Fabien Corbière1,2 1 -UMT Santé des Troupeaux de Petits Ruminants 2 -UMR 1225 IHAP INRA ENVT

1. UMT SPR CP 2014 06 23
Impact du virus Schmallenberg sur les
performances de reproduction dans les
troupeaux ovins laitiers du Rayon Roquefort
Fabien Corbière1,2
1 - UMT Santé des Troupeaux de Petits Ruminants
2 - UMR 1225 IHAP INRA ENVT
Résultats préliminaires

2. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Virus Schmallemberg
 Isolement et identification en novembre 2011 (prélèvement
Allemagne été 2011 – fièvre et chute de lait)
 Orthobunyavirus (Akabane)
 Epizootie de malformations congénitales
 Première circulation été 2011- hiver 2012
 Ovins >= Bovins >> caprins (Buffle, Bison, Chevreuil)
 Quasiment tous les pays de l’UE (excepté Portugal, Lituanie, Chypre
au début 2013)

3. UMT SPR CP 2014 06 23
Situation en Europe fin Aout 2012

4. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte : France
 Période I (été 2011 – 31 aout 2012) : SBV congénital
 1129 élevages ovins confirmés
 2018 élevages bovins confirmés
 17 élevages caprins confirmés
 Période II (1.09.2012 –31.08.2013) : SBV congénital
 2332 élevages avec suspicion(s) (1896 BV, 386 OV, 50 CP)
 1834 élevages confirmés (1541 BV, 271 OV, 32 CP)
 Période III (1.09.2013 –14.05.2014) : SBV congénital
 99 élevages avec suspicion(s) (79 BV, 18 OV, 2 CP)
 15 élevages confirmés (12 BV, 2 OV, 1 CP)
Source Plateforme ESA octobre 2013

5. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte : France : période II
Source Plateforme ESA octobre 2013
BOVINS OVINS

6. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte : France – période II
09.2012 10.2012
11.2012 12.2012
Source Plateforme ESA octobre 2013

7. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé
 Source : GDS France 04/06/2012
 574 élevages enquêtés (563 lots ovins, 11 lots caprins)

8. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé
 Source : Plateforme ESA octobre 2013
 16% (n=44) des élevages ovins atteints en saison II avaient déjà
été touchés par le SBV (formes congénitales) en saison I

9. UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Peu ou pas de données sur exposition / impact
 Peu de données globales de circulation en dehors des déclarations
 Peu ou pas de données consolidées sur l’impact en début de
gestation (avortements précoces…)
 Quelques données sur séroprévalence intra-troupeaux
Gache, Vet Rec 2013
N=77 N=78

10. UMT SPR CP 2014 06 23
Objectif de l’étude Schmalovin
 Evaluer impact de la circulation 2012 (2013 ?) sur les
paramètres de reproduction
 Suivre la circulation 2013
 Evaluer le niveau de circulation virale 2012 en élevage ovin laitier
 Evaluer le niveau de séroprévalence intra-troupeau

11. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : sélection des élevages
 Elevages ovins laitiers Rayon Roquefort en CLO 2010
 Département 12 et 81
 Taille supérieure à 50 brebis
 Sélection des cantons avec >= 8 élevages (11 cantons)
 Liste de 257 élevages sur 357 (72 %)
 Lait de tank en analyse de paiement au LIAL Aurillac
 228 présents en avril 2013 / 257 (89 %)
 Elargissement à l’ensemble des troupeaux ovins laitiers de ces
cantons (hors CLO) en mai 2013
 Liste de 385 élevages au pointage

12. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : localisation des élevages
EFFECTIF
25
15
5
AVEYRON
TARN

13. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : calendrier prélèvement lait
de tank
Calendrier IA dans les lots en CLO (193 élevages)
LT LT LT LT LT LT
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
Fev 13 Mars Avril Mai Juin Juillet Aout Sept Oct Nov Dec janv-14 Fevrier
%deslotsd'IA
Adultes
Agnelles
STATUT « INITIAL » 2013 STATUT « FINAL » 2013
STATUT « INTERMEDIAIRE»

14. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M :prélèvements laits individuels
 Elevages en CLO répartis sur toute la gamme de DOtank
 60 brebis primipares (ou 2ieme lactation)
 Entre 16 avril et 16 mai 2013 (même date intra-troupeau)

15. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : analyse des laits
 ID Screen® Schmallenberg virus Milk Indirect (Idvet)
 Règles d’interprétation selon fabricant (Bovin)
 Lait individuel : Neg ≤ 50% < Douteux ≤ 60% < Positif
 Lait tank : Neg ≤ 30% < Douteux ≤ 40% < Positif
 Performances (Bovin)
 Lait individuel : Sp = 99.05% [97.2 – 99.7] ; Se = 96.5 % [93.5 – 98.2]
 Lait de tank : Sp = 100 % [97.5 – 100.0] ; Se = ? Dilution possible au 1/32

16. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : données reproduction
 Sources : SIEOL, campagnes 2010 à 2014 (février)
 Données individuelles
 Rang de lactation
 Date de mise à la repro, date de mise-bas
 N° lot, mode de reproduction
 Anomalies repro (vide, avortement avec lait, sans lait)
 193 élevages avec données complètes
 Sélection des lot d’IA uniquement > 40 brebis de 2019 à 2013
 Connaissance plus stricte des performances
 83.7% (q1 = 76% ; q3 = 94%) des brebis et 98% (q1 = 91% ; q3=100%) des agnelles
 1194 lots adultes ; 990 lots agnelles, 13 mixtes sur les 5 campagnes
 58 % de élevages avec 2 lots, 18.1% avec 3 lots
 Taille médiane 144 (q1= 94, q3 = 237, maximum 562)

17. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : analyse statistique
 Unité statistique
 Elevage : ensemble des brebis à l’IA
 Lot de brebis > 40 à l’IA
 Brebis à l’IA
 Analyse séparée Adultes / Agnelles
 Critères de jugement
 % brebis / agnelles avec retour en chaleur (mise-bas sur retour)
 % brebis / agnelles avortées tardivement (avec ou sans lait)
 % brebis / agnelles vides

18. UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : analyse statistique
 Relation lait individuel / lait de tank
 Régression linéaire / non linéaire après transformation ln des
données
 Relations statut SBV et performance de reproduction
 LOT : régression linéaire mixte avec effet aléatoire élevage
 BREBIS : régression logistique effet aléatoire brebis, lot et
élevage

19. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : relation individuel / tank
 Lait individuels : 3593 laits individuels, 591 positif (16.4%), 65 (1.8%) douteux
DTX = NEG : Médiane = 10.8 % (q1 = 3.3 ; q3 = 23.3)
DTX = POS : Médiane = 12.5 % (q1 = 5.0 ; q3 = 25.0)
Prévalence apparente intra-troupeau
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100
0
5
10
15
20
25
Pourcentage de brebis séropositives
Pourcentagedesélevages

20. UMT SPR CP 2014 06 23
Pourcentage de brebis séropositives (%)
0 20 40 60 80
Ln(%DOtank)
2,0
2,5
3,0
3,5
4,0
4,5
5,0
5,5
Résultats : relation individuel / tank
 Réduction significative DOtank
 avec effectif en lactation : -2.4 % pour 50 brebis supplémentaires
 Augmentation du niveau laitier moyen du troupeau en lactation (-6.6 points DOtank / 0.5 litre)
R² = 0.68, p<10-4

21. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : relation individuel / tank
 Définition de 3 groupes
 G1 = DOtank=< 40 % : séroprévalence « faible » (< 10 % ?)
 G2 = 40% < DOtank =< 90 % : séroprévalence moyenne (10 -25 % ?)
 G3 = Dotank > 90 % : séroprévalence « forte » (> 25 % ?)
DO tank (%)
0 20 40 60 80 100 120 140 160
PourcentagedebrebisL1séropositives(%)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100

22. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : évolution DOtank
Groupe : ----1 --- 2 --- 3 --- TOUS
Avril 2013 à Février 2014
Origine :
 effet concentration / dilution du lait de tank selon niveau de production?
 Circulation SBV ?

23. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : évolution statuts
troupeaux
 Evolution des statuts des troupeaux
 Résultats similaires selon les règles fabricant (NEG, POS, DTX)
Effectif
(% par mois) Avril Mai Juin Nov Janvier Février
Groupe 1
95
42.22
82
37.27
108
32.24
147
53.85
161
52.61
151
42.42
Groupe 2
78
34.67
73
33.18
99
29.55
81
29.67
98
32.03
132
37.08
Groupe 3
52
23.11
65
29.55
128
38.21
45
16.48
47
15.36
73
20.51

24. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : statuts SBV et repro
 CAMPAGNE 2012-2013
 ADULTES : par élevage
Nb élevages % retour % vides % avortées
Moyenne Moyenne Moyenne
2009-2011 170 29.36 a 2.91 a 0.39 a
Groupe 1 82 29.99 a 2.94 a 0.28 a
Groupe 2 54 30.16 a 3.65 a 0.40 a
Groupe 3 34 29.58 a 5.01 b 0.41 a
* Tests des rangs pour données appariés
Statut d’avril 2013

25. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : statuts SBV et repro
 CAMPAGNE 2012-2013
 AGNELLES : par élevage
Nb élevages % retour % vide % avortées
Moyenne Moyenne Moyenne
2009-2011 142 18.54 a 7.51 a 0.81 a
Groupe 1 74 20.02 a 6.03 a 0.64 a
Groupe 2 42 16.32 a 7.44 a 0.57 a
Groupe 3 26 19.37 a 9.90 a 1.07 a
Tests des rangs pour données appariés
Statut d’avril 2013

26. UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : statuts SBV et repro
 CAMPAGNE 2012-2013
 ADULTES : par lot d’IA
% vides Nb lots Effet P value
Référence 2009-2011 3.09
Groupe 1 106 -0.1 0.81
Groupe 2 62 +0.40 0.49
Groupe 3 40 +3.65 <10-4
Modèles linéaires mixtes avec effet élevage, ajusté sur taille des lots et le mois d’IA
Statut d’avril 2013

27. UMT SPR CP 2014 06 23
Discussion
 Schéma d’étude et M&M
 Variations des DOtank : signification biologique ?
 difficultés à définir le statut des troupeaux
 Lait de tank : manque de sensibilité et de spécificité
 Biais de classification
 Impact sur les comparaisons des performances de reproduction ?
 Influence du niveau de production
 Augmentation significative des Dotank avec la réduction du niveau de
production du troupeau (fin de campagne laiti-=ère 2013)
 Très variable selon les élevages
 Difficultés à faire une estimation précise (décalage date de
Contrôle individuel et date de prélèvement lait de tank)

28. UMT SPR CP 2014 06 23
Discussion
 Résultats
 Forte circulation virale en 2012
 50 % des troupeaux avec séroprévalence > 10 %
 Impact circulation SBV
 Faible en moyenne sur le Rayon
 augmentation % adultes vides dans les élevages fortement
séropositifs
 N’exclut pas des conséquences fortes ponctuellement
 Circulation 2013 ???
 Analyse à finalisée…

29. UMT SPR CP 2014 06 23
Remerciements
Soutien Financier