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Marcadores moleculares stefano
1. Marcadores
Moleculares
Luis De Stefano BeltránLuis De Stefano Beltrán
Departamento de Ciencias Biológicas y Fisiológicas
Universidad Peruana Cayetano Heredia
2. Marcadores Moleculares
Un gen o secuencia de ADN que se puede usar para
identificar a un organismo, a una especie, a una cepa
o a una característica fenotípica asociada con él
Un señal usada en el aislamiento de genes eucarióticos:
una sonda de RFLP o
un lugar de unión de partidor para amplificación
Secuencias de ADN que pueden ser identificadas
mediante un simple ensayo:
tan pequeño como un SNP o
un fragmento de ADN generado por ER’s.
3. Marcadores moleculares son segmentos
o fragmentos de cromosoma que no
codifican necesariamente alguna
característica, que no están afectados
por el ambiente. pero que son
heredados de una manera Mendeliana
(2006).
Marcadores Moleculares
4. Isozimas yAlozimas
• El “abuelo” de los marcadores moleculares
• Lewontin y Hubby, 1966
- Las substituciones de amino ácidos
cambian la movilidad de la enzima en el
gel: -plegamiento y/o carga
• Aún en uso en estudios de Genética de
Poblaciones que necesitan identificar
bajos niveles de variación genética.
5.
6. Isozimas
• Pros:
Protocolos bien desarrollados con moderado grado de
dificultad.
No se necesita información genómica.
Existen décadas y décadas de datos acumulados
(“mining”).
•Contras:
Poca variación.
Se necesita abundante tejido fresco.
Loci son una muestra no aleatoria del genoma y
muchos están bajo fuerte selección.
Puede ser considerado un “arte”.
Muchos reactivos, químicos peligrosos.
9. Southern blots
• Aislamiento del ADN
• Digestión del ADN con enzimas de
restricción
• Separación de los fragmentos de
ADN de acuerdo a su tamaño
• Desnaturalización del ADN
• Transferencia de las cadenas simples
de ADN a la membrana
10. Metodología
• Preparación de la sonda
–Marcaje
–Desnaturalización
• Hibridación de la sonda a la
membrana
• Enjuague de la membrana
• Autoradiografía
23. Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD)
• 1990, Welsh & McCleland and Williams et al.
• Usa partidores muy cortos (10 pb) para amplificar
fragmentos aleatorios de ADN.
• No se necesita ninguna información acerca del
genoma en estudio
• Marcador dominante: presente o ausente
• Muy desacreditado, pero probablemente no es tan
malo como algunos podrían pensar
33. AFLPs
Pros:
-Muchos loci estudiados al mismo tiempo
-No se necesita ninguna información anterior
-Alta variabilidad
Contras:
-Homoplasia en el tamaño de los fragmentos
-Problemas con reproducibilidad
-Protocolo es muy largo
-Marcador dominante anónimo
-Demasiados loci…..!!
34. ADN Repetitivo
Microsatélites o Secuencias Simples Repetidas
(Simple Sequence Repeats, SSRs)
- Mono-, di-, tri-, y tetra-nucleótidos
Minisatélites o Short Tandem Repeats (STRs)
- 5-10 bp
Variable Number of Tandem Repeats
- 14-100 bp
42. Microsatélites
•Pros:
-Altamente variable
-Muchos alelos por locus
-Marcador co-dominante
•Contras:
-Dinámica evolutiva desconocida
- “Stutter y alelos nulos complican
el “scoring”
-Alta inversión inicial para desarrollar loci
43.
44. Single Nucleotide Polymorphism:
SNPs
• Pueden representar hasta 90% de la Variación
Genética Humana.
• 1.5 millon de posiciones presentan variabilidad
• Puede ser la base de la susceptibilidad a
enfermedades comunes (cáncer, diabetes, etc).
• Farmacogenética: busca identificar la posible
respuesta a las terapias con drogas.
• Métodos para identificación, dependen, si es un SNP
desconocido o conocido.
45.
46.
47.
48.
49. Marcadores No
Polimórficos
• STSs (Sequence Tagged Sites)
Secuencia corta de ADN (200 – 500 bp) con
una ubicación cromosómica conocida que
ocurre una vez en el genoma.
• ESTs (Expressed Sequence Tags)
STSs derived from ADNc’s
50. Conclusiones
• No todos los MM’s son iguales.
• Ninguno de ellos son ideales.
• Algunos son mejores para algunos propósitos que
otros.
• Sin embargo, todos son preferibles a los
marcadores morfológicos para propósitos de
mapeo
Notas del editor
Crude extract run on native gel electrophoresis: potato, acrylamide and cellulose acetate
Tnp the source and the 19 bp end seq, 476 aas long, wild type TNP very inactive protein, amino terminal is DNA binding domain, carboxy end contains dimerization domain, mutations can increase activity 4 orders of magnitude from basal 1 event in 100,000 cells.
Inh protein acts as a trans dominant negative inhibitor of Tnp activity by forming inactive Inh::Tnp dimers.