R package : R2DOCX by David Gohel

1. R2DOCX
Présentation du package
David Gohel
david.gohel@lysis-consultants.fr

2. Motivations

3. envoyer les sorties R dans un document
WORD

4. Dans un environnement informatique
maitrisé et contraint

5. Simplement et rapidement
une sortie R dans un document Word :
Une seule commande R
Recherche reproductible
Ajouter ou Remplacer
du contenu

6. Fonctionnalités

7. Les contenus pris en charge (1)
Graphiques
Tableaux
Textes
Lorem ipsum
dolor
sit
amet, consect
etur

8. Les contenus pris en charge (2)
Titres de document
Tables des matières
Saut de page
Saut de ligne
Image simple

9. Gestion des modèles de documents
Un document comme modèle de base pour les sorties
Réutilisation des styles du document
Chartre graphique libre
Gestion des signets de MS Word pour le remplacement de
contenu

11. Les tableaux

12. Structure implémentée
Grouped header 1
Grouped header 2
Entête 1
Entête 2
Entête 3
Entête 4
Data[1,1]
Data[1,2]
Data[1,3]
Data[1,4]
…
…
…
…
Data[i,1]

13. Factor A
Factor B
Moyenne de X Moyenne de Y
Score (en %)
A
J
00,91
00,74
00,25
B
J
00,69
00,84
00,63
B
K
00,76
00,76
00,40
C
K
00,60
00,84
00,80
Factor A
Factor B
Moyenne de X Moyenne de Y
Entêtes de colonnes
Score (en %)
A
J
00,91
00,74
25,00%
B
J
00,69
00,84
63,00%
B
K
00,76
00,76
40,00%
C
K
00,60
00,84
80,00%
Variables discriminantes
Factor A
Factor B
Moyennes
X
Typage des données
Score
Y
Score (en %)
A
J
00,91
00,74
25,00%
B
J
00,69
00,84
63,00%
B
K
00,76
00,76
40,00%
C
K
00,60
00,84
« méta-entête »
80,00%
Variables discriminantes
Factor A
A
B
C
Factor B
Moyennes
X
Score
Y
Score (en %)
J
00,91
00,74
25,00%
J
00,69
00,84
63,00%
K
00,76
00,76
40,00%
K
00,60
00,84
80,00%
Formatage conditionnel

14. Les Graphiques
Distribution of Gas Milage
0.12
my.ggplot = qplot(mpg, data=mtcars, geom="density”…)
0.09
Density
gear
3gears
4gears
5gears
0.06
0.03
0.00
10
15
20
25
Miles Per Gallon
30
35
doc = addPlot( doc, fun = print
, x = my.ggplot
, legend = "ggplot example"
, width = 9, height = 7
)

15. Les paragraphes / textes (1)
doc <- addParagraph( doc
, value = c("Hello!", "How are you today?")
, stylename = "Normal")

16. Les paragraphes / textes (2)
x = c( "[animal] eat [food].", "tigers eat [animal]." )
# styles used for formating replacements texts
repl.styles = list(
animal = textProperties( font.size = 12
, font.family="Courier New", color="#FF3333")
, food= textProperties( font.size = 12
, font.family="Courier New", color="#8C8C8C" )
)
# replacements texts
repl = list( animal = "buffalos" , food = "grass" )
doc <- addParagraph( doc, value = x, stylename = "Normal"
, replacements = repl
, replacement.styles = repl.styles
)

17. Où le trouver
install.packages("devtools")
devtools::install_github('R2DOC', 'davidgohel')
devtools::install_github('R2DOCX', 'davidgohel')
http://davidgohel.github.io/R2DOCX/index.html
Sur le CRAN début 2014

18. Bientôt
R2PPTX
Graphiques vectoriels
Intégration Shiny

19. Quelques bonnes pratiques
Deploiement de R

20. Gestion des packages
• Monter un dépôt de package en interne
La majorité des sociétés ont des protections réseaux qui empêchent l’accès aux
images des différents CRAN
(Les codes du proxy permettent de passer outre)

21. Assurer la compatibilité ascendante de
vos codes
• Packager les codes
• R CMD CHECK exécutera les codes contenus dans l’aide de vos
fonctions
• Gérer les versions
• Se brancher à un gestionnaire de sources (SVN, Git, etc.)

22. S3/S4/R5(SetRefClass)
• S3 : méthodes associés à des fonctions (pas des classes)
• S4 : plus rigoureux mais plus verbeux
• R5 : plus proche de la POO, idéal pour les objets qui « changent
d’état »

23. Tester les codes
• Monter des machines virtuelles pour tester les codes sur les
différents environnements à supporter
• Commencer par écrire les tests

24. L’intégration de codes compilés en
C/C++/Fortran
• Pour Windows, utiliser RTOOLS (Ripley et Murdoch)
• Contient MINGW
• Pour les autres OS, tout va bien (normalement)

25. L’intégration de codes compilés en JAVA
• S’assurer de la disponibilité du JRE 6 ou 7 sur les machines des
utilisateurs
• Positionner NOAWT à 1 sous OS X

26. Travailler avec TCL/TK
• Programme à installer
• Dépendant de la plateforme
• Il faudra modifier les variables d’environnement de votre système!