Data mining difuso para el estudio de características estructurales y funcionales del genoma de la Levadura
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Este documento describe el uso del minado de datos difusos para estudiar las características estructurales y funcionales del genoma de la levadura. Se recopiló información de varias bases de datos para crear un conjunto de datos que incluye datos estructurales, funcionales y de expresión génica. Se utilizó un algoritmo de minería de reglas de asociación difusas para extraer reglas entre los atributos, lo que arrojó varias reglas interesantes que corroboran estudios previos. Los autores concluyen que la met
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- 1. Data mining difuso para el estudio de características estructurales y funcionales del genoma de la Levadura F.J. López, A. Blanco, F. Garcia, C. Cano, M. Cuadros Dpto. de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial Universidad de Granada
- 12. 2. Conjunto de datos: levadura Orf_name chr length Int lenght … GOannotations YAL002W 1 3825 546 … GO:0016197, GO:0050875,GO:0016192,… YAL003W 1 621 742 … GO:0003746,GO:0006414, GO:0005840, GO:0005853, … YAL008W 1 597 280 … GO:0005741,GO:0005739, GO:0005737, GO:0031968,GO:0031967, … YAL009W 1 780 188 … GO:0042175,GO:0016021, GO:0030437, GO:0007126,GO:0006997…
- 24. 4. Aplicación web: BioFAR
- 29. 5. Resultados: experimentos Variables Umbrales Número total de reglas FDR Conf. & CF Soporte Variables estructurales 0.1 0.01 24 0.093 Abundancia proteínas & Variables estructurales 0.1 0.002 4 0.040 Responsiveness & Variables estructurales 0.1 0.002 10 0.044 Variables estructurales & Molecular Function 0.4 0.004 20 0.042 Variables estructurales & Biological Process 0.5 0.004 7 0.050 Variables estructurales & Cellular Component 0.5 0.004 12 0.011 Cell Cycle - EDA 1 & rest 0.4 0.001 23 0.318 Cell Cycle - EDA 2 & rest 0.4 0.001 6 0.115 Cell Cycle - G&S SHAVING 1 & rest 0.6 0.001 45 0.006 Cell Cycle - G&S SHAVING 2 & rest 0.6 0.002 36 0.003
- 30. 5. Resultados REGLA Confianza Soporte CF gct = HIGH length = LOW 0.41 0.15 0.12 length = LOW gct = HIGH 0.40 0.15 0.12 gct = LOW length = HIGH 0.38 0.13 0.12 length = HIGH gct = LOW 0.40 0.14 0.12
- 36. 5. Resultados REGLA Confianza Soporte CF bicluster = 1 GO = non-membrane-bound organelle 0.54 0.0029 0.45 bicluster = 1 GO = nucleus 0.61 0.0033 0.45 bicluster = 2 length = MEDIUM 0.68 0.0018 0.46 bicluster = 2 responsiveness = HIGH 0.80 0.0022 0.74 bicluster = 2 GO = oxidoreductase activity 0.43 0.0012 0.40
- 37. 5. Resultados Bicluster 1 Bicluster 2
- 38. 5. Resultados REGLA Confianza Soporte CF bicluster = 3 GO = nucleus 0.65 0.0039 0.50 bicluster = 3 GO = DNA metabolism 0.48 0.0029 0.44 bicluster = 4 length = LOW 0.81 0.0033 0.73 bicluster = 4 G+C = HIGH 0.89 0.0036 0.85 bicluster = 4 GO = non-membrane-bound organelle 0.90 0.0037 0.89 bicluster = 4 GO = biosynthesis 0.90 0.0037 0.89 bicluster = 4 GO = protein complex 0.90 0.0037 0.87 bicluster = 4 GO = organelle part 0.86 0.0035 0.78 bicluster = 4 GO = cytosol 0.86 0.0035 0.85 bicluster = 4 GO = structural molecule activity 0.86 0.0035 0.85
- 39. 5. Resultados Bicluster 3 Bicluster 4