TECH-OVIN 2023 : Smarter

Institut de l'Elevage - Idele
Institut de l'Elevage - IdeleInstitut de l'Elevage - Idele
Le projet européen SMARTER :
les petits ruminants s’adaptent
aux enjeux agroécologiques
6 et 7 septembre 2023
Mini-conférence
Arnaud Delpeuch, Jean-Michel Astruc, Idele
Flavie Tortereau, INRAE
Sélectionner l’efficience
et la résilience en petits ruminants
• Projet multi-acteurs
• 26 partenaires – 12 pays
½ académiques
½ non-académiques
• Plateforme de stakeholders
(acteurs nationaux ou trans-
nationaux pour favoriser la
dissémination des résultats)
• 2018-2023
SMARTER
Résilience
(santé / comportement / longévité
/ bien-être / survie fœtus & jeune)
Efficience
(efficacité alimentaire /
émission de gaz à effet de serre)
Outils génomiques
Harmonisation et
coopération internationale Exploitation
des résultats
Agroécologie
Races sous-utilisées
Objectifs de
sélection équilibrés
Nouveaux caractères
prédicteurs,
pertinents et à faible coût
Déterminisme
génétique
Nouvelles
méthodes adaptées
SMARTER
Résilience
(santé / comportement / longévité
/ bien-être / survie fœtus & jeune)
Efficience
(efficacité alimentaire /
émission de gaz à effet de serre)
Outils génomiques
Harmonisation et
coopération internationale Exploitation
des résultats
Agroécologie
Races sous-utilisées
Objectifs de
sélection équilibrés
Nouveaux caractères
prédicteurs,
pertinents et à faible coût
Déterminisme
génétique
Nouvelles
méthodes adaptées
Qu’entend-on par efficience ?
Efficience =
Au sens efficacité d’utilisation des ressources alimentaires
La compétition
« feed-food »
Pour limiter
Pour limiter
Les émissions
de gaz à effet
de serre
efficacité
alimentaire
dynamique
de mobilisation
des réserves corporelles
émissions
de gaz à effet de serre
(CO2, CH4)
Qu’entend-on par résilience ?
Résilience =
Capacité d’un animal (ou d’un système) à maintenir ou récupérer rapidement
un niveau de production et une bonne santé
après avoir été exposé à une épreuve nutritionnelle et/ou infectieuse.
Pour améliorer
Pour améliorer
La longévité La santé Le bien-être
Efficience : comment la mesurer ?
L’efficacité alimentaire :
• par la consommation résiduelle : à performances
égales, un animal efficient ingère moins d’aliment
• par l’indice de consommation : pour générer une unité
de produit, un animal efficient ingère moins d’aliment
La dynamique des réserves corporelles :
par les notes d’état corporel : à différents stades de production
par échographies dorsales : à différents stades de production
Les émissions de gaz à effet de serre :
par enregistrement des émissions individuelles
(chambres respiratoires mobiles)
L’ingestion individuelle est
indispensable pour évaluer
l’efficacité alimentaire
Etude de profils de courbes
Résilience
 Analyse de données haut-débit :
avec identification de challenges a posteriori
2 approches possibles pour l’étudier:
 Réponse à des challenges expérimentaux :
• nutritionnel
• infectieux
Peu envisageable
en routine
Nécessite des volumes
de données importants
Indicateurs directs : variation de la
production avec résistance aux :
• parasitisme gastro-intestinal
• piétin
• mammites
Indicateurs indirects :
• NEC, poids
• survie péri-natale
• vigueur de l’agneau
• longévité fonctionnelle
• comportement maternel
Comment la mesurer ?
Suivi du poids et de la morphologie des brebis
En moyenne, la Blanche du Massif Central
mesure 60cm au garrot pour 70 kg.
Le poids de la brebis Rouge de l’Ouest
selon le stade du cycle de reproduction est
également variable selon les élevages.
Certains élevages voient le poids de leurs
femelles croitre durant la gestation et
diminuer significativement en lactation alors
que d’autres sont plus stables
Suivi de la NEC et de ses variations
Évolution de la NEC au cours du cycle
selon l'élevage
Race Mouton Vendéen
Évolution de la NEC au cours de la lactation
et selon l'élevage
Race Lacaune
HARMONISATION INTERNATIONALE :
élaboration de recommandations sur la collecte
des données de résilience et d’efficience
Caractères
d’efficience
Caractères
de résilience
Efficacité alimentaire
Émission de gaz à effets de serre
Santé et maladie: résistance au parasites, piétin,
infections mammaires
Comportement
Longévité
Survie du fœtus et du jeune
Documentation de
l’environnement
Collecte des rations, des données météo, etc
COOPÉRATION INTERNATIONALE :
évaluation génétique multi-pays
Pourquoi ?
• Augmentation populations de référence => gain de précision
• Augmentation population en sélection => gain en intensité de
sélection
• Comparaison fiable des reproducteurs entre pays
=> Une sélection plus efficace
Quels pré-requis ?
• Existence de liens génétiques entre populations de pays différents
• Être capable de s’échanger des données (performance, pedigree,
génotypages): défi technique et politique
COOPÉRATION INTERNATIONALE :
évaluation génétique multi-pays
Résultats Initiative internationale
Corrélations génétiques entre pays • Définition d’un modèle
opérationnel pour mettre en
pratique une indexation multi-pays
• Proposition de création d’un centre
de référence sur les performances
et l’évaluation pour les petits
ruminants (ICAR ꚙ INTERBULL)
Latxa ESP x Manech FRA
(projet ARDI) =
une mise en œuvre concrète ?
Conclusion /discussion / perspectives
Intérêt génétique de travailler efficience et résilience
(contexte de réchauffement climatique / transition agroécologique)
 Les premiers résultats montrent que la sélection est possible
Pré-requis majeur : la collecte des phénotypes
 Besoins de sensibiliser/collaborer avec les éditeurs de logiciels éleveurs (ex.
NEC, poids des brebis, vigueur des agneaux).
 Proposer des prédicteurs (ex. de l’efficacité alimentaire, des émissions de
méthane) mesurables en fermes commerciales
La plateforme PhenoPasto : un cadre pour poursuivre
les travaux de SMARTER
 La collecte de certains phénotypes se poursuit (méthane, ingestion, NEC,
Poids, Parasitisme, aplombs et aptitude à la marche …)
Le projet européen SMARTER :
les petits ruminants s’adaptent
aux enjeux agroécologiques
6 et 7 septembre 2023
https://www.smarterproject.eu/
Webinaires à venir (2023-24) organisés par l’UMT STAR
sur les résultats pratiques de SMARTER
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  • 1. Le projet européen SMARTER : les petits ruminants s’adaptent aux enjeux agroécologiques 6 et 7 septembre 2023 Mini-conférence Arnaud Delpeuch, Jean-Michel Astruc, Idele Flavie Tortereau, INRAE
  • 2. Sélectionner l’efficience et la résilience en petits ruminants • Projet multi-acteurs • 26 partenaires – 12 pays ½ académiques ½ non-académiques • Plateforme de stakeholders (acteurs nationaux ou trans- nationaux pour favoriser la dissémination des résultats) • 2018-2023
  • 3. SMARTER Résilience (santé / comportement / longévité / bien-être / survie fœtus & jeune) Efficience (efficacité alimentaire / émission de gaz à effet de serre) Outils génomiques Harmonisation et coopération internationale Exploitation des résultats Agroécologie Races sous-utilisées Objectifs de sélection équilibrés Nouveaux caractères prédicteurs, pertinents et à faible coût Déterminisme génétique Nouvelles méthodes adaptées
  • 4. SMARTER Résilience (santé / comportement / longévité / bien-être / survie fœtus & jeune) Efficience (efficacité alimentaire / émission de gaz à effet de serre) Outils génomiques Harmonisation et coopération internationale Exploitation des résultats Agroécologie Races sous-utilisées Objectifs de sélection équilibrés Nouveaux caractères prédicteurs, pertinents et à faible coût Déterminisme génétique Nouvelles méthodes adaptées
  • 5. Qu’entend-on par efficience ? Efficience = Au sens efficacité d’utilisation des ressources alimentaires La compétition « feed-food » Pour limiter Pour limiter Les émissions de gaz à effet de serre efficacité alimentaire dynamique de mobilisation des réserves corporelles émissions de gaz à effet de serre (CO2, CH4)
  • 6. Qu’entend-on par résilience ? Résilience = Capacité d’un animal (ou d’un système) à maintenir ou récupérer rapidement un niveau de production et une bonne santé après avoir été exposé à une épreuve nutritionnelle et/ou infectieuse. Pour améliorer Pour améliorer La longévité La santé Le bien-être
  • 7. Efficience : comment la mesurer ? L’efficacité alimentaire : • par la consommation résiduelle : à performances égales, un animal efficient ingère moins d’aliment • par l’indice de consommation : pour générer une unité de produit, un animal efficient ingère moins d’aliment La dynamique des réserves corporelles : par les notes d’état corporel : à différents stades de production par échographies dorsales : à différents stades de production Les émissions de gaz à effet de serre : par enregistrement des émissions individuelles (chambres respiratoires mobiles) L’ingestion individuelle est indispensable pour évaluer l’efficacité alimentaire Etude de profils de courbes
  • 8. Résilience  Analyse de données haut-débit : avec identification de challenges a posteriori 2 approches possibles pour l’étudier:  Réponse à des challenges expérimentaux : • nutritionnel • infectieux Peu envisageable en routine Nécessite des volumes de données importants Indicateurs directs : variation de la production avec résistance aux : • parasitisme gastro-intestinal • piétin • mammites Indicateurs indirects : • NEC, poids • survie péri-natale • vigueur de l’agneau • longévité fonctionnelle • comportement maternel Comment la mesurer ?
  • 9. Suivi du poids et de la morphologie des brebis En moyenne, la Blanche du Massif Central mesure 60cm au garrot pour 70 kg. Le poids de la brebis Rouge de l’Ouest selon le stade du cycle de reproduction est également variable selon les élevages. Certains élevages voient le poids de leurs femelles croitre durant la gestation et diminuer significativement en lactation alors que d’autres sont plus stables
  • 10. Suivi de la NEC et de ses variations Évolution de la NEC au cours du cycle selon l'élevage Race Mouton Vendéen Évolution de la NEC au cours de la lactation et selon l'élevage Race Lacaune
  • 11. HARMONISATION INTERNATIONALE : élaboration de recommandations sur la collecte des données de résilience et d’efficience Caractères d’efficience Caractères de résilience Efficacité alimentaire Émission de gaz à effets de serre Santé et maladie: résistance au parasites, piétin, infections mammaires Comportement Longévité Survie du fœtus et du jeune Documentation de l’environnement Collecte des rations, des données météo, etc
  • 12. COOPÉRATION INTERNATIONALE : évaluation génétique multi-pays Pourquoi ? • Augmentation populations de référence => gain de précision • Augmentation population en sélection => gain en intensité de sélection • Comparaison fiable des reproducteurs entre pays => Une sélection plus efficace Quels pré-requis ? • Existence de liens génétiques entre populations de pays différents • Être capable de s’échanger des données (performance, pedigree, génotypages): défi technique et politique
  • 13. COOPÉRATION INTERNATIONALE : évaluation génétique multi-pays Résultats Initiative internationale Corrélations génétiques entre pays • Définition d’un modèle opérationnel pour mettre en pratique une indexation multi-pays • Proposition de création d’un centre de référence sur les performances et l’évaluation pour les petits ruminants (ICAR ꚙ INTERBULL) Latxa ESP x Manech FRA (projet ARDI) = une mise en œuvre concrète ?
  • 14. Conclusion /discussion / perspectives Intérêt génétique de travailler efficience et résilience (contexte de réchauffement climatique / transition agroécologique)  Les premiers résultats montrent que la sélection est possible Pré-requis majeur : la collecte des phénotypes  Besoins de sensibiliser/collaborer avec les éditeurs de logiciels éleveurs (ex. NEC, poids des brebis, vigueur des agneaux).  Proposer des prédicteurs (ex. de l’efficacité alimentaire, des émissions de méthane) mesurables en fermes commerciales La plateforme PhenoPasto : un cadre pour poursuivre les travaux de SMARTER  La collecte de certains phénotypes se poursuit (méthane, ingestion, NEC, Poids, Parasitisme, aplombs et aptitude à la marche …)
  • 15. Le projet européen SMARTER : les petits ruminants s’adaptent aux enjeux agroécologiques 6 et 7 septembre 2023 https://www.smarterproject.eu/ Webinaires à venir (2023-24) organisés par l’UMT STAR sur les résultats pratiques de SMARTER