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Metodología de simulación de gel de agarosa para cepas bacterianas.

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Escuela Profesional De Ingeniería Ambiental
Curso De Biotecnología
Informe
Simulación de electroforesis en Gel de Agarosa usando el Software SnapGene
con cepas Bacterianas de Articulo Científico
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”
Presentado por
Camila Cervantes Maquera
Docente
Dr. Hébert Hernán Soto Gonzales
Ciclo
VII
Ilo – Moquegua
02 de junio del 2023
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
ÍNDICE
1. INTRODUCCION ............................................................................................... 3
2. OBJETIVOS......................................................................................................... 4
2.1. Objetivo General............................................................................................... 4
2.2. Objetivos Específicos ....................................................................................... 4
3. MARCO TEORICO............................................................................................. 4
3.1. Software SnapGene .......................................................................................... 4
3.2. Electroforesis.................................................................................................... 6
3.3. Gel de Agarosa.................................................................................................. 8
3.4. Petróleo............................................................................................................. 9
3.5. Electroforesis en Gel de Agarosa.................................................................... 10
3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ..................... 10
3.7. ADN y ARN ................................................................................................... 11
3.8. Secuenciación de ADN................................................................................... 12
4. METODOLOGÍA .............................................................................................. 12
4.1. Materiales ....................................................................................................... 12
4.2. Métodos .......................................................................................................... 13
5. RESULTADO..................................................................................................... 19
6. CONCLUSIÓN.................................................................................................. 20
7. BIBLIOGRAFIA................................................................................................ 21
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
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3
1. INTRODUCCION
En el presente trabajo se realiza una simulación del gel de agarosa para cepas
bacterianes encontradas en suelo y aguas contaminadas por derrame de petróleos. La
electroforesis en gel de agarosa se utiliza comúnmente para separar moléculas en función de
su carga, tamaño y forma. Se trata de un medio de separación eficaz para las biomoléculas
cargadas como el ADN, el ARN y las proteínas.
El software SnapGene nos proporciona la manera de realizar esa simulación utilizando
las secuencias de ADN de las cepas bacterianas. SnapGene proporciona herramientas que le
permiten planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología molecular.
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de
ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente
eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz.
Los geles para separar ADN suelen estar hechos de un polisacárido llamado agarosa,
que se consigue como hojuelas secas pulverizadas.
La electroforesis en gel de agarosa es de las más utilizadas para analizar y caracterizar
ácidos nucleicos de distintas procedencias. Los geles se comportan como un tamiz molecular
y permiten separar moléculas cargadas en función de su tamaño y forma; importantes para
analizar.
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4
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
✓ Realizar la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software
SnapGene con los datos identificados de cepas bacterianas aisladas de aguas y
suelos contaminados del Articulo Científico “Aislamiento de bacterias con
potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”.
2.2. Objetivos Específicos
✓ Conocer el funcionamiento e importancia de el Gel de Agarosa en cepas
bacterianas.
✓ Utilizar datos del NCBI.
✓ Manejar el software SnapGene para realizar la práctica.
3. MARCO TEORICO
3.1. Software SnapGene
Imagen 01. Software SnapGene
Fuente: SnapGene
SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y
documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-
Fusión del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados.
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ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
5
Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción del ADN, marcando
automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir conjuntos
de enzimas personalizados.
SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de
secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank, DNASTAR
Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y
navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles inteligentes de búsqueda
y zoom. Mientras realiza todas estas funciones, SnapGene registra automáticamente cada paso
de su proyecto de clonación, cada vez que edita una secuencia o realiza una simulación, el
procedimiento se registra en un historial gráfico.
SnapGene es una aplicación impresionante para manejar los procedimientos de
biología molecular. Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de
ADN y soporta una variedad de formatos de archivo comunes. GSL Biotech SnapGene es un
gran recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de
ADN.
Imagen 02. Pantalla de inicio del SnapGene
Fuente: Elaboración propia
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ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
6
3.2. Electroforesis
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de
ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente
eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Los poros del gel o la
matriz actúan como un tamiz, lo cual permite que las moléculas más pequeñas se muevan más
rápido que las moléculas más grandes. Para determinar el tamaño de las moléculas de una
muestra, se usan estándares de tamaños conocidos que se separan en el mismo gel y luego se
comparan con la muestra.
La electroforesis sirve para separar las moléculas, además, en función de su tamaño.
Esto es posible gracias a la utilización de un medio sólido poroso, como son los geles de
poliacrilamida o los geles de agarosa. Para un mismo tamaño de poro, a mayor sea el tamaño
de la molécula, más difícilmente migrará hacia el cátodo o el ánodo.
Imagen 03. ¿Qué es la electroforesis?
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  • 1. “AÑO DE LA UNIDAD, LA PAZ Y EL DESARROLLO” “UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA” Escuela Profesional De Ingeniería Ambiental Curso De Biotecnología Informe Simulación de electroforesis en Gel de Agarosa usando el Software SnapGene con cepas Bacterianas de Articulo Científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú” Presentado por Camila Cervantes Maquera Docente Dr. Hébert Hernán Soto Gonzales Ciclo VII Ilo – Moquegua 02 de junio del 2023
  • 2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL ÍNDICE 1. INTRODUCCION ............................................................................................... 3 2. OBJETIVOS......................................................................................................... 4 2.1. Objetivo General............................................................................................... 4 2.2. Objetivos Específicos ....................................................................................... 4 3. MARCO TEORICO............................................................................................. 4 3.1. Software SnapGene .......................................................................................... 4 3.2. Electroforesis.................................................................................................... 6 3.3. Gel de Agarosa.................................................................................................. 8 3.4. Petróleo............................................................................................................. 9 3.5. Electroforesis en Gel de Agarosa.................................................................... 10 3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ..................... 10 3.7. ADN y ARN ................................................................................................... 11 3.8. Secuenciación de ADN................................................................................... 12 4. METODOLOGÍA .............................................................................................. 12 4.1. Materiales ....................................................................................................... 12 4.2. Métodos .......................................................................................................... 13 5. RESULTADO..................................................................................................... 19 6. CONCLUSIÓN.................................................................................................. 20 7. BIBLIOGRAFIA................................................................................................ 21
  • 3. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 3 1. INTRODUCCION En el presente trabajo se realiza una simulación del gel de agarosa para cepas bacterianes encontradas en suelo y aguas contaminadas por derrame de petróleos. La electroforesis en gel de agarosa se utiliza comúnmente para separar moléculas en función de su carga, tamaño y forma. Se trata de un medio de separación eficaz para las biomoléculas cargadas como el ADN, el ARN y las proteínas. El software SnapGene nos proporciona la manera de realizar esa simulación utilizando las secuencias de ADN de las cepas bacterianas. SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Los geles para separar ADN suelen estar hechos de un polisacárido llamado agarosa, que se consigue como hojuelas secas pulverizadas. La electroforesis en gel de agarosa es de las más utilizadas para analizar y caracterizar ácidos nucleicos de distintas procedencias. Los geles se comportan como un tamiz molecular y permiten separar moléculas cargadas en función de su tamaño y forma; importantes para analizar.
  • 4. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 4 2. OBJETIVOS 2.1. Objetivo General ✓ Realizar la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene con los datos identificados de cepas bacterianas aisladas de aguas y suelos contaminados del Articulo Científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”. 2.2. Objetivos Específicos ✓ Conocer el funcionamiento e importancia de el Gel de Agarosa en cepas bacterianas. ✓ Utilizar datos del NCBI. ✓ Manejar el software SnapGene para realizar la práctica. 3. MARCO TEORICO 3.1. Software SnapGene Imagen 01. Software SnapGene Fuente: SnapGene SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In- Fusión del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados.
  • 5. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 5 Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción del ADN, marcando automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir conjuntos de enzimas personalizados. SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank, DNASTAR Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles inteligentes de búsqueda y zoom. Mientras realiza todas estas funciones, SnapGene registra automáticamente cada paso de su proyecto de clonación, cada vez que edita una secuencia o realiza una simulación, el procedimiento se registra en un historial gráfico. SnapGene es una aplicación impresionante para manejar los procedimientos de biología molecular. Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de ADN y soporta una variedad de formatos de archivo comunes. GSL Biotech SnapGene es un gran recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de ADN. Imagen 02. Pantalla de inicio del SnapGene Fuente: Elaboración propia
  • 6. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 6 3.2. Electroforesis La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz. Los poros del gel o la matriz actúan como un tamiz, lo cual permite que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas más grandes. Para determinar el tamaño de las moléculas de una muestra, se usan estándares de tamaños conocidos que se separan en el mismo gel y luego se comparan con la muestra. La electroforesis sirve para separar las moléculas, además, en función de su tamaño. Esto es posible gracias a la utilización de un medio sólido poroso, como son los geles de poliacrilamida o los geles de agarosa. Para un mismo tamaño de poro, a mayor sea el tamaño de la molécula, más difícilmente migrará hacia el cátodo o el ánodo. Imagen 03. ¿Qué es la electroforesis? Fuente: Id Core BioTech
  • 7. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 7 Existen varios tipos de electroforesis, dependiendo del modo en el que se realicen: ✓ Electroforesis en acetato de celulosa: se trata de un tipo de electroforesis en las que el soporte es un papel, que se coloca horizontalmente en un medio hidratado. Su utilización permite la separación de proteínas de una forma rápida. ✓ Electroforesis en gel de agarosa: en este caso, se utiliza como soporte sólido un gel preparado con agarosa. Normalmente se utiliza para separar moléculas de gran tamaño, como ácidos nucleicos. ✓ Electroforesis en gel de poliacrilamida: en este tipo de electroforesis, se utiliza gel de poliacrilamida como soporte. Este gel es considerado como uno de los mejores soportes para electroforesis, pero tiene una desventaja: es neurotóxico, por lo que debe ser utilizado con precaución. ✓ Electroforesis capilar: en la electroforesis capilar, el soporte es un fino tubo de sílica fundida. Al contrario que en el resto de los tipos, la electroforesis capilar requiere de un dispositivo que permita detectar la migración de las moléculas en el soporte y que transmita los resultados a un ordenador. Esta técnica es bastante eficiente y requiere unos niveles menores de muestra y de reactivos que el resto de la electroforesis. ✓ Isoelectroenfoque: se trata de una técnica que separa las moléculas por la acción de un campo eléctrico y un gradiente de pH. Esta particularidad aumenta la resolución de la técnica, que permite separar mejor las moléculas. ✓ Electroforesis bidimensional: es la combinación de una isoelectroenfoque y una electroforesis en gel de poliacrilamida. Permite separar mejores soluciones con una gran cantidad de proteínas diferentes.
  • 8. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 8 Imagen 04. Electroforesis Fuente: Genome.gov 3.3. Gel de Agarosa Como su nombre lo indica, en la electroforesis en gel participa un gel: un bloque de material similar a la gelatina. Los geles para separar ADN suelen estar hechos de un polisacárido llamado agarosa, que se consigue como hojuelas secas pulverizadas. Cuando la agarosa se calienta en una solución amortiguadora (agua mezclada con algunas sales) y deja enfriar, se forma un gel sólido ligeramente blando. A nivel molecular, el gel es una matriz de moléculas de agarosa que se mantienen unidas por puentes de hidrógeno y que forman pequeños poros. En un extremo, el gel tiene muescas en forma de ranuras llamadas pozos, que son donde se colocarán las muestras de ADN: Imagen 05. Pozos del Gel de Agarosa
  • 9. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 9 Fuente: KhanAcademy Antes de agregar las muestras de ADN, el gel debe colocarse en una cámara. Uno de los extremos de la cámara se conecta a un electrodo positivo y el otro extremo se conecta a un electrodo negativo. El cuerpo principal de la cámara, donde se coloca el gel, se llena con solución amortiguadora con sales que puede conducir la corriente. Aunque tal vez no puedas verlo en la imagen superior (gracias a mis fabulosas habilidades artísticas), la solución amortiguadora llena la cámara hasta un nivel en el que apenas cubre el gel. El extremo del gel que tiene los pozos se coloca hacia el electrodo negativo. El extremo sin pozos (hacia donde migrarán los fragmentos de ADN) se coloca hacia el electrodo positivo. 3.4. Petróleo El petróleo es un aceite mineral de color muy oscuro o negro, menos denso que el agua y de un olor acre característico. Está formado por una mezcla de hidrocarburos acompañados de azufre, oxígeno y nitrógeno en cantidades variables. El petróleo se encuentra sólo en las rocas sedimentarias. El petróleo se origina a partir de una materia prima formada fundamentalmente por restos de organismos vivos acuáticos, vegetales y animales que vivían en los mares, las lagunas, las desembocaduras de los ríos y en las cercanías del mar. Estos restos fueron atacados en los fondos fangosos por bacterias anaerobias que consumieron su oxígeno dejando únicamente moléculas de carbono e hidrógeno llamadas hidrocarburos. La presión ejercida por la enorme masa de sedimentos provoca la expulsión del líquido que se encuentra entre las capas de la roca sedimentaria. Este líquido, el petróleo, migra siguiendo la pendiente a decenas de kilómetros hasta que encuentre una roca porosa e incomprensible cuyos huecos rellena. Esta roca es la llamada roca almacén.
  • 10. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 10 El crudo del petróleo es una mezcla de hidrocarburos desde el más sencillo (CH4, metano), hasta especies complejas con 40 átomos de carbono. El petróleo, tal como mana del pozo, tiene muy pocas aplicaciones. Para obtener los diversos derivados es necesario someterlo a un proceso de refino, cuya operación principal es la destilación fraccionada. En ella obtenemos, a distintas temperaturas, toda una gama de productos comerciales a partir del petróleo bruto. Sustancias gaseosas tales como metano, etano, propano y butano; líquidas como las gasolinas, el queroseno y el fuelóleo; sólidas como las parafinas y los alquitranes, se obtienen a distintas temperaturas en este proceso. Los campos petrolíferos se encuentran normalmente muy lejos de los lugares de consumo. El transporte terrestre de los crudos se realiza, normalmente, a través de oleoductos que van del pozo a la refinería o al puerto de expedición más próximo. El transporte marítimo a larga distancia lo cubren los buques cisterna o petroleros. 3.5. Electroforesis en Gel de Agarosa La electroforesis en gel de agarosa es de las más utilizadas para analizar y caracterizar ácidos nucleicos de distintas procedencias. Los geles se comportan como un tamiz molecular y permiten separar moléculas cargadas en función de su tamaño y forma. Así, moléculas de DNA de diferente tamaño van a emigrar de forma distinta en una electroforesis en gel de agarosa. Además, si en dicha electroforesis se aplican marcadores de peso molecular (fragmentos de DNA de tamaño conocido) se puede calcular el tamaño aproximado del DNA en estudio. 3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) El Centro Nacional para la Información Biotecnológica o National Center for Biotechnology Information (NCBI) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos (National Library of Medicine), una rama de los Institutos Nacionales de Salud (National Institutes of Health o NIH). Está localizado en Bethesda, Maryland y fue fundado el
  • 11. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 11 4 de noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información de biología molecular. Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos. El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más usadas. NCBI alberga genoma secuenciado en GenBank, y un índice de los artículos biomédicos de investigación en PubMed Central y PubMed, así como otra información relevante a la biotecnología. 3.7. ADN y ARN ADN y ARN son los ácidos nucleicos que conforman la base de nuestro genoma. Estas dos biomoléculas determinan lo que somos como especie y en buena medida, lo que somos como individuos. El ácido desoxirribonucleico (ADN) es un ácido nucleico que contiene toda la información genética hereditaria que sirve de “manual de instrucción” para desarrollarnos, vivir y reproducirnos. El ADN se encuentra en el núcleo de las células, aunque una pequeña parte también se localiza en las mitocondrias, de ahí los términos ADN mitocondrial y ADN nuclear. El ADN como ácido nucleico está compuesto por estructuras más simples, las bases nitrogenadas. Estas son 4: Adenina, Guanina, Citosina y Timina. El orden que adoptan estas bases determinará nuestro código genético. El ARN o ácido ribonucleico es el otro tipo de ácido nucleico que posibilita la síntesis de proteínas. Si bien el ADN contiene la información genética, el ARN es el que permite que
  • 12. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 12 esta sea comprendida por las células. Está compuesto por una cadena simple, al contrario del ADN, que tiene una doble cadena. 3.8. Secuenciación de ADN La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro componentes básicos químicos, llamados "bases", que forman la molécula de ADN. La secuencia les informa a los científicos la clase de información genética que se transporta en un segmento específico de ADN. Por ejemplo, los científicos pueden usar la información de las secuencias para determinar qué tramos de ADN contienen genes y qué tramos transportan instrucciones regulatorias, que activan o desactivan genes. En la doble hélice de ADN, las cuatro bases químicas se unen siempre con la misma pareja para formar "pares de bases". Adenina (A) siempre forma pareja con timina (T); citosina (C) siempre forma pareja con guanina (G). Este emparejamiento es la base para el mecanismo mediante el que las moléculas de ADN se copian cuando las células se dividen, y también es la base para los métodos usados en la mayoría de los experimentos de secuenciación de ADN. El genoma humano contiene alrededor de tres mil millones de pares de bases que detallan las instrucciones para crear y mantener a un ser humano. 4. METODOLOGÍA 4.1. Materiales ✓ NCBI ✓ Software SnapGene ✓ Articulo Científico con las cepas Bacterianas ✓ Word ✓ Laptop ✓ Carpeta de archivos
  • 13. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 13 4.2. Métodos Para el presente trabajo de simulación de electroforesis mediante el gel de agarosa utilizando el software SnapGene realizamos los siguientes pasos y utilizamos también las siguientes cepas bacterianas: Imagen 05. Tabla con la lista de cepas bacterianas Fuente: Articulo Científico ✓ Paso 01. Búsqueda de las cepas bacterianas en el NCBI. Copiamos el N° de accesión de la cepa bacteriana y lo buscamos en el NCBI. Imagen 06. Copiamos el código para llevarlo al NCBI
  • 14. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 14 Fuente: Elaboración propia Imagen 07. Pegamos el código al NCBI Fuente: Elaboración propia ✓ Paso 02. Descargamos la informacion del NCBI en formato FASTA. Imagen 08. Descargamos en formato FASTA Fuente: Elaboración propia Imagen 09. Descarga de todas las cepas bacteriana en formato FASTA
  • 15. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 15 Fuente: Elaboración propia ✓ Paso 03. Abrimos los archivos descargados en el software SnapGene. Imagen 10. Colocamos en doble cadena y activamos la opción de la casilla. Fuente: Elaboración propia Imagen 11. Descarga de todas las cepas bacteriana en formato FASTA Fuente: Elaboración propia ✓ Paso 04. Una vez abierto el archivo lo guardamos desde el SnapGene en formato “SnapGene DNA”.
  • 16. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 16 Imagen 12. Guardamos en formato SnapGene y colocamos nuestras iniciales. Fuente: Elaboración propia Imagen 13. Guardamos de igual manera todas las demás cepas bacterianas. Fuente: Elaboración propia
  • 17. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 17 ✓ Paso 05. Se actualizará automáticamente a ese formato guardado, luego nos dirigimos a Herramientas “Tools” y seleccionamos Simular Gel de Agarosa “Simulate Agarose Gel”. Imagen 14. Formato del archivo actualizado. Fuente: Elaboración propia Imagen 15. Simulando el gel de agarosa Fuente: Elaboración propia Imagen 16. Ventana donde simulamos el gel de agarosa.
  • 18. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 18 Fuente: Elaboración propia ✓ Paso 06. Se abrirá una nueva ventana que mostrará el resultado de la simulación de la cepa bacteriana al Gel de Agarosa. Imagen 16. Ventana donde simulamos el gel de agarosa. Fuente: Elaboración propia
  • 19. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 19 ✓ Paso 07. Realizamos los mismos pasos con las demás cepas y obtenemos el siguiente resultado que nos permite analizar y caracterizar ácidos nucleicos de distintas procedencias. Imagen 17. Simulando el gel de agarosa de todas las cepas. Fuente: Elaboración propia Imagen 18. Cuadro de nombres de las cepas simuladas en gel de agarosa Fuente: Elaboración propia 5. RESULTADO Este es el resultado que obtenemos al completar todas las secuencias en gel de agarosa. Imagen 19. Resultado de todas las cepas bacterianas.
  • 20. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 20 Fuente: Elaboración propia 6. CONCLUSIÓN El programa SnapGene nos permite realizar simulaciones del gel de agarosa que nos brinda resultados similares a los que podríamos obtener del laboratorio. Este software incluye una gran cantidad de datos necesarios para entender cómo, una configuración flexible de todos los elementos del gel, número de carriles, porcentaje de agarosa y un conjunto completo de marcadores en la primera columna. Además, se puede identificar la banda que sea de agrado con información detallada de los fragmentos para cada carril o columna.
  • 21. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL 21 7. BIBLIOGRAFIA • Centro_Nacional_para_la_Información_Biotecnológica. (s/f). Quimica.es. Recuperado el 2 de junio de 2023, de https://www.quimica.es/enciclopedia/Centro_Nacional_para_la_Informaci% C3%B3n_Biotecnol%C3%B3gica.html • de la Salud, E. de E. en C. (2017, octubre 27). ADN y ARN concepto, diferencias y funciones. VIU Perú. https://www.universidadviu.com/pe/actualidad/nuestros-expertos/adn-y- arn-concepto-diferencias-y-funciones • Electroforesis en gel. (s/f). Khan Academy. Recuperado el 2 de junio de 2023, de https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and- regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis • Rodicio, M. del R., & Mendoza, M. del C. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación del ARNr 16S: fundamento, metodología y aplicaciones en microbiología clínica. Enfermedades infecciosas y microbiologia clinica, 22(4), 238–245. https://doi.org/10.1157/13059055 • Secuenciación del ADN. (2019, marzo 9). Genome.gov; NHGRI. https://www.genome.gov/es/about-genomics/fact-sheets/Secuenciacion-del- ADN • (S/f). Genotipia.com. Recuperado el 2 de junio de 2023, de https://genotipia.com/electroforesis/