2. Sommaire
Présentation Sanofi
La médecine translationnelle au cœur de la recherche
pharmaceutique
La nécessité du POC
Travail réalisé
Bilan / Evolutions
2
3. Présentation de Sanofi
Création en 2004
Contexte
110 000 (achat Aventis)
collaborateurs
Médecine Rechercher, produire,
translationnelle commercialiser, suivre :
Le POC
100 pays •Génériques
Travail •Vaccins humains
effectué
Bilan
1ère puissance •Santé grand public
Française
•Diabète
•Maladies rares
33,4 •Produits innovants
Mds€ CA Croissance de
•Santé animale
3,2%
3
5. Médecine translationnelle
Contexte
Enjeux : intégrer les découvertes de la
recherche fondamentale plus rapidement et
Médecine
translationnelle plus efficacement dans la pratique
médicale.
Le POC
ie
Travail
ad
al
effectué
m
a
rl
su
es
Bilan
n
né
io
n
t
ica
do
d
de
In
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u
Je
Bio marqueurs
Ci
bl
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C
om
po
sé
s
5
6. Les enjeux du Proof of Concept
Contexte Société d’informations, notamment médicale
Médecine
translationnelle
Le POC
Travail
effectué
Bilan
Objectifs :
6
7. Les enjeux du Proof of Concept
Contexte Phases de recherche d’un médicament
Médecine
translationnelle
Le POC
Travail
effectué
Les enjeux du POC :
Bilan
Permettre au chercheur de voir le lien entre les cibles
Lever les questions techniques et obtenir des performances
acceptables
Démontrer la faisabilité du projet
7
8. Mise en place du Proof of Concept
Contexte Scénario général
Médecine
translationnelle
R ec h
Le POC erche
d’une
cible
Travail
effectué
Bilan
ge
Af ficha
8
9. Architecture du logiciel
Contexte
Médecine
translationnelle
Le POC
Travail
effectué
Application web hébergée sur un serveur interne à
Bilan Sanofi
Accessible sur le réseau depuis un navigateur
9
10. Développement : Etape 1/3
Contexte Point d’entrée de l’application
Médecine
translationnelle
http://localhost:8080/pathwaymapviewer-webapp/assistant.html
Le POC
Résultat :
Travail
effectué
Un fichier web.xml chargé du routage des requêtes
Bilan
10
11. Développement : Etape 1/3
Contexte Création de la servlet principale « pathwaymapviewer »
Médecine Et redirection vers le bon contrôleur
translationnelle
Avec la vue correspondante
Le POC
Travail
effectué
Bilan
11
12. Développement : Etape 1/3
Contexte Recherche de la cible parmi les cartes
Médecine
translationnelle
Pour chaque fichier xml du répertoire
Le POC Pour chaque aire de la carte
Si la cible apparait dans le nom de l’aire, d’un symbole, ou d’un synonyme
Alors on ajoute cette aire à la liste
Travail FinSi
effectué FinPour
FinPour
Bilan
Fin Etape 1 :
12
13. Développement : Etape 2/3
Contexte But : Construction de la carte mappée
Médecine Création liste1 : données Sanofi et liste2 : données XML
translationnelle
Pour chaque aire
Le POC
Distinguer si l’aire est un lien ou non
Si c’est un lien, on définit simplement le nom tel quel
Données
Sinon Pour chaque objet
XML
Travail Pour chaque gène
effectué Récupération du nom, du code, et de l’espèce
FinPour
FinPour
Bilan
FinSinon
Si l’aire a un nom
Récupération des coordonnées de l’aire
Données Sanofi
Zone cliquable
Création de la zone cliquable
Enregistrements des données via Javascript
Si la cible existe en interne
+
Ajouter l’aire dans la liste 1
Si la cible est directement concernée par l’aire
Ajouter l’aire dans la liste 2
FinSi
FinPour
13
14. Développement : Etape 2/3
Contexte Données
Sanofi de
Médecine
translationnelle
la cible
Le POC carte
Travail
effectué
Bilan
Détails de la
carte
14
15. Développement : Etape 3/3
Contexte But : Affichage des données de Sanofi
Médecine Requête sur TAR
translationnelle
Le POC
Travail
effectué
Bilan
Récupération des données avec AJAX
Mise en page
15
16. Développement : Etape 3/3
Contexte
Résultat de l’étape 3 :
Médecine
translationnelle
Le POC
Travail
effectué
Bilan
16
17. Explication des résultats
Contexte Problèmes rencontrés
Médecine Evolution / Exploitation du POC
Lenteur de l’application
translationnelle
Gestion des alias
Fonctionnel, retours positifs lors de la
Le POC
démonstration.
Problèmes techniques : configuration Maven, fonctionnalités
Mise en transmission de paramètres la mise en place
Spring, évidence des possibilités de
Travail
effectué
d’une telle solution
Bilan Mais mis en attente
17
18. Conclusion
Contexte Bilan personnel
Médecine Compétences techniques
translationnelle
Gestion de projet dynamique et réactive
Le POC
Phase de recherche de solution innovante, grande autonomie
Travail
effectué Immersion dans une grande entreprise
Mise en situation sur plusieurs projets
Bilan
18
19. Conclusion
Contexte
Médecine
translationnelle
Le POC
Travail
effectué
Merci.
Bilan
Avez-vous des questions?
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TRANSITION Domaine innovant encore dans ses balbutiements : l’émergence de la médecine translationnelle.
La médecine translationnelle est le chaînon manquant entre la recherche fondamentale et la recherche clinique . Elle permet d’accélérer l’application des recherches les plus récentes au bénéfice du patient . Elle assure le continuum entre la recherche et les soins et permet aux patients de bénéficier plus rapidement des innovations diagnostiques et thérapeutiques. Le flux de connaissances ente la recherche fondamentale et la recherche clinique doit être bidirectionnelle : de la recherche vers le patient et du patient vers la recherche. La recherche translationnelle consiste donc soit à explorer une découverte en recherche fondamentale pour développer des applications en clinique, soit à partir d’une observation clinique pour explorer les voies biologiques associées et développer des applications en clinique. TRANSITION S’appuyer sur des données externes pour compléter les données internes. D’où TR.
But du projet : intégrer les données sous forme de maps fournies par TR avec les données internes à Sanofi. Faire le lien entre les données internes et celles établies par des sources extérieures TRANSITION Phase d ’étude de faisabilité
Pourquoi ? Comment? Avec quoi? Avec qui? Structure + cible = découverte But : Démontrer le POC techniquement et vérifier l’intérêt, prendre une décision après démonstration.
Le but : en visualisant l’ensemble des données, le chercheur doit pouvoir voir les liens, et se poser les bonnes questions. « tiens, ma cible est proche de ce composé, le médicament marcherait mieux si je l’activais » …
Utilisation de Spring comme framework de développement.
Tout ce qui est de la forme *.html sera transféré sur la servlet pathwaymapviewer. Cette servlet incluse dans Spring est de type DispatcherServlet, et a comme particularité de pouvoir rediriger vers d’autres servlet. A la manière d’un répartiteur.
D’où l’intérêt depuis le répartiteur de créer la servlet principale.
Algorithme simplifié. A chaque vérification, une boucle parcours l’aire -> les symboles -> les synonymes. On sert ici du XML : 1 carte, contenant des gènes et des protéines identifiés par une liste de symboles et de synonymes. « Si j’ai le temps je m’attarderai sur la structure du XML » TRANSITION Le chercheur choisit une carte en cliquant sur Show
Important : Utilisation d’une autre Servlet : ValiderServlet qui capte le /valider de la requête. (passer rapidement sur la 2eme partie)
MAIS on ne peut pas se lancer aveuglément dans ce domaine sans avoir évalué toutes les possibilités…
D’abord de cette expérience de cet été … Puis sur l’année…