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[All in-one2017] 「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋質構造データバンク

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All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~
講師:鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所 特任助教)
日時:2017年5月27日
場所:三島市民文化会館(ゆうゆうホール) 小ホール(静岡県三島市)
YouTube:https://youtu.be/w93IQGKeNOs

Publicado en: Ciencias
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[All in-one2017] 「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋質構造データバンク

  1. 1. 「生命の素子」のカタチの データベース: 蛋質構造データバンク (PDB) All-in-one 合同講習会 2017 三島市民文化会館 鈴木博文 PDBj / 大阪大学蛋白質研究所
  2. 2. 筋肉のタンパク質 2 アクチン (レール) ミオシン (モーター) トロポミオシン (スイッチ) 立体メガネ
  3. 3. インフルエンザウイルス の タンパク質 と タミフル 3 大きい球: タミフル (インフルエンザ治療薬) 小さい球: ノイラミニダーゼ (インフルエンザウイルスのタンパク質) 立体メガネ
  4. 4. 「生命の素子」の構造 4 時計を作る、直す、改造する、には… → 時計の「しくみ」の理解 → 時計の部品の「構造」の理解 「生物」である自分達のことを知るには・・・ 病気の治療、ナノテクなどへの応用には・・・ → 生物の「しくみ」の理解 → 「生命の素子」の「構造」の理解 「生命の素子」とは? → 主にタンパク質 (蛋白質) → 他にはDNA、RNA、糖、脂質など タンパク質の構造
  5. 5. PDB と PDBj につて
  6. 6. PDBの2つの側面 6 PDBは、 - 世界でたったひとつのデータベース 厳重に秘匿 厳密に管理 - 世界中にたくさんあるデータベース 容易に入手・自由に利用 勝手に公開
  7. 7. Wikipediaの“PDB”のページ 7
  8. 8. Worldwide PDB (wwPDB) 8 4つの拠点で協力してPDBを運営 ~ wwPDBの役割は、PDBの生体高分子の3次元構造を蓄積した単一の データベースの保守と、PDBデータベースを世界中の研究者コミュニティに無 償で公開し利用できるようにすることである。 Wikipediaより ~
  9. 9. - 世界中の研究者から集める (研究資金、ジャーナルなどによっては義務) - 登録・検証・品質管理は各拠点で分担 - 共通のデータベースを作成 - 新規データは非公開、公開日まで厳重に管理 (特別の部屋、専門のスタッフのみ) データの受け入れ(登録・検証・品質管理) 9 電子鍵のついた部屋 専門スタッフによる 登録、検証作業
  10. 10. - 世界同時公開 毎週水曜0:00(日本時間9:00) - パブリックドメイン 使途を問わない、人類の財産 - 各拠点独自のツールやユーザーインターフェース - PDBデータに付随する、各拠点独自の注釈 データの公開 10 サービスの開発作業 サーバーの管理作業
  11. 11. wwPDBの「諮問委員会」 11 wwPDB Advisory Committee Meetings 2014 メンバーは世界中の構造解析・バイオインフォマティクスの専門家 http://www.wwpdb.org/about/advisory
  12. 12. PDBのデータ
  13. 13. データの公開 13 年約1万件の登録 年数億回のダウンロード
  14. 14. 誰が何に使うの? 14 • よく似た別のタンパク質の構造解析に使う • 多数の構造データを利用した研究 • 病理学、創薬研究への応用 • イラスト作成、教育活動 表紙の画像 科学イベント (サイエンスアゴラ)科学研究に再利用
  15. 15. 日本蛋白質構造データバンク (PDBj)のウェブサイト
  16. 16. PDBj の トップページ 16 https://pdbj.org/
  17. 17. 「教材」として使えるコンテンツ 17 ページ左のメニューに 「教材」という項目がある 今月の分子 タンパク質の構造の美しい画像と、 丁寧な解説
  18. 18. スマートフォンでも立体構造を見られる 18 「万見プライム」 立体構造のインタラクティブな表示と解説 赤青メガネで立体視
  19. 19. 研究者 と データベース
  20. 20. 研究者はどうやって研究成果を発表する? 20 科学者が研究して何かを発見 → 学術論文を書く 論文ジャーナルに掲載される
  21. 21. 文章や絵だけでは、説明できないことは? 21 たくさんの画像、大きなデータなどは、 インターネットで公開 誰でも利用できる
  22. 22. タンパク質の構造データ 22 ・・・・・・ モータータンパク質 「ダイニン」 一個一個の原子の場所などが書いてある このタンパク質の場合、4万個以上
  23. 23. データベース 23 Wikipediaによる「データベース」の解説 • Wikipedia自体も「データベース」 • PDBもデータベース • 外部の人が登録したり利用したりすることができる ようにしたものを「データバンク」ということが多い
  24. 24. PDBに登録しないと論文を載せてもらえない 24 http://www.nature.com/authors/policies/availability.htmlより 「nature」が論文を受理する条件 他の多くの論文ジャーナルも同様の条件 PDBにデータを登録しないと、論文発表できない

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