Abrimos la matriz en formato TNT

Si el archivo se encuentra en el formato
correcto, nos dará un mensaje como este.

Podemos ver la matriz con este comando

También podemos usar el Block de notas o Notepad.
Aquí se notan los comandos para ver los nombres de
caracteres y sus estados.

Ahora vamos a realizar una búsqueda
para < 15 taxa (Enumeración implícita).
En este caso se evalúan TODOS los
posibles arboles dicotómicos.

Una vez realizada la búsqueda, se aprecia
la longitud y número de árboles más
parsimoniosos.

Ahora podemos ver el o los árboles
más parsimoniosos.
Y podemos apreciar los caracteres
sobre el mapa y las reconstrucciones
de cada estado:

Este comando nos muestra las sinapomorfías
en el árbol.
Recuerden que los caracteres se cuentan
a partir de el 0 (y no 1).

S y n a p o mo r p h i e s f o r t r e e 0
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
7 , 8
0 , 4
9
1 , 2 , 3
1
5
5 , 9

Este comando nos muestra las reconstrucciones
de cada estado por carácter.

T r e e 0 , c h a r . 0 ( 1 s t e p s ) - S k u l l _ j o i n t
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
T wo
O n e
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 1 ( 2 s t e p s ) - Hi n d _ d i g i t s
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
> = _ 4
< = _ 4
Au s e n t
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 2 ( 1 s t e p s ) - Gi z z a r d
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
Au s e n t
P r e s e n t
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 3 ( 1 s t e p s ) - Bl a d d e r
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
P r e s e n t
Au s e n t
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 4 ( 1 s t e p s ) - Wa s t e _ t y p e
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
Ur e a
Ur i c
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 5 ( 2 s t e p s ) - Me t a b o l i s m
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
E c t o
E n d o
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 6 ( 1 s t e p s ) - E g g
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
Au s e n t
P r e s e n t
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 7 ( 1 s t e p s ) - He mi p e n i s
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
Au s e n t
P r e s e n t
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 8 ( 1 s t e p s ) - Q u a d r a t e _ f u s i o n
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
P r e s e n t
Au s e n t
Amb i g u o u s

T r e e 0 , c h a r . 9 ( 2 s t e p s ) - T e mp o r a l _ h o l e s
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
0
1
2
Amb i g u o u s