chapitre 3 Initiation au logiciel SPSS et traitement des données issues des ...
Tableaux croisés dynamiques sous Excel: des outils simples pour une analyse rapide de jeux de données standardisés
1. 20/11/2015
Tableaux croisés dynamiques sous Excel: des
outils simples pour une analyse rapide de
jeux de données standardisés
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CIPHE
Camille SANTA MARIA Ingénieur d’étude
Herve LUCHE, PhD R&D manager
2. Introduction
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• D’autres outils d’analyse existent (Tableau, Spotfire…)
• Excel :
• Disponible sur tous les ordinateurs
• Mise en œuvre rapide
• Simplicité
• Interface connue
• Multiples tutoriels en ligne
• Présentation pour Excel sous Windows. Pour Macintosh,
uniquement pour la dernière version Office
4. Comment passer rapidement de données brutes au format CSV à
des graphes interprétables facilement ?
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5. 5
Définition et avantages
Un tableau croisé dynamique permet de réaliser rapidement des tableaux de
synthèse sur des volumes de données importants.
Gérer un grand nombre de données
Agréger les valeurs sous forme de somme, moyenne,
écart-type…
Combiner métadonnées et statistiques
Trier, filtrer et modifier les données rapidement
Utiliser pour la visualisation graphique
8. Les métadonnées
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Informations caractéristiques de nos échantillons, varient à chaque expérience.
Numéro d’échantillon, âge, sexe, poids, identification du patient…
Nécessaire pour l’analyse, associés aux statistiques correspondants à chaque échantillon.
10. Organiser les métadonnées
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Rappel facilité des informations :
Le gestionnaire des noms ne lit pas les « + » et « - », pensez à les remplacer par des « pos » et « neg »!
Le Gestionnaire de noms permet de
rappeler aisément les données depuis
n’importe quelle table, à partir du nom de la
colonne.
Les données seront retranscrites à la même
ligne que dans le tableau source.
12. Ajouter les statistiques brutes
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• Créer un nouveau classeur
• Coller les statistiques extraites de l’analyse
Concerne les statistiques extraites de l’analyse (fichier au format .csv)
13. Ajouter les statistiques brutes
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• Créer un nouveau classeur
• Coller les statistiques extraites de l’analyse
• Le mettre sous forme de tableau
Concerne les statistiques extraites de l’analyse (fichier au format .csv)
14. Ajouter les statistiques brutes
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• Créer un nouveau classeur
• Coller les statistiques extraites de l’analyse
• Le mettre sous forme de tableau
• Enregistrer les noms comme précédemment
Concerne les statistiques extraites de l’analyse (fichier au format .csv)
16. Regrouper métadonnées et statistiques
Indispensable à la création du TCD
1ere ligne : rentrer les noms manuellement, rappels Gestionnaire des noms à partir de la
ligne 2
Rentrer colonne « commentaire » pour filtrer les tube à ne pas conserver par la suite
17. Regrouper métadonnées et statistiques en une table de synthèse
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Indispensable à la création du TCD
• Grouper les métadonnées et les statistiques.
• Rappeler facilement les informations grâce au Gestionnaire de noms
• Organiser les données
• Faire des calculs
Possibilité de créer une colonne « commentaire » pour annoter les tubes anormaux
peut être utile pour les ex-filtrer par la suite
Pour créer un TCD il faut un tableau à simples entrées
19. Créer un tableau croisé dynamique
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Les valeurs ne s’actualisent pas automatiquement, penser à cliquer sur
« actualiser tout » après chaque modification
Il est maintenant possible de créer le tableau croisé dynamique
Sélectionner le tableau qui regroupe métadonnées et statistiques et cliquer sur
« TblCroiséDynamique » dans l’onglet « Insertion »
20. Créer un tableau croisé dynamique
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Cette page s’affiche.
Il faut maintenant sélectionner les données à afficher
21. Créer un tableau croisé dynamique
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Valeurs à étudier dans
le tableau (Somme,
moyenne, écart-type…)
Eléments à classer en
colonne
Eléments à classer en
ligne (paramètres)
Eléments à filtrer
Le tableau croisé dynamique va se construire
automatiquement au fur et à mesure que
vous ajouterez des champs
23. Tableaux croisés dynamiques : le champs valeurs
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Permet le choix des valeurs à étudier.
Par défaut, la somme sera affichée lorsqu’il n’y aura que des valeurs numériques.
Pour modification, clique droit, paramètres des champs de valeurs, et sélectionner le type de
calcul.
24. Tableaux croisés dynamiques : le champs filtre
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Avec les filtres, vous pouvez
éliminer de votre analyse les
échantillons pour lesquels vous
avez entré un commentaire
Le filtre permet de ne visualiser qu’une partie des éléments d’une catégorie
(par exemple filtrer la catégorie « comment »)
27. Les graphes croisés dynamiques
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Après création TCD visualiser ces données en graphique
Il est également possible de créer directement un graphique croisé dynamique
30. Les segments : un moyen rapide de filtrer les données
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Les segments sont un autre moyen de filtrer les données. Ils peuvent être
particulièrement utiles pour les graphes : permet de visualiser successivement
différents groupes très aisément.
Disponible à partir de la version Excel 2010
31. Transformer les valeurs
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En cliquant sur une valeur vous pouvez
sélectionner une autre manière d’afficher les
valeurs.
Peut être utile pour une comparaison
(« différence en % par rapport… »)
En double cliquant sur une valeur
du tableau, un onglet vous donne
les informations « source »
32. Quelques astuces
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• Dans le gestionnaire des noms, les signes « + » et « - » ne sont pas reconnus, les
remplacer par « pos » et « neg »
• Il est possible de changer le design du tableau :
- Les noms des paramètres
- Les chiffres significatifs
- La police, couleur…
33. Expériences standardisées
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Vous avez maintenant différents classeurs :
- Les métadonnées
- Les statistiques
- Les fréquences calculées
- Le tableau croisé dynamique
- Éventuellement les graphiques croisés dynamiques
34. Expériences standardisées
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Pour une manipulation standardisée, lorsque vous en ferez
une nouvelle vous n’aurez que peu de champs à modifier :
Attention
Ne jamais toucher les entêtes
Ne pas reprendre les noms type « MUT, CTRL… »
servant pour l’établissement des TCD
38. Expériences standardisées
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Remplacer les métadonnées
qui changent
Coller les nouvelles
statistiques
Remplir la colonne
« comment » si nécessaire
Actualiser tout
Les TCD et graphes se mettent à jour
39. Conclusion
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• Tableaux croisés dynamiques : un outil rapide d’analyse
• Graphiques croisés dynamiques : visualisation simple des résultats
• Réutilisation aisée pour manipulations longitudinales
40. Profiling Immunity
Le module: des cytométristes de flux, de masse et spectrale
Pierre GRENOT
IE INSERM
Instrumentation guru
Training, MIA, Immgen
Lillia HADJEM
AI Phenomin
Cytométrie de flux
IMPC, Panels et standardisation
Marielle MELLO
IE INSERM
Modèles murins
Immuno-assays
Camille SANTA-MARIA
IE Phenomin
Cytométrie de flux
Ag Density
Solène JAUBERT
IE Phenomin
Cytométrie de flux
IMPC, Chimères
Marie MALISSEN, PhD
PhD, DRCE CNRS
Scientific Director
Herve LUCHE, PhD
IR AMU
R&D Manager
ISAC Scholar 2014-2018
Quentin BARBIER
IE Phenomin
Bio-informaticien
Analyse de données
Emilie GREGORI
IE Phenomin
Cytométrie de masse