1. V ISUALIZACIÓN DE I MAGEN M ÉDICA CON 3D
S LICER
D IGNA G ONZÁLEZ O TERO
Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao
Mayo de 2012
Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 1 / 29

2. Índice
1 Slicer
Explorando los datos
Mapa de etiquetas
Modelos 3D
Lightbox Viewer
Guardar escena
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3. Slicer Explorando los datos
Slicer
Arranque del programa
• Abrimos Slicer.
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4. Slicer Explorando los datos
Slicer
Apertura de la imagen
• File → Add Volume → imagen 001.dcm en el directorio dicom.
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5. Slicer Explorando los datos
Slicer
Apertura de la imagen
• File → Add Volume → fichero spgr.nhdr en el directorio nrrd.
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6. Slicer Explorando los datos
Slicer
Modificación del layout
• Choose View → red only layout.
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7. Slicer Explorando los datos
Slicer
Navegación entre frames
• Con el slider navegamos entre los diferentes frames hasta mostrar los
ventrículos.
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8. Slicer Mapa de etiquetas
Slicer
Cargar mapa de etiquetas
• Select Volume File → fichero all.nhdr en el directorio nrrd.
• Las etiquetas se cargan en la capa de etiquetas (L).
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9. Slicer Mapa de etiquetas
Slicer
Cargar mapa de etiquetas
• Enlazar las diferentes vistas. Quitar las etiquetas de la capa L y
mostrarlas en foreground (F).
• Con el slider fusionar la imagen original y el mapa de etiquetas.
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10. Slicer Mapa de etiquetas
Slicer
Mostrar cortes en vista 3D
• Habilitar la visibilidad de los tres cortes. Aparecerán en la vista 3D.
• Con el ratón, rotar la imagen.
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11. Slicer Modelos 3D
Slicer
Cargar modelos 3D
• Módulo Data → Add data or data directory → seleccionar
directorio models.
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12. Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Menú Models → Seleccionar Skin.vtk → configurar color y
transparencia (0,5).
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13. Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Deshabilitar visibilidad de Skin.vtk.
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14. Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Modificar color de Brain.vtk (blanco).
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15. Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar layout
• Configurar layout → Green Slice Only layout.
• Ajustar tamaño de la imagen a la ventana.
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16. Slicer Modelos 3D
Slicer
Mostrar intersecciones del modelo
• Habilitar Slide Intersection Visible.
• La intersección con el modelo se muestra en la imagen en blanco.
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17. Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Volver al layout convencional.
• Cambiar el color de Vessels.vtk a rojo.
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18. Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar vista
• Habilitar la vista anterior (A) de la imagen.
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19. Slicer Modelos 3D
Slicer
Clipping
• Para el modelo Brain.vtk seleccionar la opción Clipping.
• Configurar Yellow Slice Clipping como Positive Space.
• Parte del modelo 3D se oculta en la imagen superior.
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20. Slicer Modelos 3D
Slicer
Clipping
• Seleccionar la vista superior (S) de la imagen.
• En mitad de la imagen se muestra el modelo y en la otra mitad queda al
descubierto la imagen real.
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21. Slicer Modelos 3D
Slicer
Clipping
• Desplazando el slider amarillo se navega entre los diferentes frames.
• Se muestra el modelo en la parte derecha del frame seleccionado.
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22. Slicer Modelos 3D
Slicer
Visualización de modelo 3D
• Deshabilitar la opción Clipping.
• Habilitar la visibilidad de Skin.vtk.
• Se muestra el modelo 3D completo (piel, cerebro, vasos).
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23. Slicer Lightbox Viewer
Slicer
Lightbox Viewer
• Menú Viewer → Compare Layout → 1, 2, 2.
• En el visor lightbox se muestran cuatro slices axiales adyacentes.
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24. Slicer Lightbox Viewer
Slicer
Lightbox Viewer
• Rotamos el model 3D con el ratón.
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25. Slicer Lightbox Viewer
Slicer
Lightbox Viewer
• Seleccionar configuración de Lightbox: 6x6.
• Se muestran simultáneamente 36 slices.
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26. Slicer Guardar escena
Slicer
Guardar escena
• File → Save → Seleccionar directorio donde guardar la escena →
Guardar.
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27. Slicer Guardar escena
Slicer
Crear captura de la escena
• Capture and name scene snapshot → Elegir nombre.
• Repetir el proceso y guardar la escena.
• La escena con las capturas se puede cargar de nuevo en Slicer.
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28. Licencia CC by-sa
http://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/legalcode

29. Slicer Guardar escena
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S LICER
D IGNA G ONZÁLEZ O TERO
Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao
Mayo de 2012
Digna González Otero (ETSI Bilbao) V ISUALIZACIÓN CON 3D S LICER Mayo de 2012 29 / 29