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国内版バイオハッカソン BH13.13 - http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH13.13 内で発表した資料(抜粋)です。
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1.
生命科学分野の横断検索サービス とメタデータの活用 医薬基盤研究所 伊藤真和吏
2.
Sagace 創薬・疾患研究のための生命科学分野の データベースの横断検索サービス http://sagace.nibio.go.jp/ 2
3.
h"p://integbio.jp/ja/ 3
4.
Search System NIBIO NBDC /
DBCLS AgriTogo MEDALS Collaborate by using P2P architecture JCGGDB 4
5.
悪性リンパ腫での検索結果 Google 対 Sagace 5
6.
広告 一般的な説明 やブログが ヒット
7.
同義語展開 悪性リンパ腫での検索結果 研究関連の信頼 出来るデータベース からの情報 7
8.
例:生物資源で動物の データを調べたい場合 ファセット分類を 使った効率的な絞り込み 8
9.
メタデータの活用 • メタデータ:データの情報を示したデータ。 疾患:アルツハイマー病 生物種:ヒト 最終更新日:2012-10-24 文献:PubMed ID
23110816 関連するエントリ:OMIM 134400 9
10.
検索結果への反映 • ユーザーが何に関するデータなのかを見つけやすく なり,データベースへのアクセスがされやすくなる。 10
11.
メタデータを活用した検索結果例 11
12.
メタデータを活用した検索結果例
13.
横断検索サービスはDBとの 出会いを支援するサービス • ユーザー – 検索結果を見てそのエントリーが自分が探してい るものか否かを瞬時に判断可能に。
• データベース管理者 – より多くの人にデータベースを発見してもらいや すくなる。アクセス増加に繋がる。 • 横断検索サービス – クローラーが1つで良い。 13
14.
どうメタデータを入れるのか? • htmlタグにメタデータを追記するだけ <div itemscope=“”
itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”> <span itemprop=“dateModified”>2013-‐1-‐24</span> </div> ウェブページ 2013-1-24 http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry/dateModified 14
15.
どうメタデータを入れるのか? • htmlタグにメタデータを追記するだけ <div itemscope=“”
itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”> <span itemprop=“dateModified”>2013-‐1-‐24</span> </div> 15
16.
8つのDBが採用 • DoBISCUIT(Database Of
BIoSynthesis clusters CUrated and InTegrated) • JCRB細胞バンク • Functional Glycomics with KO mice database • Glyco-Disease Genes Database • JCGGDB Report • MEDALS • Integbio データベースカタログ • LSDBアーカイブ 16
17.
これまでのBioHackathonにて • Biological Database
(Entry)に特化した Schema.org 用の語彙を策定,宣伝 – Proposal : h"p://www.w3.org/wiki/WebSchemas/ BioDatabases – 独自のプロパティを策定 • entryID, isEntryOf, taxon, seeAlso, reference • Schema.org – 大手検索エンジン(Google,Yahoo!,Bingなど)が共通で使 用することを宣言している横断検索用の語彙体系 • Microdata – htmlにメタデータを付与するための方法。Schema.orgの 語彙を使用してマークアップをする。 17
18.
HTMLをマークアップするため の方法 • Microdata – 書き方がシンプル。大手検索エンジンの採用。
• RDFa – マークアップ方法が複雑。書き方がひと通りでは ない。 • Microformats – 書き方はシンプルだが,マークアップ定義が曖昧 で機械的処理がしにくい。 18
19.
現状の問題点 • 提案した語彙をSchema.orgに追加させるに は,より多くのDBの協力が必要。(by Schema.org オーガナイザー) •
Microdataだと(原則)Schema.orgの語彙し か使えない。 • MicrodataはW3C Working Groupであり Recommendationではない。 19
20.
RDFa Lite • Schema.orgやMicrodataの普及にともない, W3CがRDFaをかなり単純化させて制定した 形式 –
W3C recommendaon • schema.orgの語彙体系を基本としながら, 外部のRDFの語彙も柔軟に適用可能。 • マークアップが簡単 20
21.
RDFa Liteのマークアップ方法 <div vocab=“h"p://schema.org/”
typeof=“BiologicalDatabaseEntry”> <span property=“dateModified”>2013-‐1-‐24</span> </div> 21
22.
RDFの語彙を使う場合 (検索結果はイメージ) <div prefix="PDBo :
http://rdf.wwpdb.org/schema/pdbx-v40.owl#"> <span property="PDBo:exptl.method">X-RAY DIFFRACTION</span> </div> 22
23.
Sagaceが検索結果に 反映するプロパティ • • • • • • • • image (画像) isEntryOf (どのデータベース由来か) entryID
(エントリーID) taxon(生物種) disease (疾患名) seeAlso (他の参考となるデータベースのエントリ) dateModified (最終更新日) reference (文献) 23
24.
• 現在対応しているマークアップ方法について詳しく はこちら – h"p://sagace.nibio.go.jp/press/metadata/markup/
• 外部のRDF用の語彙も検索結果への反映を予定 • 複数の語彙でのマークアップにおいて混乱がないよ うに,検索結果に反映させる語彙とプロパティは Sagaceのページに掲載予定。 24
25.
大募集 • 皆さんのデータベースにもぜひマークアップを! • ライフサイエンス系のDBであれば,検索結果に マークアップされたプロパティを反映 –
NBDC横断検索,MEDALS横断検索の検索結果にも 反映予定 • RDFa Liteの活用方法についても相談したいで す! • マークアップされたデータベースが増えれば,大手の検索エンジンにも反映され るかも... 25
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