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Simulacion de electroforesis en gel de Agarosa

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
“AÑO DEL BICENTENARIO DEL PERÚ: 200 AÑOS DE INDEPENDENCIA”
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
INFORME N° 03:
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UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO
CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL
BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA
IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.”
DOCENTE :
Hebert Soto
ESTUDIANTE :
Brenda Quirper Ccama
AREA:
Biotecnologia
CICLO:
8vo
ILO – PERÚ
2021
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
1. INTRODUCCION
Los “microorganismos” incluye a un grupo variado de organismos, relacionados entre sí
por su tamaño microscópico(ArgenBio, s.f.).
Son utilizados muy abundantemente como agentes productores, tanto de productos de
origen microbiano como de otros orígenes (Santero Santurino, 2008).
Actualmente los científicos pueden seleccionar a los organismos que sean más
eficientes en los procesos implicados en la producción de productos o en la generación de
servicios (Colegio Santo Domingo, s.f.).
El estudio del ADN de los microorganismos ha potenciado la identificación de estos a partir
de diferentes técnicas moleculares, tal es caso de la electroforesis, que es aquella
técnica que tiene como función la separación de moléculas según la movilidad de
estas en un campo eléctrico (QuimiNet, 2012)
Muchas moléculas importantes biológicamente (aminoácidos, péptidos, proteínas,
nucleótidos, ácidos nucleicos...) poseen grupos ionizables y existen en solución como
especies cargadas, bien como cationes, o bien como aniones (Padilla Peña).
La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro componentes
básicos químicos,llamados "bases", que forman la molécula de ADN (National Human
Genome Research Institute, 2019).
No obstante, existen otros métodos electroforéticos por ejemplo como la electroforesis en
campo pulsado, mayormente manipulado para separar fragmentos más grandes de ADN y
la electroforesis bidimensional que brinda un análisis más acertad o de las proteínas.
(Yabar Varas, 2003).
Por ende, el presente estudio tiene como base la recopilación de datos del NCBI (Base de
datos de búsqueda de información del Centro Nacional de Biotecnología) y el respectivo
análisis de la secuencia de ADN con la asimilación del gen agarosa realizado en el
programa SnapGene.
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2. OBJETIVOS
• Realizar la electroforesis y el análisis de la secuencia de ADN en el programa
SnapGene exportando los 13 nucleótidos de la página web NCBI que sacamos del
articulo.
• Definir los términos en la técnica Delaware electroforesis.
• Analizar las secuencias de las 13 bandas de nucleótidos con las enzimas de
restricción.
3. MATERIALES
• SnapGene App
• NCBI
• Laptop
• PDF
• Word
• Escritorio de documentos
• Bloc de Notas
4. METODOLOGIA
• Escritorio de documentos
Para empezar exportamos cada dato de nuestro cuadrito de
PDF para poder buscar su grupo en el NCBI .
• NCBI
Iniciamos copiando los datos del pdf al NCBI para buscar a
que grupo pertenecia,para luego exportar los datos al bloc de
notas y luego pasar al SnapGene.
• SnapGene
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ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
Luego del NCBI guardamos nuestros datos en un Bloc de
notas y asi es como entramos a nuestra App de SnapGene y
abrimos todos los archivos que exportamos del NCBI.
Continuamos visualizando los datos exportados en el
SnapGene las formas en la que estae aplicativo puede
enseñarnos la simulacion de electroforesisi en gel de agarosa
tambien mostrarnos mapas de los datos exportados, asi
tambien las enzimas de estos, un aplicativo muy completo.
5. RESULTADOS
IMAGEN 01: Documentos - Escritorio
IMAGEN 02 : Datos exportados al SnapGene
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IMAGEN 03: Datos Esportados en un Mapa circular
IMAGEN 04: Bandas de Simulacion de Electroforesis con Gel de
Agarosa
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IMAGEN 05: Enzymas de los datos
6. CONCLUSIONES
En el programa SnapGene fue fácil de manipular con las respectivas indicaciones, en el
cual el total de muestras escogidas permitió dar a conocer el grafico de las bandas
sin ningún inconveniente,la asimilación de gel agarosa permitió la separación de cadenas
en tamaños pequeños en el grafico en unidad de kb, también se pudo reconocer las
secuencias de genes específicas con las enzimas de restricción identificadas en el proceso
final.Conocer los términos para esta práctica fue crucial para entablar los objetivos, el
procedimiento y por ende las conclusiones finales de la práctica de electroforesis. Las 13
secuencias proporcionaban un buen número de ER (enzimas de restricción), por el cual
solo se escogió dos como mínimo para demostrar la calidad.

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  • 1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL “AÑO DEL BICENTENARIO DEL PERÚ: 200 AÑOS DE INDEPENDENCIA” UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA INFORME N° 03: PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.” DOCENTE : Hebert Soto ESTUDIANTE : Brenda Quirper Ccama AREA: Biotecnologia CICLO: 8vo ILO – PERÚ 2021
  • 2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL 1. INTRODUCCION Los “microorganismos” incluye a un grupo variado de organismos, relacionados entre sí por su tamaño microscópico(ArgenBio, s.f.). Son utilizados muy abundantemente como agentes productores, tanto de productos de origen microbiano como de otros orígenes (Santero Santurino, 2008). Actualmente los científicos pueden seleccionar a los organismos que sean más eficientes en los procesos implicados en la producción de productos o en la generación de servicios (Colegio Santo Domingo, s.f.). El estudio del ADN de los microorganismos ha potenciado la identificación de estos a partir de diferentes técnicas moleculares, tal es caso de la electroforesis, que es aquella técnica que tiene como función la separación de moléculas según la movilidad de estas en un campo eléctrico (QuimiNet, 2012) Muchas moléculas importantes biológicamente (aminoácidos, péptidos, proteínas, nucleótidos, ácidos nucleicos...) poseen grupos ionizables y existen en solución como especies cargadas, bien como cationes, o bien como aniones (Padilla Peña). La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro componentes básicos químicos,llamados "bases", que forman la molécula de ADN (National Human Genome Research Institute, 2019). No obstante, existen otros métodos electroforéticos por ejemplo como la electroforesis en campo pulsado, mayormente manipulado para separar fragmentos más grandes de ADN y la electroforesis bidimensional que brinda un análisis más acertad o de las proteínas. (Yabar Varas, 2003). Por ende, el presente estudio tiene como base la recopilación de datos del NCBI (Base de datos de búsqueda de información del Centro Nacional de Biotecnología) y el respectivo análisis de la secuencia de ADN con la asimilación del gen agarosa realizado en el programa SnapGene.
  • 3. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL 2. OBJETIVOS • Realizar la electroforesis y el análisis de la secuencia de ADN en el programa SnapGene exportando los 13 nucleótidos de la página web NCBI que sacamos del articulo. • Definir los términos en la técnica Delaware electroforesis. • Analizar las secuencias de las 13 bandas de nucleótidos con las enzimas de restricción. 3. MATERIALES • SnapGene App • NCBI • Laptop • PDF • Word • Escritorio de documentos • Bloc de Notas 4. METODOLOGIA • Escritorio de documentos Para empezar exportamos cada dato de nuestro cuadrito de PDF para poder buscar su grupo en el NCBI . • NCBI Iniciamos copiando los datos del pdf al NCBI para buscar a que grupo pertenecia,para luego exportar los datos al bloc de notas y luego pasar al SnapGene. • SnapGene
  • 4. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL Luego del NCBI guardamos nuestros datos en un Bloc de notas y asi es como entramos a nuestra App de SnapGene y abrimos todos los archivos que exportamos del NCBI. Continuamos visualizando los datos exportados en el SnapGene las formas en la que estae aplicativo puede enseñarnos la simulacion de electroforesisi en gel de agarosa tambien mostrarnos mapas de los datos exportados, asi tambien las enzimas de estos, un aplicativo muy completo. 5. RESULTADOS IMAGEN 01: Documentos - Escritorio IMAGEN 02 : Datos exportados al SnapGene
  • 5. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL IMAGEN 03: Datos Esportados en un Mapa circular IMAGEN 04: Bandas de Simulacion de Electroforesis con Gel de Agarosa
  • 6. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL IMAGEN 05: Enzymas de los datos 6. CONCLUSIONES En el programa SnapGene fue fácil de manipular con las respectivas indicaciones, en el cual el total de muestras escogidas permitió dar a conocer el grafico de las bandas sin ningún inconveniente,la asimilación de gel agarosa permitió la separación de cadenas en tamaños pequeños en el grafico en unidad de kb, también se pudo reconocer las secuencias de genes específicas con las enzimas de restricción identificadas en el proceso final.Conocer los términos para esta práctica fue crucial para entablar los objetivos, el procedimiento y por ende las conclusiones finales de la práctica de electroforesis. Las 13 secuencias proporcionaban un buen número de ER (enzimas de restricción), por el cual solo se escogió dos como mínimo para demostrar la calidad.
  • 7. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL 7. BIBLIOGRAFIA AbrirArchivos. (sf). GSL Biotecnología SnapGene. Obtenido Delaware https://abrirarchivos.info/software/gsl_biotech/snapgene ArgenBio. (sf).Obtenido de MICROBIOS ÚTILES PARA LA INDUSTRIA: https://www.argenbio.org/biotecnologia/150-3-aplicaciones-de-la-biotecnología Austin, CP (sf). Electroforesis. Obtenido de https://www.genome.gov/es/genetics-glosario / Electroforesis Colegio Santo Domingo. (sf). Obtenido de Microorganismos en la Biotecnología: https://www.colegiosantodomingo.cl/wp-content / uploads / 2018/11 / 15_Microorganismos-en-la-Biotecnología% C3% ADa.pdf Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano. (27 de Septiembre de 2019). Obtenido de Secuenciación del ADN: https://www.genome.gov/es/about-genómica / hecho-hojas / Secuenciacion-del-ADN Ortiz Casas, B. (24 de agosto de 2018). Electroforesis de ADN: Conceptos Básicos. Obtenido de https://www.youtube.com/watch?v=KGZBRfHQU_Y Padilla Peña, CA (sf.). Electroforesis de ácidos nucleicos en geles de agarosa. Aislamiento y caracterización electroforética De la ADN plasmídico. Obtenido De la https://www.uco.es/organiza/departamentos/bioquimica-biol-mol / pdfs / 17% 20ELECTROFORESIS% 20ACS% 20NUCLEICOS% 20GELES% 20AGAROSA.pdf QuimiNet. (15 de noviembre de 2012). Obtenido de La electroforesis y sus aplicaciones en la biotecnología: https://www.quiminet.com/articulos/la-electroforesis-y-sus- aplicaciones-en-la-biotecnología-3005538.htm Santero Santurino, E. (2008). BIOTECNOLOGÍA MICROBIANA. Obtenido de https://www.upo.es/export/portal/com/bin/portal/fcex/alumnos/GuiasDocentes/LicBiot / 1364811746468_626_biotecnologxa_microbiana_08-09.pdf
  • 8. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL CUESTIONARIO I. DIFRENCIAS DEL ADN Y ARN Que el ADN es de cadena doble y el ARN de cadena simple, otras diferencias son; el azúcar que lo componen es diferente, en el ADN es la desoxirribosa y en el ARN la ribosa, En cuanto a las bases nitrogenadas del ARN la Timina se sustituye por Uracilo, siendo entonces Adenina, Guanina, Citosina y el peso molecular del ARN es menor que el del ADN. II. ¿QUÉ ES EL SNAPGENE Y COMO NOS SERVIRA EN LA INGENIERIA AMBIENTAL? Aprovechen el eficiente manejo de datos de SnapGene para escanear grandes secuencias de ADN con miles de características anotadas. Visualización de la proteína Vea las múltiples vistas de una secuencia de proteínas. Personaliza la visualización de regiones, sitios, enlaces y colores de secuencia. Edición de secuencia intuitiva Edita fácilmente las secuencias de ADN y proteínas. Hacer inserciones, supresiones, sustituciones y cambios de caso. Cuando se copia y se pega una secuencia, los rasgos se transfieren automáticamente. Codificación de color de la “Año del Bicentenario del Perú: 200 años de independencia” 5 secuencia Poner una secuencia seleccionada de ADN o aminoácidos en uno de diez colores. Colorear las dos cadenas de ADN o la secuencia de proteínas. Los colores son visibles en las vistas del mapa y de la secuencia. Anotación de características Anota las características comunes automáticamente, o anota las características novedosas manualmente. Encuentra características comunes en tu secuencia de ADN usando la extensa base de datos de SnapGene. Se pueden añadir características adicionales de su elección a una base de datos personalizada. III. ¿QUÉ ES EL GEN 16s Y PARA QUE TIPOS DE MICROORGANISMOS SERIAN UTIL? El ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500 nucleótidos codificado por el gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S IV. ¿QUÉ ES LA AGAROSA? La agarosa es un polisacárido formado por galactosas alfa y beta que se extrae de las algas de los géneros Gellidium y Gracillaria. Es soluble en agua a temperaturas superiores a los 65 °C, dependiendo del grado de sustituciones hidroxietílicas de sus cadenas laterales.
  • 9. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL V. ¿QUÉ ES UN MARCADOR DE PESO MOLECULAR , Y CUALES SON SU TIPOS? Un marcador es un carácter o un gen que debido al ligamiento puede usarse para indicar la presencia de otro gen; es decir, cualquier característica A (sea un gen, una proteína, tipo de hoja, etc.) que esté asociada a la presencia o expresión de una característica B (como vigor, altura, resistencia a enfermedades, etc.) puede considerarse como un marcador, pues la presencia de A necesariamente implica la de B. La importancia de los marcadores radica en que ofrecen la posibilidad de estudiar poblaciones de organismos y seleccionar aquellos que presentan rasgos de interés para el hombre. En ocasiones, el uso de marcadores permite seleccionar los individuos aun antes de que expresen el rasgo de interés.