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Criando reportes dinâmicos com R e LaTeX
- 2. Em algum lugar do Caribe… Ilha de Mona, Porto Rico
- 6. Reportes dinâmicos • Integrando os analises no reporte você tem só dois files que segurar: 1) os dados e 2) o script (.rnw) • Objetivos: – Criar reportes dinâmicos – Fazer a pesquisa reproduzível • Quando precise fazer cambios em seus analises (nos dados ou no código R) um ano o 20 anos depois só precisa modificar o script e os câmbios serão feitos automaticamente
- 7. O que é SWEAVE? • SWEAVE é uma ferramenta que permite integrar código R em documentos LATeX. • Criada por Frederique Leisch é um conjunto de funções, que já vem com instalação standard do R. • O reporte incluirá partes de texto (escritas em LATeX) e partes de código (em R)
- 8. O que é o LATeX? • O LATeX é um conjunto de funções para controlar o TeX um programa de edição de texto com altas capacidades. • Basicamente é um processador de texto em que o usuário tem controle total sobre o typestting. • O texto é digitado em quaisquer editor de texto, com vários comandos inseridos que modificam sua aparência, localização, tamanho, etc • Logo o script tem que ser compilado e convertido em PDF ou outro formato de saída. • Existem varias “distribuições” do LATeX • Também usado para fazer slides: BEAMER • Muito usado em Matemáticas, Física e Biologia teórica
- 9. Requisitos para produzir Reportes Dinâmicos • R • LATeX • Um editor de codigo (opcional): – TinnR – RStudio
- 10. Como instalar o LATEX? • Baixar o MikTeX http://miktex.org/ • Vem incluso o TeXworks, o editor de código. • Abrir o TeXworks e comprobar que esta funcionando. • Fazer testes com os templates inclusos
- 12. Como instalar o TinnR? • Editor multiusos serve para R, Python, Ruby, Markup, etc • Criado por José Claudio Faria na Universidade Estadual de Santa Cruz, BA • Baixar o programa do http://nbcgib.uesc.br/lec/software/pac-r/tinnr • Testar a conexão com R • Testar o compilador do LATeX
- 13. AMBIENTE DO TinnR R Terminal Area do Script Menus
- 14. Como funciona? Codigo R é separado do resto por <<>>= <<nome, opções>>= Documento formatado para LATeX A parte do texto sempre começa com @ archivo.rnw
- 16. Um exemplo simples documentclass[a4paper]{article} title{Exemplo Sweave 1} author{Susan Aragon} begin{document} maketitle Em este exemplo integramos partes do exemplo da pagina do help texttt{kruskal.test} em um documento LaTeX{} : <<label=primerChunk, echo=FALSE>>= data(airquality) library(stats) kruskal.test(Ozone ~ Month, data = airquality) @ que mostra que a distribucão de Ozono varia significativamente de mes a mes. Finalmente incluimos um grafico de boxplot dos dados: begin{center} <<segundoChunk, fig=TRUE,echo=FALSE>>= boxplot(Ozone ~ Month, data = airquality) @ end{center} end{document} Cabeçahlo do LAteX Partes de texto Partes de Codigo R Fechamento do LAteX
- 17. ACTIVANDO O R
- 19. Compilando o .tex file e convertendo em PDF
- 20. • No .tex file ter cuidado com incluir o caminho (path) exato para a pasta onde esta o arquivo do estilo Sweave.sty • Geralmente o Sweave.sty esta na pasta /share/texmt/Sweave da instalaçao R • Apresentase problemas cuando no caminho se tem espaços, por exemplo se o path é C:/Program Files/… • Em este caso é necesario criar uma pasta sem espaços e copiar o Sweave.sty e redirigir o novo caminho i.e. C:/LocalStyles/share/texmt/Sweave • Uma melhor solução é indicar o path como um root nos Settings de MIKTeX (ver Lundholm 2012, pg.21)
- 21. Alternativas • KnitR: R e html • Editor de Codigos – RStudio: https://www.rstudio.com/ – RAnalyticFlow: • http://www.ef-prime.com/products/ranalyticflow_en/ • Mais opções em: • http://www.sciviews.org/_rgui/projects/Editors.html
- 22. Referencias • Lundholm, M. 2012. Introduction to Sweave. • Sartori, N.2006. Sweave = R · LATEX2 A brief tutorial. • Murdoch, D. 2010.Using Sweave with TexWorks 0.3