Informe nº 1 practica virtual analisis de secuencias del gen 16 s (alina velasque)

1. INFORME DEL ÁNALISIS DE
SECUENCIAS DEL GEN 16S
CURSO DE BIOTECNOLOGÍA
ILO-2021
ALUMNO:
ALINA JANICE
VELASQUE
GUTIERREZ
DOCENTE:
PROF. DR.
HEBERT H. SOTO
GONZALES

2. INTRODUCCIÓN
Es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500 nucleótidos, codificado por el
gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S (ADNr 16S), a partir de cuya
secuencia se puede obtener información filogenética y taxonómica de los
procariotas.
El rRNA 16S se ordenaba con el fin de estudios filogenéticos primero fue empleado
en los años 70. Estudios subsiguientes ayudados para solidificar la opinión de “tres
dominios” del árbol de la vida, donde están dominios Eukarya, bacterias y Archaea
distintos bastante que los eucariotas y la división previamente esperados de los
prokaryotes. También ha ayudado desde entonces a clarificar lazos bacterianos
reclasificando y retitulando una cierta especie, así como por la identificación de
bacterias incultivables y desconocidas.
El análisis de la secuencia de los ARNr 16S de distintos grupos filogenéticos reveló
la presencia de una o más secuencias características que se denominan
oligonucleótidos firma. Se trata de secuencias específicas cortas que aparecen en
todos los miembros de un determinado grupo filogenético y nunca (o sólo
raramente) están presentes en otros grupos, incluidos los más próximos.
La comparación de las secuencias de los ARNr 16S (o de los genes que los codifican)
permite establecer las relaciones filogenéticas existentes entre los organismos
procariotas. En microbiología clínica la identificación molecular basada en ADNr
16S se utiliza fundamentalmente para bacterias cuya identificación mediante otro
tipo de técnica resulta imposible, difícil o requiere mucho tiempo.
El método molecular de identificación bacteriana mediante secuenciación del ADNr
16S incluye incluye tres etapas: Amplificación por PCR del gen a partir de la
muestra apropiada. La amplificación del ADNr 16S se consigue mediante un
termociclador gracias a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) ADN
purificado a partir de un cultivo puro del agente patógeno. Alternativamente, el
ADN podrá obtenerse directamente de la muestra clínica, La determinación de la
secuencia de nucleótidos del producto de la PCR. y El Análisis de la secuencia que
es lo que se expondrá en este informe.

3. OBJETIVOS
• Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos
nucleicos.
• Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en
específico el estudio del gen ribosomal 16S.
MATERIALES Y MÉTODOS
MATERIALES
- Laptop (para la realización del análisis mediante programas).
- BLAST (Herramienta básica de búsqueda de alineación local, que se
encuentra en la NCBI que es un Centro Nacional para la Información
Biotecnológica).
- BioEdit (programa que funciona como editor de alineación de secuencias
biológicas).
- Excel (programa que es usado para realizar los cuadros y colocar en ellos
los resultados del análisis).
- Bloc de Notas (lector de resultados de BioEdit).
- Word (programa del que usamos una herramienta para contar la cantidad
de caracteres).
MÉTODOLOGÍA
1° El primer paso a seguir es descargar los respectivos documentos a analizar,
después estos son abiertos mediante WinRAR, donde podremos visualizar todos los
archivos de secuenciamiento que analizaremos.

4. 2° Abrimos BioEdit con la primera secuenciación, donde visualizamos 2 cuadros
uno del cromatograma de la secuenciación y en el otro la secuencia de DNA, estando
en el primer cuadro que es el cromatograma, exportamos la secuenciación como
tasta, guardándolo con el nombre con código de la secuencia para así realizarlo con
las demás secuencias y no haya confusiones.

5. 3° Procedemos a crear un nuevo Excel donde realizaremos nuestro cuadro con los
respectivos datos a encontrar en el análisis, el primer dato que es calidad de
secuencia se visualiza en el cromatograma del respectivo código en BioEdit.
4° Iniciamos el programa Bloc de notas donde abriremos el archivo exportado de
BioEdit, visualizando la secuencia, que posteriormente será copiada en Word para
realizar el conteo de caracteres.

6. 5° Después de hallar el conteo de palabras este dato es ubicado en nuestro Excel en
respectivamente en el tamaño de muestra. Procedemos ahora a abrir una página
web que es BLAST en NCBI, cliqueando en “Nucleotide BLAST”
6° Realizamos una búsqueda del organismo del nucleoide, se realiza el copiado de
la secuencia sin alterar los datos en el buscador y se empieza la búsqueda
cliqueando donde dice BLAST.

7. 7° Ya obtenido los resultados visualizamos si corresponde a algún organismo, sino
presenta un organismo tampoco presentara un porcentaje de identidad, cuando se
presenta este caso se coloca NEGATVO.
8° Si en la búsqueda de comparación de secuencia se encuentra que presenta
organismos, este es colocado en la tabla de datos de análisis con el respectivo
%identidad de análisis que corresponde a su código hallado.

8. RESULTADOS
Resultados obtenidos del Archivo WinRAR o carpeta con nombre: “Hernan 3”
CÓDIGO
CALIDAD DE SECUENCIA TAMAÑO DE
LA SECUENCIA
ORGANISMO
%
IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1 X 978 Negativo -
DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1 X 908
Herbaspirillum
seropedicae
91.51 %
DIVERSOS-_A09_1_01.ab1 X 1007 Pseudomonas sd 82.08%
DIVERSOS_A10_9_02.ab1 X 925
Uncultured
bacterium
89.67%
DIVERSOS-_A11_17_01.ab1 X 1163 Negativo -
DIVERSOS-_B07_2H_03.ab1 X 944
Stenotrophomonas
sp. UYSB32
75.24%
DIVERSOS-_B08_10H_04.ab1 X 958
Leclercia
adecarboxylata
84.45%
DIVERSOS-_B09_2_03.ab1 X 939 Klebsiella grimontii 82.35%
DIVERSOS-_B10_10_04.ab1 X 1020 Enterobacter soli 71.76%
DIVERSOS-_B11_18_03.ab1 X 993
Uncultured
Pseudomonas sp.
72.62%
DIVERSOS-_C07_3H_05.ab1 X 963
Leclercia
adecarboxylata
91.90%
DIVERSOS-_C08_11H_06.ab1 X 965 Enterobacter mori 91.07%
DIVERSOS-_C09_3_05.ab1 X 944
Phytobacter
diazotrophicus
86.58%
DIVERSOS-_C10_11_06.ab1 X 979
Uncultured
Pseudomonas sp.
69.01%
DIVERSOS-_C11_19_05.ab1 X 950
Klebsiella
aerogenes
65.62%
DIVERSOS-_D07_4H_07.ab1 X 928
Uncultured
bacterium
90.18%
DIVERSOS-_D08_12H_08.ab1 X 963
Staphylococcus sp.
US-13
84.27%
DIVERSOS-_D09_4_07.ab1 X 983
Phytobacter
diazotrophicus
88.43%
DIVERSOS-_D10_12_08.ab1 X 986
Pseudomonas
putida
81.82%
DIVERSOS-_E07_5H_09.ab1 X 926 Negativo Negativo
DIVERSOS-_E08_13H_10.ab1 X 932
Paraburkholderia
silvatlantica
79.97%
DIVERSOS-_E09_5_09.ab1 X 981
Enterobacter
hormaechei subsp.
Xiangfangensis
85.02%
DIVERSOS-_E10_13_10.ab1 X 1057
Uncultured
bacterium
67.47%

9. Resultados obtenidos del Archivo WinRAR con nombre: “SeqsHerbert”
DIVERSOS-_F07_6H_11.ab1 X 915
Enterobacter
ludwigii
95.89%
DIVERSOS-_F09_6_11.ab1 X 956 Klebsiella sp. 81.75%
DIVERSOS-_F10_14_12.ab1 X 1204 Negativo Negativo
DIVERSOS-_G07_7H_13.ab1 X 931
Enterobacter sp.
ICBR 189
91.07%
DIVERSOS-_G09_7_13.ab1 X 935
Uncultured
Enterobacter sp.
73.78%
DIVERSOS-_G10_15_14.ab1 X 950
Enterobacter
asburiae
93.40%
DIVERSOS-_H07_8H_15.ab1 X 1101 Negativo Negativo
DIVERSOS-_H09_8_15.ab1 X 1262 Negativo Negativo
DIVERSOS-_H10_16_16.ab1 X 948
Enterobacter sp.
IICDBZ9
84.42%
CÓDIGO
CALIDAD DE SECUENCIA TAMAÑO
DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO
%
IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
USER_04set2007_01-419NZ_A01_01.ab1 X 950 Negativo Negativo
USER_04set2007_02-526NZ_B01_03.ab1 X 877
Klebsiella
variicola
86.71 %
USER_04set2007_03-419AZ_C01_05.ab1 X 895
Klebsiella sp.
MPUS7
97.35%
USER_04set2007_04-88NZ_D01_07.ab1 X 872
Klebsiella
pneumoniae
94.39%
USER_04set2007_05-88AZ_E01_09 X 839
Klebsiella
pneumoniae
93.25%
USER_04set2007_06-526Y1_F01_11 X 989
Klebsiella
pneumoniae
95.91%
USER_04set2007_07-419Y1_G01_13.ab1 X 980
Enterobacter
sp. WF14-6
98.61%
USER_04set2007_08-375H_H01_15.ab1 X 1002
Klebsiella
oxytoca
73.75%
USER_04set2007_09-419YZ_A02_02.ab1 X 896
Enterobacter
sp. CB7
95.81%
USER_04set2007_10-88H_B02_04.ab1 X 971
endosymbiont of
Sphenophorus
72.46%
USER_04set2007_11-375NZ_C02_06.ab1 X 976
Uncultured
bacterium
75.43%
USER_04set2007_12-526YZ_D02_08.ab1 X 880
Klebsiella sp.
BR3357
95.25%
USER_04set2007_13-483NZ_E02_10.ab1 X 891
Enterobacter
sp.
88.89%
USER_04set2007_14-483H_F02_12.ab1 X 947
Enterobacter
hormaechei
88.47%
USER_04set2007_15-456NZ_G02_14.ab1 X 903
Bacillus
thuringiensis
91.54%

10. Resultados obtenidos del Archivo WinRAR con nombre: “SeqsHerbert_9”
CÓDIGO
CALIDAD DE SECUENCIA TAMAÑO
DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO
%
IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
user_12set2007_01_A03_01.ab1 X 942 Kosakonia radicincitans 81.90%
user_12set2007_02_B03_03.ab1 X 1024 Negativo Negativo
user_12set2007_03_C03_05.ab1 X 997 Klebsiella variicola 75.12%
user_12set2007_04_D03_07.ab1 X 983 Kosakonia oryzae 80.55%
user_12set2007_05_E03_09.ab1 X 921 Klebsiella pneumoniae 85.05%
user_12set2007_06_F03_11.ab1 X 1347 Negativo Negativo
user_12set2007_07_G03_13.ab1 X 1185 Negativo Negativo
user_12set2007_08_H03_15.ab1 X 991 uncultured bacterium 72.17%
user_12set2007_09_A04_02.ab1 X 1163 Negativo Negativo
user_12set2007_10_B04_04.ab1 X 964 Achromobacter sp. 76.67%
user_12set2007_11_C04_06.ab1 X 959 Enterobacter cloacae 72.58%
user_12set2007_12_D04_08.ab1 X 860
Enterobacteriaceae
bacterium HGH0104
85.71%
user_12set2007_13_E04_10.ab1 X 928 Pantoea stewartii 71.86%
user_12set2007_14_F04_12.ab1 X 977 Pantoea deleyi 75.82%
user_12set2007_15_G04_14.ab1 X 944 Klebsiella quasivariicola 88.22%
user_12set2007_16_H04_16.ab1 X 959 Kosakonia sacchari 77.42%
usuarios_12set2007_1Y2_F04_12.ab1 X 984 Kosakonia radicincitans 79.20%
usuarios_12set2007_2Y2_G04_14.ab1 X 1005 Herbaspirillum sp. 86.75%
usuarios_12set2007_3Y2_H04_16.ab1 X 1006 Klebsiella sp. MB42 79.04%
usuarios_12set2007_17_A04_02.ab1 X 1056 Rhizobium lusitanum 71.09%
usuarios_12set2007_18_B04_04.ab1 X 951 Enterobacter sp. 78.88%
usuarios_12set2007_19_C04_06.ab1 X 1116 Pseudomonas jessenii 67.07%
usuarios_12set2007_20_D04_08.ab1 X 949 Klebsiella pneumoniae 73.08%
usuarios_12set2007_21_E04_10.ab1 X 866 uncultured bacterium 74.24%

11. COMPARACIÓN CALIDAD DE SECUENCIA
Fig. Gráfico de barras comparativo de calidad de secuencia de cada grupo de archivos
ANALISIS DE IDENTIDAD DE CADA GRUPO DE ARCHIVOS
Fig. Gráfico de barras de % identidad del grupo de archivos Hernan-3
H E RNA N 3 S E QS H E RBE RT S E QS H E RBE RT _9
CALIDAD DE SECUENCIA
BUENA
MALA
REGULAR
91.51%
82.08%
89.67%
75.24%
84.45%
82.35%
71.76%
72.62%
91.90%
91.07%
86.58%
69.01%
65.62%
90.18%
84.27%
88.43%
81.82%
79.97%
67.47%
95.89%
81.75%
91.07%
73.78%
93.40%
84.42%
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…
% IDENTIDAD

12. Fig. Gráfico de barras comparativo de identidad del grupo de archivos SeqsHebert_9
Fig. Gráfico de barras comparativo de identidad del grupo de archivos SeqsHebert
86.71%
97.35%
94.39%
93.25%
95.91%
98.61%
73.75%
95.81%
72.46%
75.43%
95.25%
88.89%
88.47%
91.54%
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_
1
3
-
4
8
3
N
Z
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E
0
2
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1
0
.
A
B
1
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S
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0
4
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2
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0
7
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1
4
-
4
8
3
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0
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1
2
.
A
B
1
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4
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7
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1
5
-
4
5
6
N
Z
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G
0
2
_
1
4
.
A
B
1
% IDENTIDAD
81.90%
75.12%
80.55%
85.05%
72.17%
76.67%
72.58%
85.71%
71.86%
75.82%
88.22%
77.42%
79.20%
86.75%
79.04%
71.09%
78.88%
67.07%
73.08%
74.24%
U
S
E
R
_
1
2
S
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2
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7
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0
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1
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4
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0
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0
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0
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0
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2
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0
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0
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0
0
7
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4
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0
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1
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2
0
0
7
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1
5
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1
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0
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1
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2
0
0
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…
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A
R
I
O
S
_
1
2
S
E
T
2
0
0
7
_
…
% IDENTIDAD

13. CONCLUSIONES
Los organismos detectados en los 3 grupos de muestras, en su gran mayoría
refieren a especies de bacterias de tipo patógeno e industrial, como también de uso
para acciones de biorremediación, caso representativo es la Pseudomonas putida
que posee un potencial de degradación de compuestos aromáticos y xenobióticos.
Para el análisis de secuencias de ADN del gen 16s, se debe visualizar su
cromatografía donde revisamos su picos, caídas e intervalos; lo cual respaldaría la
calidad de las muestras. En los diferentes casos analizados y comparados en el “Fig.
Gráfico de barras comparativo de calidad de secuencia de cada grupo de archivos” se puede
afirmar que el grupo de archivos Hernan3 se ve una cantidad considerable de
secuencias de calidad mala, esto se podría deber a que hay mayor cantidad de
secuencias en este grupo de archivos, mientras que se observa un gran numero de
calidad regular en el grupo de datos con nombre SeqsHerbert_9 y el grupo con
mayor numero de secuencias buenas es SeqsHerbert.
Con respecto al porcentaje de identidad de nuestras muestras, los gráficos de
barras están dentro de un rango <62% y los cuadros en general tiene un promedio
de 77.62%, esto corresponde a la similitud y semejanza de nuestras muestras
analizadas frente a la comparación de secuencias en toda la información colectada
en el Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI).
BIBLIOGRAFÍA
• BIOTED. (s.f.). PCR gen 16S ARNr bacteriano. Obtenido de
https://www.bioted.es/protocolos/PCR-GEN-16S-ARNr-BACTERIANO.pdf
• Information, N. C. (s.f.). Nucleoide BLAST. Obtenido de
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
• Ryding Sara. (2018). secuencia del rRNA 16S. Obtenido de
https://www.news-medical.net/life-sciences/16S-rRNA-Sequencing
• Valenzuela F, C. R. (2015). El gen ARNr 16S en el estudio de comunidades
microbianas marinas. Obtenido de
http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0185

14. ANEXOS
1° CARPETA “HERNAN 3”
Anexo 01. Resultados del código “DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1”
Anexo 02. Resultados del código “DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1”

15. Anexo 03. Resultados del código “DIVERSOS-_A09_1_01.ab1”
2° CARPETA “SeqsHerbert”
Anexo 04. Resultados del código “USER_04set2007_01-419NZ_A01_01”

16. Anexo 05. Resultados del código “USER_04set2007_02-526NZ_B01_03”
Anexo 06. Resultados del código “USER_04set2007_03-419AZ_C01_05”

17. 3° CARPETA “SeqsHerbert_9”
Anexo 07. Resultados del código “user_12set2007_01_A03_01”
Anexo 08. Resultados del código “user_12set2007_02_B03_03”

18. Anexo 09. Resultados del código “user_12set2007_03_C03_05”
Anexo 10. Excel con los diferentes cuadros analizados.