Terumbu karang, sebagai ekosistem, memiliki keanekaragaman hayati yang cukup tinggi. Banyak biota laut yang hidupnya bergantung pada ekosistem tersebut. Jenis-jenis biota yang umum dijumpai di perairan terumbu karang adalah: Chordata (Sub Filum Tunicata) Arthropoda Echinodermata Mollusca Annelida Nemertea Platyhelminthes Cnidaria Porifera