[All-in-one2016] DDBJデータベースを用いた配列の検索と解析
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All-in-one 合同講習会 2016 ～バイオビッグデータ解析入門～ 講師：有田 正規（国立遺伝学研究所） 日時：2016年7月23日 場所：VisLab OSAKA（グランフロント大阪 北館タワーC ９F、大阪市北区） YouTube：https://youtu.be/0ugT1qJAu3U
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[All-in-one2016] DDBJデータベースを用いた配列の検索と解析
- 2. DNA Data Bank of Japan (DDBJ) GenBank, EMBL データベースと連携した、３極構造 の一つとして 1986 年に発足、翌年から稼働。 International Nucleotide Sequence Database Collaborationという枠組みで ・次世代シーケンスデータ ・DNA配列 ・生物試料（Biosample）、計画 情報（Bioproject）などを共有
- 3. DDBJ Submission DNA配列の 「登録」 がとても重要な作業。 登録して 「アクセッション番号」 を受け取らないと、 論文を発表できない。（義務） 登録と特許とは別。登録内容は公開される。
- 4. ヒトゲノムは個人情報？ はい、個人情報です。必要に応じて、インフォームド コンセントに基づいて、アクセス制限付きのデータ ベースに登録します。 Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA) 参考 • 改正個人情報保護法におけるゲノムデータ等の 取扱い （厚生労働省） • 日本バイオインフォマティクス学会の提言
- 6. SRA (short read archive) 次世代シーケンサのデータは、「アノテートしていな い」情報として別に格納します。
- 11. 著者欄 著者が書いたコメントの 中身を読むと、アミノ酸 変異のある配列である ことがわかる。 ↑ タイトルだけからは わからない！ 中身には気をつけること。 この下に ↓、DNA配列情報 Human alpha-1 globin chain
- 12. 検索の絞込み ARSAでは高度な検索方法が使えます。 AND、OR、NOT の利用 “ ” でくくったフレーズ ワイルドカード
- 13. 配列解析につかうフォーマット • GenBankフォーマット 30年以上続くテキスト形式のフォーマット 人が見てわかりやすい • FASTAフォーマット 配列のみ。シンプルで、作業には便利 • XMLフォーマット INSD標準タグによるGenBankフォーマットの翻訳 プログラム処理するときには便利
- 14. 実習１． ヒトの hemoglobin (alpha/beta chain) と、クジラの myoglobin のDDBJエントリーを見つけ出し、 translation 欄のアミノ酸配列を抜き出してください。 ヒト： Homo sapiens クジラ： Physeter catodon
- 16. 集めた配列のアラインメント アライメントの標準ツールは Clustal W / Clustal O EMBL-EBIのものが便利 論文用にはMUSCLE やMEGAが優秀
- 22. 実習２の答え DDBJで ACTA01000000 をみればよい。 ACTA01000001 から ACTA01200592
- 24. 解析パイプラインの提供
- 25. まとめ • DDBJはDNA配列３極構造の一つです • 検索や解析システムを日本語で利用できます • さまざまな情報について、NCBIやEBIへのポータル としても利用できます • 自分で解析するためのスパコン環境、解析パイプ ラインも無償提供しています チュートリアル等も充実しているのでごらんください。