Using Python to fight Malaria, Pierre Poulain

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Pôle Systematic Paris-Region

PyParis 2017 http://pyparis.org

Technology

1 ~ PP
Using Python to fight Malaria
Pierre Poulain @pierrepo
Univ. Paris Diderot

2 ~ PP
or why open science is
important in research
Using Python to fight Malaria

5 ~ PP
Symptoms
http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/254991/1/WHO-HTM-GMP-2017.6-eng.pdf

6 ~ PP
In 2015
214 millionmalaria estimated cases worldwide
429 000
deaths
http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/254991/1/WHO-HTM-GMP-2017.6-eng.pdf

7 ~ PP
Africa accounts for 90% of cases
http://gamapserver.who.int/gho/interactive_charts/malaria/cases/atlas.html

8 ~ PP
Diagnosis by optical microscopy
Thick
blood smear
Thin blood
smear

10 ~ PP
Looking for parasites
thin blood smear

12 ~ PP
Could technology help?
http://www.plantnet-project.org/page:MOBILE

14 ~ PP
Could technology help?
Esteva et al., Nature, 2017, doi:10.1038/nature21056

15 ~ PP
And for Malaria?
Das et al., Journal of Microscopy, 2015, doi: 10.1111/jmi.12270

16 ~ PP
And for Malaria?
Das et al., Journal of Microscopy, 2015, doi: 10.1111/jmi.12270

18 ~ PP
We need open data
& open source code

20 ~ PP
MalariaSmearSearch
Upload blood smears
Annonate parasites

21 ~ PP
MalariaSmearSearch
E-learning
Train technicians

22 ~ PPhttps://github.com/pierrepo/MalariaSmearSearch
Athénaïs
Vaginay
Master student
Bioinformatics

23 ~ PP
Back-end
Flask-Login
Flask-WTF
Flask-Uploads
Flask-JSGlue

30 ~ PP
Data preparation, upload &
annotation

31 ~ PP
Data archiving
Findable
Accessible
Interoperable
Reusable

33 ~ PP
Jake VanderPlas @jakevdp
PyCon 2017https://www.youtube.com/watch?v=ZyjCqQEUa8o

34 ~ PP
Jake VanderPlas @jakevdp
PyCon 2017https://www.youtube.com/watch?v=ZyjCqQEUa8o

35 ~ PP
Credits
Skeeze
Pixabay CC0
Edward Boatman
The Noun Project / CC-BY
Ute Frevert & Margaret Shear
Wikimedia / CC-BY
Centes for Disease Control and Prevention
Wikimedia / Public domain
US Army Africa
Flickr / CC-BY
Gratisography
CC0
markusspiske
Pixabay / CC0

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