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Línea de investigación <ul><li>OBJETO DE ESTUDIO </li></ul><ul><li>L as ciencias biológicas (1950 a la actualidad) </li></...
(Re)evolución de la información <ul><li>Diseño de las computadoras, aparición del Internet masificación de la web.  </li><...
 
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www (Aplicación) Red estructural y funcional Nodo Relación
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Navegar
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https://sites.google.com/a/ciencias.unam.mx/ciberinfraestructuraliteratura/
http://ciberliteraturaunam.blogspot.com/
 
<ul><li>Un wiki, o una wiki, es un sitio web cuyas páginas web pueden ser editadas por múltiples voluntarios a través del ...
Buscar Buscadores
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Buscador <ul><li>Servicio que mantiene una base de datos con los contenidos de un gran número de páginas web, y permite a ...
 
 
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Automatización, Actualización e Inmediatez <ul><li>Importancia de la actualización e inmediatez en el área Biomédica. </li...
Suscripciones
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Redifusión de contenidos web   <ul><li>Inmediatez </li></ul><ul><li>Dos formatos RSS y Atom </li></ul><ul><li>Se copia la ...
 
 
 
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Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de ...
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Meta-análisis <ul><li>Simultáneo  al desarrollo de ciencias de la información (CI) y las tecnologías la información y la c...
Caracteríticas <ul><li>Se pueden hacer debido a que existen grandes colecciones de datos de registros bibliográficos (repo...
Google trends
Aplicaciones para PubMed
Meta-análisis para PubMed
Chilibot Relaciones entre un subconjunto de genes afectados por el tratamiento con cocaína.
 
 
Modelos en Biomedicina SCI
 
Fig. 2. Co-word space of the top 50 highly frequent and bursty words used in the top 10% most highly cited PNAS publicatio...
 
 
 
 
 
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Artículos de vanguardia Marcar Compartir
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<ul><li>Este proyecto se lleva a cabo gracias al financiamiento de: DGAPA, UNAM Proyecto PAPIME PE 201509  </li></ul>
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Web 2.0 Y 3.0 281009

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Presentación Web 2.0 y 3.0 para manejo de información biomédica presentación en el seminario del Departamento de Inmunología y Reumatología del Instituto Nacional Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán. Layla Michán Miércoles 28 de Octubre a las 12:00- 13:30 hrs

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Web 2.0 Y 3.0 281009

  1. 1. Web 2.0 y 3.0 para manejo de información biomédica Dra. Layla Michán Miércoles 28 octubre 2009 Seminario Departamento de Inmunología y Reumatología Instituto Nacional Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán
  2. 2. Línea de investigación <ul><li>OBJETO DE ESTUDIO </li></ul><ul><li>L as ciencias biológicas (1950 a la actualidad) </li></ul><ul><li>PROYECTOS </li></ul><ul><li>Dominios biológicos: Biología evolutiva vs Biología experimental </li></ul><ul><li>Estudios sobre biodiversidad (taxonomía y biogeografía) de/sobre México y América Latina </li></ul><ul><li>E-investigación bibliográfica </li></ul><ul><li>La investigación de Recursos Naturales en América Latin </li></ul>Análisis de las ciencias Biológicas: Estructura, dinámica, desarrollo y relaciones
  3. 3. (Re)evolución de la información <ul><li>Diseño de las computadoras, aparición del Internet masificación de la web. </li></ul><ul><li>Formato digital: bajo costo, poco espacio. </li></ul><ul><li>Explosión de la información. </li></ul><ul><li>Desapareció la distinción entre escribir y publicar, se volvió un proceso simultáneo. </li></ul><ul><li>Gran cantidad de colecciones de datos . </li></ul><ul><li>Dinámica: cambia, está en modificación constante, tanto el contenido como los formatos. </li></ul><ul><li>Masiva </li></ul><ul><li>Democrática: Cualquiera puede publicar información sin revisión o edición </li></ul>
  4. 5. ( Re)evolución de la información (científica) <ul><li>Modificación en la forma de producir, evaluar, consultar y difundir el nuevo conocimiento científico. </li></ul><ul><ul><li>Revistas electrónicas </li></ul></ul><ul><ul><li>Procedimiento electrónico </li></ul></ul><ul><ul><li>Evaluación libre </li></ul></ul><ul><ul><li>Preprints </li></ul></ul><ul><ul><li>Inmediatez </li></ul></ul><ul><li>Se han producido nuevas disciplinas científicas </li></ul><ul><ul><li>Bioinformática </li></ul></ul><ul><ul><li>Informática Médica </li></ul></ul>
  5. 6. <ul><li>La Web 2.0 (Social) </li></ul><ul><li>Se centra en la capacidad de las personas para colaborar y compartir información en línea. </li></ul><ul><li>Transición de la Web estática a una dinámica, que es más organizada. </li></ul><ul><li>Comunicación abierta con un énfasis en comunidades de usuarios e intercambio de información. </li></ul><ul><li>Ya no sólo se trata de ofrecer la posibilidad de encontrar información, sino de lograr objetivos específicos, pues es factible, crear, etiquetar jerarquizar y compartir datos. </li></ul><ul><li>Lenguaje HTLM </li></ul><ul><li>Web 3.0 (Semántica) </li></ul><ul><li>Basada en la idea de añadir metadatos semánticos e información (a través de mapas </li></ul><ul><li>cognitivos). </li></ul><ul><li>Desarrollar nuevos sistemas de interoperabilidad que permitan interpretar </li></ul><ul><li>metadatos para adaptarse a las acciones de los usuarios . </li></ul><ul><li>Minería de textos y ontologías </li></ul><ul><li>Lenguajes: XML (etiquetas) y RDF (metadatos) </li></ul>
  6. 7. Tim Berners-Lee, el creador de la idea, la expresó de la siguiente manera: &quot;Mi sueño es una Web en la que las máquinas sean capaces de analizar todos los datos – contenido, enlaces y transacciones entre la gente y los ordenadores – . La 'Web Semántica', que haría esto posible, está todavía por llegar, pero cuando llegue, la rutina de nuestras compras, burocracia y vida diaria será gestionada por máquinas hablando con máquinas. Los 'Agentes Inteligentes' que han sido anunciados durante décadas se harán por fin realidad&quot;.
  7. 8. www (Aplicación) Red estructural y funcional Nodo Relación
  8. 9. <ul><li>Páginas electrónicas </li></ul><ul><li>Portales (sitios web) </li></ul><ul><li>Motores de bùsqueda </li></ul><ul><li>Metabuscadores </li></ul><ul><li>Correo electrónico </li></ul><ul><li>Chats </li></ul><ul><li>Alertas </li></ul><ul><li>Listas de discusión </li></ul><ul><li>Blogs </li></ul><ul><li>Redes sociales </li></ul><ul><li>Wikis </li></ul><ul><li>Folksonomias ( social bookmarking ) </li></ul><ul><li>Weminarios </li></ul><ul><li>Web feed </li></ul>Web 1.0 2000 Web 2.0 2003 <ul><li>Diferencias </li></ul><ul><li>Tecnológicas </li></ul><ul><li>Estructurales </li></ul><ul><li>Filosóficas </li></ul><ul><li>Sociológicas </li></ul><ul><li>Comunidades (conexiones entre usuarios) </li></ul><ul><li>Actualización constante </li></ul><ul><li>Intercambiar contenido </li></ul><ul><ul><li>Compartir </li></ul></ul><ul><ul><li>Cargar </li></ul></ul><ul><li>Creadores (contenido) </li></ul><ul><li>Democrático </li></ul><ul><li>Se combina información de diferentes bases de datos </li></ul><ul><li>Etiquetas </li></ul><ul><li>Ratings </li></ul><ul><li>Consumidores (contenido) </li></ul>
  9. 10. Web 2.0
  10. 11. Web 2.0 Imprimir , revisar y anotar comentarios
  11. 13. <ul><ul><li>Compartir </li></ul></ul><ul><ul><li>Etiquetar </li></ul></ul><ul><ul><li>Clasificar </li></ul></ul><ul><ul><li>Publicar </li></ul></ul>
  12. 14. Meta-análisis Bibliometría Análisis de redes Descubrimiento Basado en Literatura Comentar PDFs Acrobat PDF Exchange* COLECCIONES DE DATOS Bases de datos Sistemas de información Proveedores Citar mientras escribo 1/100 Marcadores Google marcadores y block Facebook Folkosomias Delicious Citeulike Gestores de bibliografía Gestores de bibliografía Endnote Refworks Mendeley* Zotero Citeulike* PDF HTLM TXT Alertas Correos electrónicos Listas de discusión Agregadores Navegadores Google, Bing Ciberinfraestructura Modificado de Hull, 2008) Navegar Buscar Recomendación Selección Recuperación Lectura Comentar Citar Referencias PUBLICACIÓN Guardar Obtener metadatos 1 7 3 4 5 6 2
  13. 15. Herramientas electrónicas http://www.victorinox.ch/ <ul><li>Programas </li></ul><ul><li>Aplicaciones </li></ul><ul><li>Recursos </li></ul><ul><li>Utilidades </li></ul><ul><li>Herramientas </li></ul><ul><li>Servicios </li></ul><ul><li>Complementos (gadgets y plugins) </li></ul>
  14. 16. Los más comunes <ul><li>PROGRAMAS </li></ul><ul><li>Procesadores de texto </li></ul><ul><li>Buscador </li></ul><ul><li>Exploradores o navegadores </li></ul><ul><li>Correo electrónico </li></ul><ul><li>Listas </li></ul><ul><li>Grupos </li></ul><ul><li>Marcadores </li></ul><ul><li>Folkosomias </li></ul><ul><li>Redes sociales </li></ul><ul><li>Lectores de agregadores (feeds) </li></ul><ul><li>Administradores de bibliografía </li></ul>FUNCIONES Buscar o navegar Enviar y recibir Guardar o imprimir Etiquetar Jerarquizar Clasificar Editar Compartir Publicar Agregar Anotar Chatear Documentos electrónicos Páginas web Blogs Wikis Artículos electrónicos Libros electrónicos Correos electrónicos Mensajes
  15. 17. <ul><li>Web 2.0 </li></ul><ul><li>Etiquetar (Tagging) </li></ul><ul><li>Compartir (share) </li></ul><ul><li>Calificar (ranking) </li></ul><ul><li>Agregar (feeds) </li></ul><ul><li>Automatizar </li></ul><ul><li>Comentar </li></ul>Meta-análisis <ul><li>Infometría </li></ul><ul><li>Análisis de Redes </li></ul><ul><li>Descubrimiento basado en literatura </li></ul>Buscadores Metab uscadores Buscadores especializados Bases de datos bibliográficas Editores/Proveedores Buscar Marcar (marck) Sistematizar / Organizar Explorar Difundir
  16. 18. Navegar
  17. 19. Exploración en la Web <ul><li>La exploración de información digital se puede hacer de dos formas: </li></ul><ul><ul><li>Navegar (browser). Consiste en ver toda la información, reconocer las jerarquías y la estructura utilizada en la base de datos, en “navegar” las páginas electrónicas y acceder a las ligas de interés, permite explorar las opciones y facilita el encuentro con las diversas opciones disponibles. </li></ul></ul><ul><ul><li>Buscar (search). Implica una labor especifica, se hace por medio de consultas (queries) en uno o varios campos en los que se define con la ayuda de palabras y criterios la información a localizar; consiste en realizar una pregunta clara que busca una respuesta específica y concreta, a partir de la cual el sistema arroja los resultados que satisfacen una solicitud. </li></ul></ul>
  18. 20. Barra de herramientas de Google Vista Previa Interclue Delicious Interclue Xmarks Mendeley Delicious CiteUlike Visualizeus
  19. 21. https://sites.google.com/a/ciencias.unam.mx/ciberinfraestructuraliteratura/
  20. 22. http://ciberliteraturaunam.blogspot.com/
  21. 24. <ul><li>Un wiki, o una wiki, es un sitio web cuyas páginas web pueden ser editadas por múltiples voluntarios a través del navegador web. </li></ul><ul><li>Los usuarios pueden crear, modificar o borrar un mismo texto que comparten. </li></ul><ul><li>Los textos o &quot;páginas wiki&quot; tienen títulos únicos. Si se escribe el título de una &quot;página-wiki&quot; en algún lugar del wiki, esta palabra se convierte en un &quot;enlace web&quot; (o &quot;link&quot;) a la página web. </li></ul>
  22. 25. Buscar Buscadores
  23. 26. Buscar <ul><li>Buscadores y Metabuscadores </li></ul><ul><li>Generales </li></ul><ul><li>Especializados en Ciencias Biomédicas </li></ul><ul><li>Web 2.0 Sociales </li></ul><ul><li>Web 3.0 Semánticos </li></ul>
  24. 27. Buscador <ul><li>Servicio que mantiene una base de datos con los contenidos de un gran número de páginas web, y permite a sus usuarios realizar búsquedas por contenido (palabras) en ella. </li></ul><ul><li>Poseen bases de datos amplias y actualizadas. </li></ul><ul><li>Se compilan por máquinas o robots, e incorporan en sus bases de datos la información que sea capaz de recoger en los sitios de Internet. </li></ul>
  25. 30. Metabuscadore s <ul><li>B uscador de buscadores , buscadores múltiples, multimotores o megabuscadores. </li></ul><ul><li>Sitios web especializados en consultar varios buscadores al mismo tiempo y presentar la información proporcionada de forma entendible y ordenada que permiten interrogar varias bases de datos simultáneamente desde una única interfaz, </li></ul><ul><li>No poseen bases de datos propias, envían su búsqueda a varios motores, de modo que los resultados obtenidos dependen de lo que sean capaces de devolver estos, si están accesibles en el momento de la búsqueda. </li></ul><ul><li>Por lo general, son difíciles de utilizar para búsquedas precisas, porque tienen un menor control sobre la búsqueda, y se atienen a las restricciones e interfaces diferentes en cada motor. </li></ul>
  26. 31. M etabuscadores (metasearch)
  27. 38. Entrez
  28. 39. Buscador Web 2.0
  29. 40. Protocolo Web semántica Dietze and Schroeder BMC Bioinformatics 2009 10 (Suppl 10):S7   doi:10.1186/1471-2105-10-S10-S7
  30. 41. Dietze and Schroeder BMC Bioinformatics 2009 10 (Suppl 10):S7   doi:10.1186/1471-2105-10-S10-S7
  31. 42. Buscador Web 3.0 GoWeb
  32. 43. Marcar
  33. 44. Marcar <ul><li>Páginas Web: blogs, wikis, </li></ul><ul><li>Imágenes </li></ul><ul><li>Bibliografía </li></ul>
  34. 45. Páginas web
  35. 46. Imágenes
  36. 47. Manejador de bibliografía
  37. 48. APLICACIONES DE GOOGLE (Top 10) <ul><li>1. Gmail 2. Blog y Portal 3. Grupo 4. Google y Google Académico 5. Barra de herramientas de google 6. Página de inicio personalizada i-Google 7. Marcadores de Google y Google block de notas 8.Google libros </li></ul><ul><li>9. Google Reader 10. Google documents </li></ul>
  38. 50. Automatización, Actualización e Inmediatez <ul><li>Importancia de la actualización e inmediatez en el área Biomédica. </li></ul><ul><li>La herramienta de la web 2.0 para la actualización: los feeds </li></ul><ul><li>i-google y Google Reader </li></ul><ul><li>Creación de feeds </li></ul><ul><ul><li>De revistas (Cell, Nature, Science, Plosone) </li></ul></ul><ul><ul><li>De blogs (ciberinfraestructura) </li></ul></ul><ul><ul><li>De noticias </li></ul></ul><ul><ul><li>De google </li></ul></ul>
  39. 51. Suscripciones
  40. 52. RSS (Really Simple Syndication) <ul><li>Formato de datos que es utilizado para redifundir contenidos a suscriptores de un sitio web que permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software diseñado para leer estos contenidos RSS llamado agregador (feed). </li></ul>
  41. 53. Redifusión de contenidos web <ul><li>Inmediatez </li></ul><ul><li>Dos formatos RSS y Atom </li></ul><ul><li>Se copia la dirección de la suscripción </li></ul><ul><li>Se lee en un gregador (feed) iGoogle y Google Reader </li></ul><ul><ul><li>De google </li></ul></ul><ul><ul><li>De blogs (ciberinfraestructura) </li></ul></ul><ul><ul><li>De noticias </li></ul></ul><ul><ul><li>De revistas </li></ul></ul><ul><ul><li>De sociedades </li></ul></ul><ul><ul><li>De artículos </li></ul></ul><ul><ul><li>De autores </li></ul></ul><ul><ul><li>De citas </li></ul></ul>
  42. 57. Redes sociales
  43. 59. Twitter
  44. 62. La Web 2.0 en números
  45. 63. Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion   18 (5), 534-539.
  46. 64. Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion   18 (5), 534-539.
  47. 65. Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion   18 (5), 534-539.
  48. 66. Meta-análisis <ul><li>Simultáneo al desarrollo de ciencias de la información (CI) y las tecnologías la información y la comunicación (TICS), en especial con el desarrollo de las bases de datos y la Internet, se han producido formas sistémicas de análisis de cantidades colosales de información (terabites). </li></ul><ul><li>Técnica cuantitativa que usa mediciones específicas para indicar la fuerza (tendencias) de relaciones variables en los estudios incluidos en el análisis. La técnica enfatiza los resultados entre múltiples estudios en oposición a los resultados obtenidos de una sola investigación. </li></ul>
  49. 67. Caracteríticas <ul><li>Se pueden hacer debido a que existen grandes colecciones de datos de registros bibliográficos (repositorios o bases de datos). </li></ul><ul><li>Hemos reconocido tres tipos: </li></ul><ul><li>Análisis bibliométricos (Bibliometría) </li></ul><ul><li>Análisis de redes </li></ul><ul><li>Descubrimiento basado en literatura (Minería de textos, minería de datos). </li></ul>
  50. 68. Google trends
  51. 69. Aplicaciones para PubMed
  52. 70. Meta-análisis para PubMed
  53. 71. Chilibot Relaciones entre un subconjunto de genes afectados por el tratamiento con cocaína.
  54. 74. Modelos en Biomedicina SCI
  55. 76. Fig. 2. Co-word space of the top 50 highly frequent and bursty words used in the top 10% most highly cited PNAS publications in 1982-2001.
  56. 82. Un ejemplo
  57. 84. Revista electrónica de vanguardia
  58. 85. Artículos de vanguardia Marcar Compartir c Buscar Calificar Ranking c Comentar
  59. 87. Artículos de vanguardia Calificar Ranking c
  60. 88. Metrics
  61. 89. Artículos de vanguardia Marcar Compartir
  62. 90. Bookmarck
  63. 91. Manejador de bibliografía
  64. 92. MENDELEY
  65. 93. Library
  66. 94. Statistics
  67. 98. Temas actuales <ul><li>Rescatar la literatura gris: Reservorios </li></ul><ul><li>Plagio </li></ul><ul><li>Redes sociales: facebook vs Twitter </li></ul><ul><li>Microbloging </li></ul><ul><li>Preservación de la información digital </li></ul><ul><li>Dispositivos móviles </li></ul><ul><li>Uso de libros electrónicos en la académica </li></ul><ul><li>Open Access </li></ul><ul><li>Web Semántica (Web 3.0) </li></ul><ul><li>Ontologías </li></ul>
  68. 101. <ul><li>Este proyecto se lleva a cabo gracias al financiamiento de: DGAPA, UNAM Proyecto PAPIME PE 201509 </li></ul>

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