BioSEPLN 2010 Workshop on Language Technology applied to biomedical and health documents

Grupo HULAT
Grupo HULATGrupo HULAT
BioSEPLN 2010
Workshop on Language
Technology applied to biomedical
and health documents.
Valencia, 6 de septiembre de
2010
Trabajos Aceptados
• Drug-Drug Interaction Detection: A New Approach Based on Maximal
Frequent Sequences. Sandra García Blasco, Roxana M. Danger
Mercaderes and Paolo Rosso.
• Semantic annotation of biomedical texts through concept retrieval.
Rafael Berlanga-Llavori, Victoria Nebot and Ernesto Jiménez-Ruíz.
• Using Wikipedia for term extraction in the biomedical domain: first
experiences. Jorge Vivaldi and Horacio Rodriguez.
• Improving an automatically extracted corpus for UMLS Metathesaurus
word sense disambiguation. Antonio Jimeno and Alan R. Aronson.
• Complementary Methods for De-identifying Sensitive Data with a focus
on Clinical Discourse. Dimitrios Kokkinaris.
• A Biomedical Information Retrieval System based on Clustering for
Mobile Devices. Manuel de La Villa Cordero, Alejandro Muñoz, Manuel
Millán and Manuel Maña.
• First Steps in The Manual and Automatic Annotation of a Corpus of
Clinical Notes in Spanish. Maite Oronoz Anchordoqui, Arantza Diaz de
Ilarraza and Ortzi Torices.
Envío de trabajos
• 13 envíos, 7 artículos aceptados.
• Temas:
– Aplicación IE
– Aplicación IR (dispositivos móviles)
– Aplicación Anonimización
– Corpora y anotación
– Sobre inglés/español
Otros Workshops con temas
similares
• 3rd Critical Assessment for Information Extraction in
Biology challenge, BioCreative III , September 2010,
Maryland, USA, www.biocreative.org
• ACL BioNLP, Julio 2010, Suecia
(http://compbio.uchsc.edu/BioNLP2009/index.shtml)
• CALBC challenge (Collaborative Annotation of a Large-
Scale Biomedical Corpus), June 2010, Cambridge, U.K.,
http://www.ebi.ac.uk/Rebholz-srv/CALBC/
• Fourth International Symposium on Semantic Mining in
Biomedicine (SMBM 2010), Octubre 2010, European
Bioinformatics Institute, UK, http://www.smbm.eu/
Otros Workshops con temas
similares
• 1st ACM International Conference on Health Informatics,
IHI 2010, November 11-12, Washington, DC,
http://ihi2010.sighi.org
• ACM International Workshop on Data and Text Mining in
BioInformatics (DTMBIO),
http://biosoft.kaist.ac.kr/dtmbio2009/home.html
• Workshop on Advances in Bio Text Mining (BioTM), May
2010, Gante B´elgica,
http://www.clips.ua.ac.be/BioTM2010/
• LREC Workshop on Building and evaluating resources
for biomedical text, http://www.nactem.ac.uk/biotxtm/
• International Symposium on Languages in Biology and
Medicine (LBM), http://lbm2009.biopathway.org/.
Idoneidad Workshop BioSEPLN
• A la vista del interés del tema ¿Propuesta de una segunda
edición?
• Buscar diferenciación de otros workshops:
• ¿centrado en el tratamiento de textos en español? (leer nota)
• ¿Marco de evaluación para nuevas tareas no cubiertas por
BioCreative, por ejemplo, anonimización de notas cl´inicas,
extracción de DDI, BNER en español, etc.?
• ¿Otros temas de interés considerando la oferta existente?
• Combinación presentación trabajos de investigación +
charla+ formación (¿algún tutorial?) mayor audiencia
• ¿Organizar otro tipo de reuniones?
• ¿otros?
• ¿Interés por parte de los Grupos de Investigación
nacionales para ampliación?
Muchas gracias!!!.
Hasta Pronto!!!
(¿BioSEPLN 2011?)
1 de 7

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BioSEPLN 2010 Workshop on Language Technology applied to biomedical and health documents

  • 1. BioSEPLN 2010 Workshop on Language Technology applied to biomedical and health documents. Valencia, 6 de septiembre de 2010
  • 2. Trabajos Aceptados • Drug-Drug Interaction Detection: A New Approach Based on Maximal Frequent Sequences. Sandra García Blasco, Roxana M. Danger Mercaderes and Paolo Rosso. • Semantic annotation of biomedical texts through concept retrieval. Rafael Berlanga-Llavori, Victoria Nebot and Ernesto Jiménez-Ruíz. • Using Wikipedia for term extraction in the biomedical domain: first experiences. Jorge Vivaldi and Horacio Rodriguez. • Improving an automatically extracted corpus for UMLS Metathesaurus word sense disambiguation. Antonio Jimeno and Alan R. Aronson. • Complementary Methods for De-identifying Sensitive Data with a focus on Clinical Discourse. Dimitrios Kokkinaris. • A Biomedical Information Retrieval System based on Clustering for Mobile Devices. Manuel de La Villa Cordero, Alejandro Muñoz, Manuel Millán and Manuel Maña. • First Steps in The Manual and Automatic Annotation of a Corpus of Clinical Notes in Spanish. Maite Oronoz Anchordoqui, Arantza Diaz de Ilarraza and Ortzi Torices.
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Notas del editor

  1. He decidido reordenar estas porque las 3 son challenges y la ´ultima al igual que el CALBC tambi´en es organizada por el instituto europeo de bioinform´atica (EBI)
  2. Estos 5 no son tareas, los dos primeros son ACM (aunque el primero n oes espec´ificamente sobre text mining) Yo en este punto resaltar´ia que en algunos casos hemos recibido el mismo n´umero de contribuciones que otros workshops (por ejemplo DTMBIO 2010), ¿preguntar a alfonso valencia cuantas contribuciones reciben de cada?
  3. Por ejemplo lo de notas clinicas se podria hacer a partir del corpus de las vascas (si ademas de anotar las dan anonimizadas y sin anonimizar). A mi lo de centrado en los textos en español no me gusta mucho, yo enfocar´ia algo m´as multiling¨ue, porque aunque sea la SEPLN, se nos caen la mitad de los participantes incluida yo ;).