Hace casi 6 millones de años se produjo la denominada Crisis Salina del Messiniense, durante la cual el Mediterráneo quedó aislado del Atlántico debido al levantamiento tectónico de las cordilleras bética (sur de la Península Ibérica) y rifeña (al norte de Marruecos).
El Mioceno es una época geológica de la era Cenozoica que comenzó hace 23,04 millones de años y terminó hace 5,33 millones de años. Destaca por la expansión de las praderas, la consolidación de las cordilleras modernas y la evolución de faunas muy similares a las actuales.
Hace unos 9 millones de años, al oeste del Mediterráneo teníamos tres continentes: la parte más meridional de Europa, el micro continente Mesomediterráneo y África.
El constante empuje de África hacia el norte hizo que hace unos 6 millones de años el fondo oceánico se levantara y se cortara la comunicación en ambos estrechos. La colisión de los tres continentes dejo aislado al Mediterráneo. El resultado de este levantamiento fue la actual Cordillera Bética (reflejo de ese constante empuje de África hacia el norte). El aislamiento del Mediterráneo hizo que empezara a secarse lentamente y Europa y África quedaron unidas .
Durante un periodo aproximado de 10.000 años, el mar quedó aislado del océano Atlántico y su nivel de agua descendió drásticamente por la evaporación. Como resultado, la cuenca mediterránea se transformó en un inmenso desierto salino, con pequeñas áreas de agua que se mantuvieron gracias a ríos cercanos.
Los investigadores se han preguntado muchas veces cómo finalizó este período y como las aguas recuperaron su nivel. La hipótesis de la megainundación del Zancliense propone que se habría producido una entrada de agua masiva a través del estrecho de Gibraltar que habría inundado primero la cuenca occidental y luego, a través del estrecho de Sicilia, habría rellenado la parte oriental. Algunos estudios indican que este proceso de relleno tuvo una duración de entre unos meses y dos años.
Hace unos 5’33 millones de años el actual Estrecho de Gibraltar se abrió en medio del antiguo continente Mesomediterráneo (la parte norte quedó en la Península Ibérica y la parte sur en Marruecos). En Gibraltar se produjo una enorme catarata de aproximadamente un kilómetro de altura, más alta que el salto de agua más alto del planeta (Salto del Ángel, con 979 m).
El testimonio de ese período se halla en los sedimentos profundos del Mediterráneo, donde se ha hallado una capa de sal de hasta 2 km de espesor, consecuencia de esos ciclos de evaporación del agua, concentración y precipitación masiva de sal.