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Tableaux croisés dynamiques sous Excel: des outils simples pour une analyse rapide de jeux de données standardisés

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Présentation réalisée dans le cadre du Congrès annuel de l'Association Française de Cytométrie, le 20 novembre 2015 à Juan les Pins.

Publicado en: Software
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Tableaux croisés dynamiques sous Excel: des outils simples pour une analyse rapide de jeux de données standardisés

  1. 1. 20/11/2015 Tableaux croisés dynamiques sous Excel: des outils simples pour une analyse rapide de jeux de données standardisés 1 CIPHE Camille SANTA MARIA Ingénieur d’étude Herve LUCHE, PhD R&D manager
  2. 2. Introduction 2 • D’autres outils d’analyse existent (Tableau, Spotfire…) • Excel : • Disponible sur tous les ordinateurs • Mise en œuvre rapide • Simplicité • Interface connue • Multiples tutoriels en ligne • Présentation pour Excel sous Windows. Pour Macintosh, uniquement pour la dernière version Office
  3. 3. Standardisation 3 Variations Opérateur Réactifs Instrument Analyse de données
  4. 4. Comment passer rapidement de données brutes au format CSV à des graphes interprétables facilement ? 4
  5. 5. 5 Définition et avantages Un tableau croisé dynamique permet de réaliser rapidement des tableaux de synthèse sur des volumes de données importants. Gérer un grand nombre de données Agréger les valeurs sous forme de somme, moyenne, écart-type… Combiner métadonnées et statistiques Trier, filtrer et modifier les données rapidement Utiliser pour la visualisation graphique
  6. 6. Sommaire 6 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  7. 7. Sommaire 7 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  8. 8. Les métadonnées 8 Informations caractéristiques de nos échantillons, varient à chaque expérience. Numéro d’échantillon, âge, sexe, poids, identification du patient… Nécessaire pour l’analyse, associés aux statistiques correspondants à chaque échantillon.
  9. 9. Organiser les métadonnées 9 • Mettre sous forme de tableau
  10. 10. Organiser les métadonnées 10 Rappel facilité des informations : Le gestionnaire des noms ne lit pas les « + » et « - », pensez à les remplacer par des « pos » et « neg »! Le Gestionnaire de noms permet de rappeler aisément les données depuis n’importe quelle table, à partir du nom de la colonne. Les données seront retranscrites à la même ligne que dans le tableau source.
  11. 11. Sommaire 11 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  12. 12. Ajouter les statistiques brutes 12 • Créer un nouveau classeur • Coller les statistiques extraites de l’analyse Concerne les statistiques extraites de l’analyse (fichier au format .csv)
  13. 13. Ajouter les statistiques brutes 13 • Créer un nouveau classeur • Coller les statistiques extraites de l’analyse • Le mettre sous forme de tableau Concerne les statistiques extraites de l’analyse (fichier au format .csv)
  14. 14. Ajouter les statistiques brutes 14 • Créer un nouveau classeur • Coller les statistiques extraites de l’analyse • Le mettre sous forme de tableau • Enregistrer les noms comme précédemment Concerne les statistiques extraites de l’analyse (fichier au format .csv)
  15. 15. Sommaire 15 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  16. 16. Regrouper métadonnées et statistiques Indispensable à la création du TCD 1ere ligne : rentrer les noms manuellement, rappels Gestionnaire des noms à partir de la ligne 2 Rentrer colonne « commentaire » pour filtrer les tube à ne pas conserver par la suite
  17. 17. Regrouper métadonnées et statistiques en une table de synthèse 17 Indispensable à la création du TCD • Grouper les métadonnées et les statistiques. • Rappeler facilement les informations grâce au Gestionnaire de noms • Organiser les données • Faire des calculs Possibilité de créer une colonne « commentaire » pour annoter les tubes anormaux peut être utile pour les ex-filtrer par la suite Pour créer un TCD il faut un tableau à simples entrées
  18. 18. Sommaire 18 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  19. 19. Créer un tableau croisé dynamique 19 Les valeurs ne s’actualisent pas automatiquement, penser à cliquer sur « actualiser tout » après chaque modification Il est maintenant possible de créer le tableau croisé dynamique Sélectionner le tableau qui regroupe métadonnées et statistiques et cliquer sur « TblCroiséDynamique » dans l’onglet « Insertion »
  20. 20. Créer un tableau croisé dynamique 20 Cette page s’affiche. Il faut maintenant sélectionner les données à afficher
  21. 21. Créer un tableau croisé dynamique 21 Valeurs à étudier dans le tableau (Somme, moyenne, écart-type…) Eléments à classer en colonne Eléments à classer en ligne (paramètres) Eléments à filtrer Le tableau croisé dynamique va se construire automatiquement au fur et à mesure que vous ajouterez des champs
  22. 22. Créer un tableau croisé dynamique
  23. 23. Tableaux croisés dynamiques : le champs valeurs 23 Permet le choix des valeurs à étudier. Par défaut, la somme sera affichée lorsqu’il n’y aura que des valeurs numériques. Pour modification, clique droit, paramètres des champs de valeurs, et sélectionner le type de calcul.
  24. 24. Tableaux croisés dynamiques : le champs filtre 24 Avec les filtres, vous pouvez éliminer de votre analyse les échantillons pour lesquels vous avez entré un commentaire Le filtre permet de ne visualiser qu’une partie des éléments d’une catégorie (par exemple filtrer la catégorie « comment »)
  25. 25. Le Tableau croisé dynamique obtenu 25
  26. 26. Sommaire 26 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  27. 27. Les graphes croisés dynamiques 27 Après création TCD visualiser ces données en graphique Il est également possible de créer directement un graphique croisé dynamique
  28. 28. Les graphes croisés dynamiques 28 Manip 1 Manip 2
  29. 29. Sommaire 29 Les tableaux croisés dynamiques Métadonnées Statistiques Récapitulatif (métadonnées + statistiques) Création Tableau croisé dynamique Graphique croisé dynamique Astuces & standardisation
  30. 30. Les segments : un moyen rapide de filtrer les données 30 Les segments sont un autre moyen de filtrer les données. Ils peuvent être particulièrement utiles pour les graphes : permet de visualiser successivement différents groupes très aisément. Disponible à partir de la version Excel 2010
  31. 31. Transformer les valeurs 31 En cliquant sur une valeur vous pouvez sélectionner une autre manière d’afficher les valeurs. Peut être utile pour une comparaison (« différence en % par rapport… ») En double cliquant sur une valeur du tableau, un onglet vous donne les informations « source »
  32. 32. Quelques astuces 32 • Dans le gestionnaire des noms, les signes « + » et « - » ne sont pas reconnus, les remplacer par « pos » et « neg » • Il est possible de changer le design du tableau : - Les noms des paramètres - Les chiffres significatifs - La police, couleur…
  33. 33. Expériences standardisées 33 Vous avez maintenant différents classeurs : - Les métadonnées - Les statistiques - Les fréquences calculées - Le tableau croisé dynamique - Éventuellement les graphiques croisés dynamiques
  34. 34. Expériences standardisées 34 Pour une manipulation standardisée, lorsque vous en ferez une nouvelle vous n’aurez que peu de champs à modifier : Attention Ne jamais toucher les entêtes Ne pas reprendre les noms type « MUT, CTRL… » servant pour l’établissement des TCD
  35. 35. Expériences standardisées 35 Remplacer les métadonnées qui changent
  36. 36. Expériences standardisées 36 Remplacer les métadonnées qui changent Coller les nouvelles statistiques
  37. 37. Expériences standardisées 37 Remplacer les métadonnées qui changent Coller les nouvelles statistiques Remplir la colonne « comment » si nécessaire
  38. 38. Expériences standardisées 38 Remplacer les métadonnées qui changent Coller les nouvelles statistiques Remplir la colonne « comment » si nécessaire Actualiser tout Les TCD et graphes se mettent à jour
  39. 39. Conclusion 39 • Tableaux croisés dynamiques : un outil rapide d’analyse • Graphiques croisés dynamiques : visualisation simple des résultats • Réutilisation aisée pour manipulations longitudinales
  40. 40. Profiling Immunity Le module: des cytométristes de flux, de masse et spectrale Pierre GRENOT IE INSERM Instrumentation guru Training, MIA, Immgen Lillia HADJEM AI Phenomin Cytométrie de flux IMPC, Panels et standardisation Marielle MELLO IE INSERM Modèles murins Immuno-assays Camille SANTA-MARIA IE Phenomin Cytométrie de flux Ag Density Solène JAUBERT IE Phenomin Cytométrie de flux IMPC, Chimères Marie MALISSEN, PhD PhD, DRCE CNRS Scientific Director Herve LUCHE, PhD IR AMU R&D Manager ISAC Scholar 2014-2018 Quentin BARBIER IE Phenomin Bio-informaticien Analyse de données Emilie GREGORI IE Phenomin Cytométrie de masse

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