2. El interior sigue el modelo de la iglesia del Gesù. Es una nave grande que tiene tres capillas en cada lateral y un crucero formando una cruz latina.
4. La bóveda de la nave central fue realizada por Andrea Pozzo. En lo alto del cielo pintado, el Beato Luis Gonzaga, San Francisco de Borja y el beato Estanislao de Kostka se dirigen hacia el cielo. En los cuatro extremos de la bóveda aparecen las figuras simbólicas de los cuatro continentes. Europa aparece sentada en un caballo. La figura de Asia esta sentada en un camello. La figura de África es una mujer de facciones árabes, sentada sobre un cocodrilo. Por último la figura de América es una mujer vestida con ropajes indios y en su mano lleva una lanza con la que hiere a uno de los gigantes. ÁFRICA AMÉRICA ASIA EUROPA
7. La brillante perspectiva ilusionista de la bóveda de Andrea Pozzo se puede observar desde la nave central. CÚPULA DEL CRUCERO
8. La bóveda parece borrar y levantar el techo con una impresión tan realista que es difícil distinguir si es verdadera o no. Andrea Pozzo pintó la bóveda en una lona.
9. La perspectiva de la bóveda solo se puede observar desde la nave central y no desde sus laterales.
13. CAPILLA DE SAN CRISTÓFONO El cuadro del altar representa a la Virgen con el niño, ante los cuales se encuentran San Estanislao y San Juan Francisco Regis.
14. CAPILLA DE SAN JOSÉ El arquitecto fue Nicola Michetti, siguiendo un proyecto de Rainaldo. La tabla central representa la muerte de San José y fue realizado por Francesco Trevisani.
15. Los frescos de la cúpula son obra de Luigi Grazi y representan la Gloria de San José. También son obra de Grazi las pinturas de las pechinas con cuatro pasajes de la vida de San José.
16. CAPILLA LUDOVISI Esta capilla es el mausoleo de la familia Ludovisi que promovió la fundación de esta iglesia. El monumento fúnebre de Gregorio XV y de su sobrino el cardenal Ludovico presenta una rica y exuberante decoración con mármol policromado. Es obra de Pierre Legros y Pierre Erienne Monnot.
17. A los dos lados del papa hay dos ángeles con trompetas que simbolizan la fama. En el centro está el papa bendiciendo. Escultura de la religión. Escultura de la generosidad.
19. CAPILLA DE SAN GREGORIO El retablo es obra de Fray Pierre de Lattre y representa a San Gregorio I y a San Gregorio Nacianceno, en memoria de los dos Papas que fundaron el colegio Romano (Gregorio XIII) y levantaron la iglesia (Gregorio XV).
20. CAPILLA DEL CRUCIFIJO La tabla de altar representa a San Francisco Javier y al Beato Francisco de Borja, obra de Fray Pierre De Lattre. CAPILLA DE SAN FRANCISCO
21. CAPILLA DE LA ANUNCIACIÓN La obra del retablo de mármol fue realizada por Filippo Valle (1698-1770) y representa a la Virgen en oración ante la cual desciende un ángel. Bajo el altar se colocaron los restos de San Juan Berchmans en 1865. Hay dos ángeles de mármol sosteniendo los símbolos que caracterizaron su vida: un crucifijo, un rosario, un lirio, símbolo de pureza, y un folio con el voto a favor de la Inmaculada Concepción.