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1.
Cytoscapeで Chemoinformatics 2014.10.25
@fmkz___
2.
自己紹介 • kzfm
(@fmkz___) – blog.kzfmix.com – Shizuoka.py(次回は12/05) • 研究所のインフラ構築をしていま す。 • Perl Python R Haskell – (最近Rubyも)
3.
今日のハンズオンのゴール • Cytoscapeで化合物ネットワークが描ける
ようになる • その他 – igraphでgml形式でファイル出力できる – RDKitで化合物を取り扱えるようになる
4.
Cytoscapeのインストール http://www.cytoscape.org/
5.
Chemviz2プラグインのインストー ル Apps
-> App managerから
6.
準備完了☆
7.
化合物データ ダウンロードしてもOK from
pychembldb import * ChEMBLから #Inhibition of recombinant Syk #Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949 assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one() for act in assay.activities: if act.standard_relation == "=": print act.compound.molecule.structure.molfile print "n> <pIC50>n{}n".format(9 - log10(act.standard_value)) print "$$$$"
8.
データ • https://github.com/kzfm/mishimasyk4
9.
ケミカルスペース
10.
ネットワークの作り方
11.
ネットワークの作り方
12.
ネットワークの作り方
13.
ネットワークの作り方
14.
こんな感じ
15.
この先 • ネットワークの作り方
• ネットワークの分析
16.
ネットワークの作り方 • 記述子ベース
– フィンガープリント – 部分構造ベースのフィンガープリント • グラフベース • GWT • pyGWT書きたい • Matched Molecular Pairs
17.
ネットワーク分析 • これからやっていくべき
– iGraph – networkx
18.
補足
19.
Pythonのインストール • mac
osxだったら入っています • windowsはバイナリがあります – https://www.python.org/ • pipも入れましょう – http://pip.readthedocs.org/en/latest/installing.h tml
20.
RDKitのインストール • ドキュメントを読んで頑張る
– http://www.rdkit.org/docs/Install.html
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