1. PENINGKATKAN KUALITAS EKONOMI MASYARAKAT BERBASIS
RISET: DNA BARCODING PADA “GLASS EEL” SIDAT (Anguilla sp.) DI
MUARA SUNGAI KEDURANG BENGKULU
Diusulkan oleh UlilAlbab, Mahasiswa Semester 6 Departemen Biologi
Fakultas Matematika dan IPA, Institut Pertanian Bogor, Bogor
Ringkasan Eksekutif
Ipun adalah kumpulan larva dan anak ikan yang secara massif masuk
kemuara sungai. Pemanenan ipun ini terbukti menggerakkan perekonomian
masyarakat nelayan. Telur sidat yang menetas menjadi larva di laut kemudian
akan bermigrasi kesungai untuk menjadi dewasa. Jika larva dan anakan sidat ikut
dalam panenan ipun maka siklus hidup ikan sidat akan terputus. Aplikasi
teknologi identifikasi spesies menggunakan DNA barcoding diharapkan mampu
mengungkap hidden biodiversity dan fenomena cryptic species. Kepastian spesies
anakan dan larva sidat (Anguilla spp.) sebagai salah satu komponen penyusun
ipun merupakan salah satu strategi untuk menjamin kesinambungan ketersediaan
ikan sidat dewasa. Sampling ipun akan dilakukan di Muara Sungai Kedurang
Bengkulu Selatan. Jenis-jenis larva dan anak ikan penyusun ipun kemudian
disortir berdasarkan penampilan morfologinya. Larva (glass eel) dan anakan
(elver) sidat yang berbentuk mirip cacing dipisahkan kemudian diidentifikasi
berdasarkan pola pigmentasi dan bentuk sirip. Identifikasi lebih lanjut akan
menggunakan teknologi DNA barcoding. Ruas DNA yang akan dijadikan barcode
adalah ruas gen CO1 genom mitokondria. Ruas DNA barcode akan diamplifikasi
menggunakan mesin polymerase chain reaction yang dilanjutkan dengan DNA
sequencing.

2. LATAR BELAKANG
Ipun (bahasa Bengkulu) merupakankumpulan larva dananakikan yang
masuk kemuara sungai. Masyarakat Pantai Barat Sumatera mulai dari Lampung
sampai Padang mengembangkan tradisi penangkapan ipun. Hal ini kemudian
memunculkan tradisi kuliner khas daerah berbasis ipun. Dengan begitu,
permintaan terhadap ipun semakin lama semakin meningkat. Devi (2011)
melaporkan bahwa komposisi ikan yang mendominasi ipun adalah larva dari 3
spesies Gobiidae yang menetas di muara ataupun di pantai tidak jauh dari muara.
Migrasi larva Gobiidae ini kemudian menggerakkan beberapa larva dan anakan
ikan lainnya sehingga membentuk kumpulan larva dan anakan ikan. Kumpulan ini
terlihat membentuk gelombang hitam dari atas permukaan sungai.
Pada puncak musim ipun sekitar bulan Juli sampai Agustus, banyak
ditemukan penangkapan ipun di muara-muara sungai di sepanjang pantai Barat
Sumatera. Para nelayan memasang jaring yang membentang di selebar sungai.
Sebelum dijual kepasar, para nelayan akan melakukan sortir. Sortir yang biasa
dilakukan adalah membuang ipun yang “berbentuk cacing”, udang dan beberapa
bentuk “non-ikan” lainnya. Dengan begitu, pemutusan siklus hidup ikan sidat
dilakukan oleh para nelayan akibat ketidak tahuan mereka. Devi (2011)
melaporkan bahwa bentuk cacing dari ipun adalah larva (glass eel) dan atau
anakan (elver) ikan sidat. Hal ini berarti, ikan sidat yang disortir oleh penangkap
ipun tidak akan mencapai dewasa di bagian hulu sungai.
Pemutusan siklus hidup ikan sidat ini menurunkan potensi ekonomi ikan
sidat dewasa. Pemutusan siklus ini terjadi tanpa disengaja karena ketidaktahuan
nelayan terhadap tahap larva dan anakan ikan sidat. Di lain pihak, permintaan
terhadap larva dan anakan sidat yang dilakukan para pembudidaya maupun
eksportir ikan sidat tidak pernah terpenuhi. Usaha budidaya dan penangkapan
alam ikan sidat merupakan salah satu usaha yang menjanjikan dan beromzet tinggi
(Slamet Subiyakto, Dirjen Budidaya Ikan). Komoditas sidat hingga kini masih
terbatas dikarenakan belum ada teknologi untuk pemijahan, sehingga harga di
pasaran terbilang cukup tinggi. Keberadaan makhluk licin berlendir itu sangat
diminati pasar dunia. Terutama konsumen oriental, seperti Jepang, Hongkong,

3. Korea Selatan, China, dan Taiwan. Permintaan sidat di pasar internasional
mencapai 300 ribu ton per tahun. Dari total kebutuhan tersebut, permintaan
Jepang terhadap jenis unagi kabayaki 150 ribu ton per tahun. Lebih lanjut,
menurut Dirjen Perikanan Budidaya, Slamet Subiakto, permintaan di dalam negeri
begitu besar yakni sebanyak 3 ton per bulan hanya untuk daerah Jakarta saja.
Dengan begitu, kegiatan penelitian yang diusulkan ini adalah untuk
memastikan spesies ikan sidat yang ada dalam kumpulan ipun. Pemastian spesies
ini merupakan salah satu langkah yang strategis untuk melakukan manajemen
pemanfaatan sumberdaya alam yang sustainable. Setelah spesies larva dan anakan
ikan sidat diketahui maka langkah berikutnya adalah sosialisasi kepara nelayan
untuk member perhatian lebih terhadap “bentuk cacing” dalam ipun. Selama
pelaksanaan penelitian ini, terutama di akhir penelitian, diharapkan muncul
teknologi penyortiran larva dan anakan ikan sidat dalam ipun yang
memungkinkan larva dan anakan tsb bias hidup dan menjadi dewasa di bagian
hulu sungai.
Di Indonesia bias ditemukan 9 spesies ikan sidat dari 18 spesies yang di
dunia. Dua diantaranya adalah endemik, yaitu Anguilla borneensis dan
A.celebesensis. Di pantai Barat Sumatera dilaporkan bias ditemukan 7 spesies.
Namun begitu, belum ada spesifisitas habitat sungai dari setiap spesies ikan sidat
yang sudah ditemukan. Pemetaan antara spesies larva dan anakan sidat yang
ditemukan di muara sungai terhadap ikan sidat dewasa di bagian hulu sungai –
dan kemudian antar badan sungai – diharapkan mampu mengungkap banyak
fenomena migrasi ikan sidat ini. Dalam jangka panjang, pemetaan ini diperlukan
untuk melakukan manajemen terhadap pemanenan secara lebih lestari.
PERUMUSAN MASALAH
1. Bagaimana cara meningkatkan kualitas ekonomi masyarakat berbasis
science riset?
2. Bagaimana cara membuat masyarakat sadar bahwa ikan sidat yang bernliai
ekonomi tinggi dapat digunakan sebagai cara untuk meningkatkan kualitas
ekonomi mereka?

4. 3. Bagaimana metode pemanfaatan ikan sidat untuk meningkatkan kualitas
ekonomi masyarakat?
4. Bagaimana mekanisme basis DNA barcoding dalam identifikasi larva sidat
“glass eel” untuk meningkatkan kualitas ekonomi masyarat?
TUJUAN PENELITIAN
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi glass eel sidat (Anguilla
sp.) dalam kumpulan larva ikan dari muaraSungai Kedurang, Bengkulu
menggunakan DNA Barcode. Kemudian menggunakan hasil dari penelitian
berbasis riset science tersebut untuk meningkatkan kualitas ekonomi masyarakat.
RUANG LINGKUP
Kegiatan penelitian ini termasuk kedalam lingkup riset berbasis science
yang diimplementasikan kedalam pengabdian masyarakat. Basis riset meliputi
kegiatan penelitian identifikasi “glass eel” dengan teknik DNA barcoding. DNA
barcoding dipiih karena identifikasi morfologi biasanya hanya diakukan untuk
fase dewasa bukan untuk fase larva. Setelah mengidentifikasi “glass eel” maka
dicari kaitan ekologi antara larva sidat dengan lingkunganya. Sifat ekologi
tersebut yang nantinya akan digunakan sebagai bentuk implementasi pengabdian
masyarakat.
Peningkatan kualitas ekonomi masyarakat bisa dilakukan dengan
memahami pentingnya larva sidat dalam ekologi. Sidat biasanya menyatu dengan
larva ikan lainya atau masyarakat Bengkulumenyebutnya dengan ipun.
Masyarakat biasanya memanfatkan fenomena migrasi larva ikan ini dengan
memasang jaring disekitar sungai dan memanen larva untuk dijadikan makanan
atau dijual. Sebelum dikemas atau dijual akan terjadi proses penyortiran dimana
larva yang mirip cacing akan dibuang karena dari segi bentuk tidak layak
konsumsi. Padahal larva yang mirip cacing tersebut bisa saja adalah larva sidat.
Larva ini biasanya akan dibuang kesawah atau tempat pembuangan yang tidak
terdapat saluran langsung menuju kesungai. Akibatnya ratusan larva yang tadinya
bisa hidup dan menjadi sidat dewasa akan mati. Hal ini sangat disayangkan,

5. karena jika masyarakat membuang larva sidat tersebut kesungai maka dalam
beberapa bulan ikan sidat yang bernilai ekonomi tinggi bisa dipanen.
SIGNIFIKANSI
Penelitian ini penting karena dengan memahami aspek ekologi dan
ekonomi dari ikan sidat dari fase larva hingga dewasa maka akan bisa
dikembangkan teknik pengelolaan “glass eel” menjadi lebih bernilai. Tekhnik
pengelolaan untuk budidaya ikan sidat adalah tujuan utama dari riset ini, namun
untuk mengarah kebagian tersebut perlu dikembangkan teknik rancangan awal
seperti memastikan “glass eel” yang diambil petani ipun-ipun tidak mati ketika
terjadi pemanenan, penyortiran, sampai pelepasan kembali ke sungai.
KONSEP OPERASIONAL
Konsep operasional penelitian diawali dengan pengambilan sampel ikan,
identifikasi sampel, ekstraksi dan isolasi DNA, amplifikasi dan visualisasi
fragmen DNA, dan perunutan produk PCR dan analisis DNA sequencing.
Berdasarkan hasil riset tersebut dikembangkan tekhnik pengelolaan untuk
budidaya ikan sidat yang merupakan tujuan jangka panjang dari riset ini, namun
untuk mengarah kebagian tersebut perlu dikembangkan teknik rancangan awal
seperti memastikan “glass eel” yang diambil nelayanipun tidak mati ketika terjadi
pemanenan, penyortiran, sampai pelepasan kembali ke sungai. Diharapkan dengan
riset ini dapat mendorong peningkatkan kualitas ekonomi masyarakat.
KERANGKA TEORI
Muara sungai (estuaria) merupakan daerah pertemuan air tawar dan laut.
Estuari dicirikan dengan kondisi lingkungan yang subur dan fluktuatif mengikuti
pasang-surut laut. Secara umum estuaria mempunyai peran ekologis penting, yaitu
sebagai tempat berlindung, mencari makanan, tumbuh dan bereproduksi bagi
sejumlah spesies ikan dan udang (Subiyanto et al. 2008). Estuaria merupakan
habitat dengan keanekaragaman biota yang sangat tinggi, baik biota residen
maupun migran. Salah satu biota migran musiman dalam jumlah yang sangat

6. besar yaitu larva ikan sidat “glass eel”. Fenomena kembalinya kumpulan larva
ikan sidat menuju estuaria akan membentukgelombang hitam. Gelombang ini
seringdisebut sebagai ipun-ipun oleh masyarakatBengkulu. Ipun-ipun menjadi
sumber makananpenting bagi penduduk Bengkulu.
Identifikasi spesimen biasanya dilakukan ketika spesimen masih dalam
bentuk utuh dan dalam keadaan dewasa menyebabkan terhambatnya
pengungkapan keanekaragaman hayati. Teknik DNA barcoding dapat
menyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yang
distandardisasi untuk mengenali suatu spesiesTeknik DNA barcoding dapat
menyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yang
distandardisasi untuk mengenali suatu spesies (Hajibabaei et al. 2005). Sitokrom
oksidase sub unit 1 (CO1) merupakan salah satu gen dalam genom mitokondria
(mtDNA) yang sekuennya digunakan dalam barcoding. Gen CO1 memunyai sifat-
sifat yang memenuhi persyaratan untuk digunakan dalam menentukan identitas
sebuah spesies hampir pada semua hewan tingkat tinggi. Panjang ruas gen CO1
relatif pendek yaitu hanya sekitar 700 bp pada ujung 5’ dan relatif stabil sehingga
tidak mudah mengalami perubahan dibandingkan gen-gen mitokondria sejenis
(Hebert et al. 2003).
METODOLOGI
Waktu dan Tempat
Penelitian akan dilaksanakan selama 10 bulan, yaitubulan Juli 2013-April
2014. Lokasi sampling dilakukan disepanjang muara sungai Kedurang, Bengkulu.
analisis DNA barcoding akan dilakukan menggunakan sampel tersebut di bagian
Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.
Bahan dan Metode
Sampel Ikan. Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang
Bengkulu yang akan diambil empat kali yaitu, dua kali pada minggu kedua bulan
Juli 2013 dan dua kali pada minggu keempat Agustus 2013. Semua sampel
disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM. Sampel tersebut

7. nantinya akan digunakan untuk dua kali penelitian yaitu penelitian skripsi S1 dan
thesis S2.
Identifikasi sampel. Larva dan juvenil sidat disortir berdasarkan ciri
khusus yaitu polapigmentasidanjumlah myomere ano-dorsal pada larva.
Sedangkanpadaanakanmemiliki insang yang terbuka dan tidak saling
berhubungan, sirip punggung (dorsal) dan sirip dubur (anal) memanjang menjadi
satu dengan sirip ekor (caudal) .
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Sampel jaringan yang digunakan sebagai
sumber DNA adalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian
tubuh belakang sejak anus sampai ekor. Ekstraksi dan isolasi DNA akan
menggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue (Geneaid).
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi ruas gen CO1
mtDNA akan dilakukan dengan menggunakan primer universal gen CO1 pada
ikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/), yaitu AF282 5’-
TCTACCAACCACAAAGACATCGG dan AF283 5’-TACTTCTGGGT
GTCCRAAGAATCA. Kondisi PCR akan dioptimasikan untuk memperoleh ruas
DNA target atau amplikon yang spesifik untuk setiap pasangan primer. Pengujian
amplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis
(PAGE) 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak (Byun et al. 2009).
Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing. Amplikon yang
berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain
primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing.
Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama dengan
amplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle
sequencing.Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling
disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi dari Genebank menggunakan
program Clustal W 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura
et al. 2007). Runutan nukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili
Gobiidae yang terdapat pada Genebank dengan cara hasil sekuensing dijadikan
input dalam BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Analisis keragaman
nukelotida dan filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00

8. berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Analisis kekerabatan antar
sampel menggunakan metode neighbor joining (NJ) dengan bootstrap 1000x.
JADWAL RISET
Tabel 1. Rancangan kerja riset untuk S1-S2 (program sinergi/fast track) periode
Juli-Desember 2013 untuk skripsi S1 dan periode Januari-Mei 2014 untuk thesis
S2.
Kegiatan Bulan
Jul Agus Sept Nov Des Jan Feb Mar April Mei
Studi Literatur
Pengambilan
Sampel
Penyortiran
Sampel
Ekstraksi dan
isolasi DNA
Amplifikasi DNA
DNA Sequencing
Analisis Filogeni

9. RENCANA ANGGARAN
Anggaran yang dibutuhkan untuk melaksanakan kegiatan yang diusulkan ini
sebagai berikut:
1. Transportasi dan akomodasi
a. Bogor -Bengkulu pp, 2 x 1 orang Rp 3.000.000,-
b. Bengkulu - Manna pp, 2 x 1 orang Rp 300.000,-
c. Transport lokal, 20 harikerja x 1 orang Rp 1.000.000,-
d. Penginapan dan akomodasi, 20 hari kerja x 1 orang Rp 3.000.000,-
2. Sampling
a. Biaya sampling (botol penyimpan sampel,
pengawet sampel, dokumentasi gambar, pembelian
ipun-ipun Rp 1.500.000,-
3. Bahan habis untuk kerja laboratorium DNA
a. Identifikasi/analisis morfologi Rp 1.000.000,-
b. Ekstraksi DNA, 40 sampel x Rp 150.000 Rp 6.000.000,-
c. PCR DNA barcoding, 40 sampel x Rp 100.000,- Rp 4.000.000,-
d. PCR-sequencing 20 sample x 2 rxn x Rp 160.000 Rp 9.600.000,-
4. Desain dan Pembuatan Diseminasi hasil Penelitian
a. Desain poster Rp 1.000.000,-
b. Desain flyer Rp 1.000.000,-
c. Perbanyakan poster dan flyer 100 lembar Rp 1.200.000,-
5. Pembuatan Laporan, Penulisan Skripsi dan Publikasi Ilmiah
a. Pembuatan laporan akhir Rp 1.000.000,-
b. Penulisan Skripsi1 Rp 0,-
2
c. Publikasi Ilmiah Rp 0,-
Total Rp 33.600.000,-
Daftar Pustaka
1
Biaya penulisan Skripsi diperoleh dari Beasiswa pengusul
2
Biaya penulisan dan publikasi ilmiah akan dimintakan ke summber dana lain setelah data yanng
diperoleh dari penelitian ini digabung dengan data-data yang ada sebelumnya ditanggung oleh

10. Aoyama J, Wouthuyzen S, MillerMJ, InagakiT, TsukamotoK.2003. Short-
distance spawning migration of tropical freshwater eels.Biol. Bull.204:104-
108
Aoyama J. 2009.Life history and evolution of migration in catadromous eels
(Genus Anguilla).Aqua-BioSci. Monogr. (ABSM) 2: 1–42
Byun SO, Fang Q, Zhou H, dan Hickford JGH. 2009. An effective method for
silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem
385: 174-175.
Hajibabaei et al. Dna barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS
103: 968-971
Hebert PDN, Ratnasingham S, De Waard JR. 2003. Barcoding animal life:
cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species.
Proc . R. Soc . B 270: 96–99.
Inoue GJ, Miya M, Tsukamoto K, Nishida M. 2004. Mitogenomic evidence for
elopomorph fishes (Teleostei) and the evolutionary origin of the
leptocephalus larva. Mol Phylogenet Evol 32:274–286
Lin CC. 2007. A Field Guide to FreshwaterFish and Shrimps in Taiwan.
Taiwan:Commonwealth publishing.
Tamura K, Dudley J, Nei M dan Kumar S. 2007. MEGA4: Molecular
evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular
Biology and Evolution 24: 1596-1599.
Tesch FW.1977. The Eel- Biology and Management of Anguillid Eels. Chapman
and Hall : London
Tsukamoto K, Umezawa A (1994) Metamorphosis: a key factor of larval
migration determining geographic distribution and speciation of eels. In:
Proc 4th Indo-Pac Conf Fac Fisheries, Kasetart University, Bangkok, p 231–
248