GMDS 2013: 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS) Vortrag http://dx.doi.org/10.3205/13gmds051

1. http://www.mi.med.uni-goettingen.de
Institut für Medizinische Informatik
Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeitvon Forschungsdaten in elektronischen Laborbüchern
Bartlomiej Marzec, Philipp Weil, Sara Y. Nussbeck
bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de
GMDS 2013, Lübeck, 3. September 2013

2. Hintergrund
•Electronic Laboratory Notebooks(ELN) ermöglichen die bessere Nachnutzung von Forschungsdaten durch gezielte Annotation mit Metadaten.
•Für die Erfassung der Daten müssen Formulare im ELN entwickelt werden.
•Verwendete Software ermöglicht freie Konfiguration und Strukturierung der Formulare.
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3. Ziele der Formularentwicklung
•Zusammenführung von existierenden Standards mit wichtigen Metadaten der Nutzer für optimale Nachnutzung der Daten.
•Klare Strukturierung der Formulare für spätere Durchsuchbarkeit.
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4. Prozess der Entwicklung der Formulare
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5. 1. Erstellung eines reduzierten DMP-Fragenkataloges
•Als Grundlage dienten DCC und WissGridChecklisten zum Datenmanagementplan (DMP).
•Relevante Fragen für die Interviews mit Wissenschaftlern wurden übernommen.
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6. 2. Interviews und Workflowanalyse mit Wissenschaftlern
•Beantwortung der Fragen.
•Besprechung der bisherigen Aufzeichnungen und dem Laborworkflow.
•Analyse der Abhängigkeiten zwischen einzelnen Daten.
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(Laborworkflow)
(Datenobjekte und Relationen)
(Notizen des Wissenschaftlers)

7. 3. Literaturrecherche zur Ermittlung der Metadatenstandards
•Pubmed
•MIBBI
•Biosharing
•Europhenome
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8. 4. Abgleich der Interviews mit MD-Standards
•Strukturierung der Daten des Wissenschaftlers unter der Verwendung von Standards.
•Definition der Messdaten (Bezeichner, Datentyp, Eingabeformat).
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Standards
Wissenschaftler

9. 5. Strukturieren der Datenerfassungsformulare
•Implementierung der Formulare mit den Messfeldern.
•Optimierung der Benutzbarkeit (z.B. über Default-Werte).
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10. Zusammenfassung
•Erfassung einzelner Experimente ist für eine strukturierte Annotation in ELNs nicht ausreichend im Hinblick auf eine Durchsuchbarkeit und Nachnutzung der Forschungsdaten.
•Bei der Annotation müssen die Metadatenschemata an Standards angepasst werden.
•Resultat ist ein generischer Workflow für die Entwicklung von Datenerfassungsformularen für ELNs.
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11. Kontakt
BartlomiejMarzec, Philipp Weil und Sara Y. Nussbeck
Universitätsmedizin Göttingen
Institut für Medizinische Informatik
Robert-Koch-Str. 40
37075 Göttingen
Tel.:+49 551 39-22472
Web:http://www.mi.med.uni-goettingen.de/
E-mail:bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.dephilipp.weil@med.uni-goettingen.de, sara.nussbeck@med.uni-goettingen.de
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