La construction d'un référentiel "maladies animales", dans le cadre de CERISA - le portail en santé animale et santé publique vétérinaire, répond à un triple objectif : sélectionner les ressources et les acteurs, faciliter l'indexation et fournir différentes possibilités de navigation (index des maladies, accès par espèces animales...).

1. Le référentiel terminologique "Maladies animales"
et sa mise en œuvre dans le cadre de
CERISA - Le portail en santé animale et santé publique vétérinaire
Marie-Colette Fauré
INRA - Département Santé Animale
7 avril 2009
Marie-Colette.Faure@toulouse.inra.fr

2. Quelques éléments de contexte…
q

3. L'Inra : l'Institut National de la Recherche
Agronomique
A i
Créé en 1946
Établissement public à caractère scientifique et technologique,
placé sous la double tutelle des ministères en charge de
l’agriculture et de la recherche
2e organisme de recherche publique français avec près de 9000
g
collaborateurs et un budget de 680 millions d’euros
1er organisme européen de recherche agronomique
Marie-Colette Fauré – Journée ADBS-EBD : Quel web demain ? – 7 avril 2009

4. Organisation de l'Inra
l Inra
Une présidente et un collège de direction
21 centres de recherche régionaux
14 départements de recherche scientifique
468 unités
• 257 unités de recherche (dont 145 unités mixtes)
• 80 unités expérimentales
• 131 unités d’appui et de service
pp
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5. Le département Santé Animale
Direction scientifique
Animal et produits animaux
Département Santé Animale
4 unités de recherche
14 unités mixtes de recherche
3 unités expérimentales
p
1 unité de gestion
700 agents dont environ 240 agents appartenant à d’autres organismes

6. Dispositif de veille stratégique du département SA
Contexte : maladies émergentes, crises sanitaires, zoonoses, mondialisation….
g , , ,
Veille Veille socio- Veille Veille
Veille Emergence
industrielle professionelle événementielle réglementaire
Expérimentation
R&D, Vaccin et Filières et
Appels d’offres,
d offres, animale,
diagnostic,
di ti Groupements
G t Maladies
M l di
experts, bourses, biosécurité,
Médicament vétérinaires - émergentes, zoonose
colloques… éthique,
vétérinaire Expertise DSA
bien-être animal
Besoins des Démarches
Élargir Identifier les
filières,
filières Opportunité de qualité,
qualité
partenariat problèmes
è
expertise et financement, plates-formes
Connaissance des émergents ou
positionnement formation… IBiSA,
stratégies de R&D récurrents
du département collaboration …
CeriSA
VISA New@Diseases @genda VERSA
VeliSA

7. Référentiel, de quoi parle-t-on ?
parle t on
Terminologie : vocabulaire, ensemble des termes propres à un
domaine, à une technique, à une science...
Référentiel : ensemble structuré d'informations utilisé pour l'exécution
d'un logiciel et constituant un cadre commun à plusieurs applications
Liste d'autorité : liste de termes normalisés et approuvés permettant un
enregistrement contrôlé de l'information pour faciliter les opérations de
saisie et d recherche. L li t peut êt ouverte ou f
i i t de h h La liste t être t fermée.
é
Référentiel terminologique
gq
Sources : Dictionnaire de la langue française et Glossaire des techniques de l'information
(Ministère de la Culture)
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8. Réflexions préalables à la construction du
référentiel

9. Une première expérience : le projet VeliSA
VeliSA : dépouillement des revues francophones de transfert/
vulgarisation en santé animale (ressources non identifiées par ailleurs)
Identification des problèmes sanitaires dans les élevages
Premières réponses pour les professionnels de l'élevage
Identification de la contribution du département SA
f S
Environ 3700 références au 30 mars 2009
Indexation libre : maladie (s), agent pathogène (s), mots clés
Problèmes liés à l'absence de référentiel :
P blè lié l' b d éfé ti l
hétérogénéité des descripteurs, doublons, pas de gestion des
synonymes…
http://www.toulouse.inra.fr/velisa
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10. Pourquoi la création d'un référentiel ?
d un
Ressources francophones de ce type inexistantes
Nombre important de maladies animales : noms scientifiques,
noms vernaculaires, synonymes, acronymes…
, y y , y
Thésaurus MESH (base Medline) et CAB (base CAB Abstracts)
pas suffisamment spécialisés et en langue anglaise
Plus d'une centaine de maladies des bovins
d une bovins…
15 maladies dans le MESH
5 dans le thésaurus CAB
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11. CeriSA – le portail en santé animale et santé
publique vétérinaire
bli été i i
Objectifs du portail
• Apporter des éléments réponses aux questions Ressources
des professionnels (éleveurs, vétérinaires…)
• L orienter vers lles b
Les i t bons acteurs
t Acteurs
• Partager les savoir-faire et les expertises du
g p
département SA Expertise
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12. Les informations proposées par CeriSA
Des ressources pertinentes (informations accessibles librement
sur internet) sur les maladies des animaux de production
Des informations sur les acteurs majeurs en santé animale et
j
santé publique vétérinaire : coordonnées, compétences,
spécialisation…
spécialisation
Un espace d'échange avec les professionnels
d échange
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13. Les problèmes identifiés au démarrage du projet
Collecte des ressources : difficulté d'une couverture exhaustive et
homogène par maladie et espèce animale
Indexation : même problème q VeliSA
p que
Utilisateurs du portail d'origine et d'horizon différents avec des
d origine d horizon
compétences scientifiques et technologiques très hétérogènes
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14. Un référentiel pourquoi ? Pour qui ?
Pourquoi ?
Structurer la phase de recherche d'informations
Faciliter l'indexation
Proposer des systèmes de recherche et de navigation adaptés
Pour qui ?
Pour les professionnels de l'information (recherche et indexation
de l'information)
Pour les utilisateurs du portail
Le référentiel sort du cadre strictement "documentaire"
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15. La construction du référentiel

16. Processus de construction
Elaboration du cadre théorique
Elaboration du cadre général
Inventaire des termes
• Maladies par espèces animales
• Agent(s) pathogènes (s)
Enrichissement
• Notes
• Réglementation
• Type de maladie
Validation
V lid ti
• Validation scientifique
• Terme principal retenu

17. Cadre théorique
Espèce animale
è l
Maladie Agent(s) pathogène(s) Type de maladie
1 terme retenu
Synonyme ou
abréviation, terme Zoonose ?
vernaculaire…
Note complémentaire
Statut réglementaire

18. Inventaire des termes
Ressources utilisées
Connaissances académiques : ouvrages et traités de p
q g pathologie
g
animale
Liste des maladies animales réglementées :
Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE)
Maladies à Déclaration Obligatoires (MDO)
Maladies Réputées Contagieuses (MRC)
Taxonomies et nomenclatures
exemple : J. Euzeby – Dictionnaire de bactériologie vétérinaire
Recherche complémentaires sur internet à l'aide des moteurs de
recherche
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19. Validation
Validation scientifique par des experts vétérinaires du
département SA
• Vérification de l'information
• Choix du terme retenu
• Notes complémentaires
• …
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20. Fichier de travail

21. Exemple
Lapin
Tularémie Francisella tularensis
Francisella tularensis Bactérie
Fièvre du lièvre
Maladie de Francis
Fièvre de la mouche du cerf
Fièvre de Ohara,
Yato-Byo
Zoonose : oui
Fièvre de la vallée de
Pahvant …
Note complémentaire :
Forme clinique rare chez le
lapin (Oryctolagus cuniculus),
mais plus fréquente chez le
lièvre (Lepus europeaus ou
timidus)
ti id )
Statut réglementaire
Maladie notifiable à l'OIE
Maladie à déclaration obligatoire

22. En back office
back-office

23. Une fois constitué
constitué,
par la somme des connaissance agrégées,
le référentiel "maladies animales"
constitue en soi
une base de connaissances unique
Maladies des bovins : 82
Maladies des caprins : 102
Maladie des équins : 46
Maladie des lapins : 46
Maladie des ovins : 102
Maladie des poissons :
p 102
Maladie des porcins : 80
Maladie des volailles: 78
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24. Une maladie du référentiel

25. Les différents usages du référentiel
g

26. Du référentiel au portail
Référentiel Usage Portail
Espèce animale
Sélection
d'informations
d informations
Maladie Ressources
Agent pathogène
A t th è
Indexation
Métadonnées
Type de maladie
complémentaires
Acteurs
Statut
réglementaire
Navigation / recherche
Zoonose
Base de
Outil métier
connaissances

27. LE CONTENU DU PORTAIL : RESSOURCES ET ACTEURS

28. Le référentiel pour la recherche des ressources
Structuration de la phase de recherche
Limiter le risque de dispersion et de non exhaustivité dû au
nombre important de maladies
(675 agents pathogènes et 412 maladies au 30 mars 2009)
Prioriser les maladies, et par conséquent la recherche de
ressources, selon certains critères : zoonose, contagion, pertes
économiques…
Support à l'élaboration des requêtes de recherche
• Utilisation de toutes les formes d'un nom de maladie
• Recherche par agent pathogène si nécessaire
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29. Sélection des ressources
Les itè
L critères retenus :
t
• Informations en français
• Accessible pour un public non scientifique mais averti
(professionnels de l'élevage, vétérinaires)
• Q lité d l'i f
Qualité de l'information (auteur(s) identifié(s), crédibilité d site,
ti ( t ( ) id tifié( ) édibilité du it
date de l'information…)
• Informations non commerciales
• …
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30. Recherche et sélection des acteurs
Recherche à partir :
• Des sites publics (ministère de l'agriculture, organismes de
recherche…)
• Sites professionnels
• D moteurs de recherche spécialisés et généralistes
Des t d h h é i li é t é é li t
• …
Sélection selon les critères suivants :
• Rôle majeur en santé animale et santé p
j publique vétérinaire
q
• Spécialisation
• Compétences
• …
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31. INDEXATION

32. L indexation
L'indexation des ressources
Référentiel Aide à l'indexation
• Proposition d'une liste contrôlée de termes "maladies" ou "agents
p
pathogènes"
g
Autres meta-données
• Espèce animale
• Mots-clés
• Description
Liens possibles entre ressources et avec des entités
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33. Ressources : Back-office
Back office
Gestion contrôlée des maladies et
des agents pathogènes grâce au
référentiel
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34. Indexation d'un acteur
d un
Back-office du portail CeriSA
Géré l' id du
Gé é à l'aide d
référentiel

35. Un acteur en front-office
front office
Caractérisé par les attributs suivants
Libellé
Type d'entité
Domaine de compétence
Mission-description
Spécialité(s) : maladie, agent
pathogène, espèce
Mots-clés
Coordonnées

36. RECHERCHE ET NAVIGATION DANS LE PORTAIL

37. Les fonctionnalités
de
d recherche et d navigation d
h h t de i ti dans l portail
le t il
Accès directe, plus simple aux informations grâce au référentiel :
• Recherche par maladie et espèce animale (Maladies de A à Z)
• Gestion des synonymes, des acronymes…
• Navigation croisée au sein des ressources et des acteurs
Autres possibilités offertes par des technologies comme AJAX,
Google map… :
• Géolocalisation
• A t
Auto-complétion (résultats proposés en fonction de la chaîne de
léti ( é lt t é f ti d l h î d
caractère saisie par l'utilisateur)
• …
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38. Par moteur de recherche interne
Espèce animale
Menus
Maladie ou agent pathogène
Maladies
réglementées
Par acteur
Par géolocalisation
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39. Les maladies de A à Z
Possibilités de recherche et de navigation plus performantes grâce à la création
d'un index des maladies

40. Navigation au sein des ressources
Navigation croisée au sein des ressources via
les maladies, les agents pathogènes et les
mots clés

41. Pour conclure

42. Les apports du référentiel
Le référentiel "maladies animales" : un outil structurant pour la
construction du portail CeriSA
Sert les autres projets du département SA :
p j p
• Visa – veille industrielle
• Amélioration de l'indexation de VeliSA
Un outil "métier" utilisable pour de nombreux p j
p projets
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43. En perspective…
Du référentiel terminologique à l'ontologie, un (petit) pas à
franchir relations entre les termes, écriture XML (RDF…)
• Autonomie de l'outil
• Maintenance plus efficace du référentiel
• Echange et partage des métadonnées
• …
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44. MERCI DE VOTRE ATTENTION