第31回統合DBミーティングの内容を共有します。

1. 2014/5/30
第32回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO

2. 本日の予定
• Sagace
– アクセス解析
• 重みの効果について
– アンケート結果の報告と分析
– Sagaceに追加するDBについて
– ファセット項目の変更について
– 進捗報告
• 医薬基盤研内のデータのRDF化
– 進捗報告
• 今後の予定
2

3. アンケート集計結果

4. 専門分野
• 半数弱が医学・薬学
25
18
18
11
7
5
7 医学系
薬学系
理学系
情報系
農学系
工学系
その他：

5. 医学・薬学の
専門分野の方の職業別割合
28
9
3
3
研究職
教育職
学生（博士課程、修士
課程、学部生）
技術職（システムエン
ジニア含）

6. 医学・薬学の専門分野の方の
所属別割合（のべ人数）
21
13
12
大学
研究機関
企業

7. WETとDRYの割合
• ほぼ半々
27
25
10
9
4
3
3
3
3 2 2
Wet : Dry = 9 : 1
Wet : Dry = 0 : 10
Wet : Dry = 8 : 2
Wet : Dry = 5 : 5
Wet : Dry = 10 : 0
Wet : Dry = 1 : 9
Wet : Dry = 2 : 8
Wet : Dry = 6 : 4
Wet : Dry = 7 : 3
Wet : Dry = 3 : 7
Wet : Dry = 4 : 6

8. WETとDRYの割合
医薬系のみの場合
• Wetの割合が高い
19
6
5
3
2
2
2
1 1 1 1 Wet : Dry = 9 : 1
Wet : Dry = 8 : 2
Wet : Dry = 5 : 5
Wet : Dry = 0 : 10
Wet : Dry = 1 : 9
Wet : Dry = 2 : 8
Wet : Dry = 4 : 6
Wet : Dry = 3 : 7
Wet : Dry = 6 : 4
Wet : Dry = 7 : 3
Wet : Dry = 10 : 0

9. 研究対象生物
• どの分類も該当する
55
46
26
13
8
ヒト
動物（ヒト以外）
微生物
特定生物なし
植物

10. 研究対象生物
医薬系のみの場合（のべ）
• 圧倒的にヒトと動物が多い
33
24
3
ヒト
動物（ヒト以外）
微生物

11. 研究テーマ
• 比較的バランスよく存在（違いは少ない）
【全体】 【医薬系】
68
53
41
26
25
18
15
9 5 ゲノム・遺伝子
タンパク質
細胞・組織
個体
パスウェイ・ネットワーク
化合物
その他の生体分子
糖鎖
その他（具体的に）
30
28
23
15
11
7
5 4 2

12. 知名度
• 知らない人も多い（特に医薬系）
【全体】 【医薬系】
27
16
50
41 知らなかった
知っていた

13. 知っていた人のきっかけ
• 学会等での宣伝活動も効果的
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18

14. １ヶ月間の使用回数
• 回答者にリピーターはほぼいなかった…
22
17
1
0回
1～4回
5回以上

15. 速度と精度の平均値
• 精度の方が評価が低い
2.6
2.7
2.8
2.9
3
3.1
3.2
3.3
3.4

16. ほしい情報が得られない理由
• 検索結果そのものへの不満が多い
0
2
4
6
8
10
12
14
16

17. 追加してほしいDB
• 抜粋（２つ以上）
– 国際特許
– セルライン
– 学会情報

18. ファセットの評価
• まあまあとの評価が多い
31
28
16
13
3
3
4
5
2
1

19. ファセット項目が使いにくい理由
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9

20. その他の意見
• 絞り込みのリセットボタン
– 次回対応可能
• 時間・ヒット数の連動
– Apache Solrで対応可能になる可能性
• 生物種と生体の階層で絞り込めない
– 画面上で動作する新規チュートリアルの作
成？

21. リッチスニペットの評価
• まあまあとの評価が多い
32
24
16
13
6
3
4
5
2
1

22. 使いにくい理由
• 絞り込めるという見た目に工夫が必要
0
2
4
6
8
10
12

23. その他の意見
• もっと目立つようにしてほしい
– UIの改善
• ファセット項目がDB毎であることが
伝わっていない
– チュートリアルの再考

24. 他に希望するリッチスニペット
2個以上の意見
• 画像の需要が高い
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
画像 データの出典 日付系 ID系 疾患名

25. DB管理者の意見
• 数は多くなかった
82
9
いいえ
はい

26. DB管理者のメタデータ導入可否
• あまり意欲的ではない
53
1
すぐには難しい
はい
いいえ

27. 導入が難しい理由
• 導入の不便さが主な要因
3
31
4
マークアップが面倒そう。
マークアップの仕方が分からな
い。
導入したとしてもデータベース管
理側としての利点が分からない。
その他（具体的に）：

28. まとめ
• 全体と医薬系とで検索の傾向が異なる
– ターゲットを絞ったほうが良さそう
• 精度への不満が高い
– システムの改善，スニペットの改善
– ファセット項目の変更
• ファセット，リッチスニペットの操作性
– UIの変更，チュートリアルの修正で対応

29. まとめ
メタデータ導入について
• メタデータの導入が簡単にできる，もし
くは自動化出来るツールの開発
• 画像，ID，最終更新日がマークアップで
きるDBを優先して交渉
• 最終更新日はマークアップ以外の方法で
取得可能ならば，積極的に導入すべき
• メタデータとは別に画像検索の需要はあ
りそうだが新規システム導入後が妥当

30. 追加候補のDB
ファセット分類／
データベース名 GenLibi[アーカイブデータ]
データベースの種類 文献・用語集・辞書
生物種 ヒト；動物（ヒト以外）
生体の階層 ゲノム・遺伝子
分類 B

31. ファセット項目の変更について
• アンケート集計結果より，医薬系とその
他の方の需要は異なる。
• NBDC横断検索との差別化，アクセスの
多いユーザーのためにもターゲットを絞
り込む。
• 前回のアクセス解析より３つ目のファ
セット分類のうち，化合物と細胞・組織
以外は低かったため，この分類を創薬・
疾患に関する項目に変更する。

32. ファセット項目変更
• 提案者による説明
• メンバーによる話し合い
– 特に提案者以外の方の意見を聞く
• 上位5つまでの項目を個々人で決める
– 原則多数決で決定。
– 決まらない場合は次回MTGで継続orメール等で相
談。
→ ファセット項目の粒度が異なり，1つのファセット分類の
切り口でまとめられないので，再考することに（追記）

33. 候補となるファセット項目
• 副作用（伊藤），副作用・有害情報（五十嵐さん）
• がん（伊藤，五十嵐さん）
• 漢方薬（伊藤）
• 研究者（森田さん）
• 医食同源（五十嵐さん）
• レギュレーション・ガイドライン（五十嵐さん）
• 小児（深川さん）
• 難病・希少疾患（五十嵐さん）
• 薬効・効能（五十嵐さん）
• 感染症（五十嵐さん）

34. 進捗報告
• SPAM対策の強化
• データベース固定検索の不具合の修正
• Open TG-GATEs（アーカイブ）のメタデータ反映の確
認，不具合の修正
• クローラーを月１回自動更新に変更
• 難病研究資源バンクのインデックスを更新
• Apache SolrのテストについてNBDC大波さんと相談
• BH13の論文担当部分の作成

35. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• 希少疾病用医薬品・医療機器のRDF
– 運用システムにRDF出力機能を実装中（玉田
さん）
• 実験動物研究資源バンクのRDF
– 更新データを反映
– マウス→遺伝子→タンパク質→化合物→薬
– PubChemで提供しているRDFとの統合を検討，
Gene Symbol -> Gene IDの途中

36. 今後の予定
• Sagace
– ファセット項目に該当するDBの選定
– HyperEstraierの代替となるApache Solr（あるいは
他の横断検索システム）をNBDCと合同で調査
– UIの修正
• 医薬基盤研内のDBのRDF化
– サービス提供に向け，目的，ユースケースを考え
る。
• 次回
– ６月20日（金）or 27日（金）?