-320.jpg)
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- 5. ¿Por qué no se aplica la LSSW?
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- 22. Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Información en Biología Molecular “ It is quite depressive to think that we are spending millions in grants for people to perform experiments, produce new knowledge, hide this knowledge in a often badly written text and then spend some more millions trying to second guess what the authors really did and found” Teresa K. Attwood, Douglas B. Kell, Philip McDermott, James Marsh, Steve R. Pettifer, and David Thorne. Calling international rescue: knowledge lost in literature and data landslide! The Biochemical journal, 424(3):317–333, December 2009.
- 24. Si algun ortólogo esta en el núcleo (¡O partes del núcleo!), las proteínas que interaccionan con él por fosforilación
- 25. Obtener los procesos de regulación en los que participan esas proteínas
- 26. ¿Afecta alguno de esos procesos al ciclo celular?¿Cuál? Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Información en Biología Molecular
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- 52. Clase-subclase
- 56. Razonadores (Pellet, FaCT++, Racer, … ) Life Sciences Semantic Web
- 61. Consistencia de la información
- 62. Al representar un dominio el razonador nos dice las contradicciones que cometemos: nos obliga a definirnos
- 63. Mantenimiento de conocimiento Life Sciences Semantic Web
- 66. Erick Antezana, Mikel Egaña, Ward Blondé, Aitzol Illarramendi, Iñaki Bilbao, Bernard De Baets, Robert Stevens, Vladimir Mironov, and Martin Kuiper. The cell cycle ontology: an application ontology for the representation and integrated analysis of the cell cycle process. Genome Biology, 10(5):R58+, 2009 Life Sciences Semantic Web
- 74. Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO)
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- 101. OWL es anti-intuitivo (ej. OWA, !UNA, … ) Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular ¿Por qué no se aplica LSSW?
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- 115. Mikel Egaña Aranguren, Chris Wroe, Carole Goble, Robert Stevens. In situ migration of handcrafted ontologies to Reason-able Forms. Data & Knowledge Engineering 2008, 66, 147-162
- 117. ¿“Killer app” de Semantic Web? Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Conclusiones
- 118. Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Para saber más ...
- 120. SWAT4LS (Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences) http://www.swat4ls.org/
- 121. ICBO (International Conference on Biomedical Ontology) http://icbo.buffalo.edu/ Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Para saber más ...
- 123. NCBO (National Center for Biomedical Ontology) http://www.bioontology.org/
- 124. Journal of Biomedical Semantics http://www.jbiomedsem.com/
- 125. Semantic Systems Biology http://www.semantic-systems-biology.org/
- 127. http://obo.sf.net/
- 129. Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Mi trabajo en todo esto (Hasta ahora)
- 131. OPPL 2
- 132. GONG
- 134. BioGateway
- 136. Aplicación de la Web Semántica en Biología Molecular Agradecimientos
- 138. Jesualdo Tomás Fernández Breis
- 139. Carlos Tejo
- 140. Erick Antezana
- 141. Phil Lord
- 142. Robert Stevens
Notas del editor
- 30.000 + papers apoptosis
- La Web Semántica es una web que enlaza conceptos, en vez de documentos, en un lenguaje procesable por máquinas. Ese lenguaje permite que las máquinas razonen por nosotros al navegar por la Web Semántica. Las ontologías son un ejemplo de ese lenguaje procesable. Una ontología es una representación de conocimiento de un dominio.
- RDBMS no valen: Veremos como este ideal no se ha implantado y los biólgos se han buscado su propia solucion ad hoc
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- No es parte del stack de WS del W3C No imports a la OWL Cada vez se aproxima más a OWL! Parece ser que GO va a migrar a OWL!
- La gente prefiere crear su propia ontologia que reusar (parroquialismo) Por que los informáticos no entienden la problemática concreta DEXA 2010, Oscar Pastor
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- Consensuar ontologias (no que cada uno se haga la suya para publicar!) La gente prefiere crear su propia ontologia antes que re-usar Idem para id schema
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- La publicación científica tiende a la publicación de datos o modelos, más que papers: más necesidad de WS