Dokument je zpracovaný na základě zkušeností z pilotního ověření navrhované metodiky hodnocení výzkumných organizací a z diskusí s odbornou veřejností během celé doby trvání projektu. Zaměřen je nejen na změny vnitřních předpisů veřejných vysokých škol, ale také na dlouhodobé záměry vysokých škol. Jsou formulována doporučení pro veřejné vysoké školy na jedné straně a MŠMT na straně druhé.