Transformation de modeles et ontologie centree traits, I. Mougenot LIRMM

1. Contexte d’´tude
e
D´marche
e
Transformation de mod`les
e
Pour conclure
Transformation de mod`les et ontologie
e
centr´e traits
e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier
LIRMM, CEFE Montpellier
EcoOnto Novembre 
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

2. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
Travail s’articulant autour de diff´rentes motivations
e
Fonctions attendues
∗ agr´ger et partager de l’information distribu´e
e e
∗ faire ´merger de la connaissance partag´e
e e
Construire une ontologie
∗ co-construire une ontologie de domaine : travail d’une
communaut´ qui d´tient l’expertise sur le domaine
e e
∗ collaborer avec les informaticiens qui poss`dent l’expertise sur
e
l’ing´nierie des connaissances
e
Transformer des mod`les
e
∗ Faciliter le travail de co-construction, faire ´merger une vision
e
commune des concepts cl´s d’un domaine
e
∗ Faciliter la validation et les ´volutions futures (modularit´,
e e
flexibilit´, extensibilit´)
e e
∗ Pr´voir des passerelles entre l’ontologie construite et des
e
ontologies connexes (taxons, unit´s de mesure, fonctions,
e
climat, sol . . .
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

3. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
Illustration du contexte actuel
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

4. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
En ´cologie
e
Int´grer des donn´es traits et raisonner : d´crire fonctionnellement
e e e
les interactions entre les organismes et leur environnement, passage
a l’´chelle populations, communaut´s, ´cosyst`mes
` e e e e
Exemples de relation marqueur fonctionnel (trait) - fonction :
masse des graines, dispersion des graines reproduction
hauteur partie a´rienne
e interception de la lumi`re
e
surface sp´cifique foliaire (SLA)
e croissance
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

5. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
Terminologie
Les notions les plus importantes
Trait fonctionnel : tout caract`re morphologique,
e
physiologique ou ph´nologique mesurable sur un individu, de
e
la cellule ` l’organisme entier [Violle 2007]
a
Ontologie (en ing´nierie des connaissances) : un ensemble
e
de concepts, un ensemble de relations entre ces concepts et
un ensemble d’axiomes (transitivit´, compl´mentarit´,
e e e
sym´trie, r´flexivit´, . . . )
e e e
Mod`le conceptuel : abstraction de la r´alit´ selon une
e e e
certaine conceptualisation - communiquer, comprendre et
valider le mod`le construit
e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

6. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
Comment construire une ontologie ?
Plusieurs approches sont envisageables :
emprunter aux m´thodologies de construction d’ontologies
e
(Methontology, Uschold et Kings, . . . )
emprunter au g´nie logiciel, apparenter une ontologie ` un
e a
mod`le conceptuel et exploiter la notation objet UML pour
e
servir de support ` la construction d’une ontologie
a
∗ privil´gier flexibilit´, r´utilisabilit´, modularit´, extensibilit´ qui
e e e e e e
sont des principes phares du paradigme objet
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

7. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
La notation objet UML par l’exemple
UML est une notation standard (de nombreux outils associ´s) et
e
graphique qui prend en charge les aspects fonctionnels, structurels,
et dynamiques d’un syst`me au travers de l’expression de dia-
e
grammes appropri´s et normalis´s.
e e
Trait
− name
− definition
1..∗ 1..∗
Entity Characteristic
− name − name
Plant
− name
Figure: Capturer une r´alit´ au sein d’un diagramme UML
e e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

8. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
Notion de m´ta-mod`le
e e
La sp´cification d’un m´ta-mod`le permet de :
e e e
contrˆler la validit´ des mod`les qui doivent s’y conformer.
o e e
faciliter la transformation, l’´change, l’´volution ou encore
e e
l’adaptabilit´ d’un ensemble de mod`les
e e
Le langage UML poss`de un m´ta-mod`le qui d´finit
e e e e
rigoureusement les ´l´ments de mod´lisation UML, d’abord ´t´
ee e ee
d´fini en UML et qui maintenant est conforme au MOF (Meta
e
Object Facilities) qui est un langage standard de repr´sentation des
e
m´tamod`les
e e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

9. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
Architecture du m´ta-m´tamod`le
e e e
Quatre couches sont consid´r´es
ee
Figure: Architecture Ing´nierie des mod`les
e e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

10. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Aller vers les Ontologies
Transformation de mod`les
e En pratique
Pour conclure
Les m´tamod`les Ontology Definition Metamodel
e e
D´finition d’un ensemble de m´tamod`les pour les langages ` base
e e e a
de connaissances ; qui associ´s ` des profils UML vont permettre
e a
de transformer des mod`les UML en ontologies se conformant ` ces
e a
diff´rents m´tamod`les
e e e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

11. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Aller vers les Ontologies
Transformation de mod`les
e En pratique
Pour conclure
Environnement de d´veloppement normalis´ Eclipse
e e
Eclipse int`gre des outils d´di´s ` la mod´lisation (plateforme EMF,
e e e a e
m´tamod`le ECore), l’id´e est ensuite d’autoriser diff´rentes sortes
e e e e
de transformations (UML vers Java ou vers XML et inversement).
Des modules sont disponibles pour la transformation de mod`les e
UML vers des ontologies
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

12. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Aller vers les Ontologies
Transformation de mod`les
e En pratique
Pour conclure
Exemple de r´sultat d’une transformation
e
Figure: Transformation (au travers d’EMFTriple) en OWL Turtle
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

13. Contexte d’´tude
e
D´marche
e
Transformation de mod`les
e
Pour conclure
Conclusion - Perspectives
Travail prospectif
Donner aux acteurs (´cologues) de la construction de
e
l’ontologie les moyens de s’exprimer au travers de la d´finition
e
de mod`les conceptuels
e
Plus de r´activit´ des informaticiens face aux besoins de la
e e
communaut´ en ´cologie : plus facile de faire ´voluer des
e e e
mod`les que des codes
e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e