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2012/03/23 第48回 SIG-MBI
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生物学辞書のLinked Open Data化とその応用
1.
生物学辞書のLinked Open Data化
とその応用 加藤 文彦,南 佳孝,神保 宇嗣,川本 祥子,武田 英明 (共)情報・システム研究機構 第48回人工知能学会 分子生物情報研究会, 2012/03/23
2.
背景 • LODAC Project
• 学術LOD基盤構築 • 論文, 研究者, 美術品, 標本, 図鑑, ... • 生物学分野にも結び付けたい
3.
著者
著者 文献 命名 標本 言及 種の同定 Papilio xuthus 採集場所 シーケンス 採集者 Photo of Papilio xuthus: 北九州市立自然史・歴史博物館
4.
標本データ
種 外部情報 LOD Cloud
5.
生物種の問題 ある生物種に関する資料やデータを収集 • 表記揺れ:
Papilio xuthus, P. xuthus, ... • 種名の変更: 分類学的研究の発展に伴う学名や分類体系の変更 和名のほうが安定している場合も • 種名や分類体系が一義的でない: 複数の分類体 系,複数の和名・英名,… 種名・分類体系の名寄せ問題
6.
要件 • LODで使用する • リンクしやすくしたい •
様々な種名・分類体系を扱いたい 名称典拠を作成するだけでは不十分
7.
アプローチ • 種名・分類体系のグラフ
• 緩やかに関係を辿れるように • リンクのルーティング Papilio xuthus Papilio Linnaeus, 1767 out ナミアゲハ Papilio xuthus Chinese in Swallowtail
8.
和名・学名リスト • 図鑑等の文献 •
生物学辞書 • 生物標本情報 • 国立科学博物館サイエンス・ミュージ アムネット,生物学辞書 • 専門家が管理しているリスト • 日本昆虫学会 日本産蝶類和名学名便覧
9.
LODAC BDLS 生物学辞書 http://lifesciencedb.jp/bdls/ 100近くの出典元から集めた種名・用語の辞書
種名や用語の関係をグラフに 種名: 和名と学名 用語: 日本語と英語 種名や用語の関係を抽出した出典元を明記
10.
データモデル
11.
6,366,545トリプル
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
Future Work • データの整備
• 生物学辞書自体とLODAC BDLS • 専門家の種名データとの関係 • LODAC Species • リンク or 統合 • 学術データから/へのリンク • CiNii, LODAC Museum, PubMed, DOI,...
19.
まとめ • 生物学辞書のLOD化 • 種名の名寄せに貢献 •
種名を学術と科学のハブに
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