Se ha denunciado esta presentación.
Utilizamos tu perfil de LinkedIn y tus datos de actividad para personalizar los anuncios y mostrarte publicidad más relevante. Puedes cambiar tus preferencias de publicidad en cualquier momento.

Proposal pertamina sobat bumi fix

  • Inicia sesión para ver los comentarios

  • Sé el primero en recomendar esto

Proposal pertamina sobat bumi fix

  1. 1. PENINGKATKAN KUALITAS EKONOMI MASYARAKAT BERBASISRISET: DNA BARCODING PADA “GLASS EEL” SIDAT (Anguilla sp.) DI MUARA SUNGAI KEDURANG BENGKULU Diusulkan oleh UlilAlbab, Mahasiswa Semester 6 Departemen Biologi Fakultas Matematika dan IPA, Institut Pertanian Bogor, Bogor Ringkasan Eksekutif Ipun adalah kumpulan larva dan anak ikan yang secara massif masukkemuara sungai. Pemanenan ipun ini terbukti menggerakkan perekonomianmasyarakat nelayan. Telur sidat yang menetas menjadi larva di laut kemudianakan bermigrasi kesungai untuk menjadi dewasa. Jika larva dan anakan sidat ikutdalam panenan ipun maka siklus hidup ikan sidat akan terputus. Aplikasiteknologi identifikasi spesies menggunakan DNA barcoding diharapkan mampumengungkap hidden biodiversity dan fenomena cryptic species. Kepastian spesiesanakan dan larva sidat (Anguilla spp.) sebagai salah satu komponen penyusunipun merupakan salah satu strategi untuk menjamin kesinambungan ketersediaanikan sidat dewasa. Sampling ipun akan dilakukan di Muara Sungai KedurangBengkulu Selatan. Jenis-jenis larva dan anak ikan penyusun ipun kemudiandisortir berdasarkan penampilan morfologinya. Larva (glass eel) dan anakan(elver) sidat yang berbentuk mirip cacing dipisahkan kemudian diidentifikasiberdasarkan pola pigmentasi dan bentuk sirip. Identifikasi lebih lanjut akanmenggunakan teknologi DNA barcoding. Ruas DNA yang akan dijadikan barcodeadalah ruas gen CO1 genom mitokondria. Ruas DNA barcode akan diamplifikasimenggunakan mesin polymerase chain reaction yang dilanjutkan dengan DNAsequencing.
  2. 2. LATAR BELAKANG Ipun (bahasa Bengkulu) merupakankumpulan larva dananakikan yangmasuk kemuara sungai. Masyarakat Pantai Barat Sumatera mulai dari Lampungsampai Padang mengembangkan tradisi penangkapan ipun. Hal ini kemudianmemunculkan tradisi kuliner khas daerah berbasis ipun. Dengan begitu,permintaan terhadap ipun semakin lama semakin meningkat. Devi (2011)melaporkan bahwa komposisi ikan yang mendominasi ipun adalah larva dari 3spesies Gobiidae yang menetas di muara ataupun di pantai tidak jauh dari muara.Migrasi larva Gobiidae ini kemudian menggerakkan beberapa larva dan anakanikan lainnya sehingga membentuk kumpulan larva dan anakan ikan. Kumpulan initerlihat membentuk gelombang hitam dari atas permukaan sungai. Pada puncak musim ipun sekitar bulan Juli sampai Agustus, banyakditemukan penangkapan ipun di muara-muara sungai di sepanjang pantai BaratSumatera. Para nelayan memasang jaring yang membentang di selebar sungai.Sebelum dijual kepasar, para nelayan akan melakukan sortir. Sortir yang biasadilakukan adalah membuang ipun yang “berbentuk cacing”, udang dan beberapabentuk “non-ikan” lainnya. Dengan begitu, pemutusan siklus hidup ikan sidatdilakukan oleh para nelayan akibat ketidak tahuan mereka. Devi (2011)melaporkan bahwa bentuk cacing dari ipun adalah larva (glass eel) dan atauanakan (elver) ikan sidat. Hal ini berarti, ikan sidat yang disortir oleh penangkapipun tidak akan mencapai dewasa di bagian hulu sungai. Pemutusan siklus hidup ikan sidat ini menurunkan potensi ekonomi ikansidat dewasa. Pemutusan siklus ini terjadi tanpa disengaja karena ketidaktahuannelayan terhadap tahap larva dan anakan ikan sidat. Di lain pihak, permintaanterhadap larva dan anakan sidat yang dilakukan para pembudidaya maupuneksportir ikan sidat tidak pernah terpenuhi. Usaha budidaya dan penangkapanalam ikan sidat merupakan salah satu usaha yang menjanjikan dan beromzet tinggi(Slamet Subiyakto, Dirjen Budidaya Ikan). Komoditas sidat hingga kini masihterbatas dikarenakan belum ada teknologi untuk pemijahan, sehingga harga dipasaran terbilang cukup tinggi. Keberadaan makhluk licin berlendir itu sangatdiminati pasar dunia. Terutama konsumen oriental, seperti Jepang, Hongkong,
  3. 3. Korea Selatan, China, dan Taiwan. Permintaan sidat di pasar internasionalmencapai 300 ribu ton per tahun. Dari total kebutuhan tersebut, permintaanJepang terhadap jenis unagi kabayaki 150 ribu ton per tahun. Lebih lanjut,menurut Dirjen Perikanan Budidaya, Slamet Subiakto, permintaan di dalam negeribegitu besar yakni sebanyak 3 ton per bulan hanya untuk daerah Jakarta saja. Dengan begitu, kegiatan penelitian yang diusulkan ini adalah untukmemastikan spesies ikan sidat yang ada dalam kumpulan ipun. Pemastian spesiesini merupakan salah satu langkah yang strategis untuk melakukan manajemenpemanfaatan sumberdaya alam yang sustainable. Setelah spesies larva dan anakanikan sidat diketahui maka langkah berikutnya adalah sosialisasi kepara nelayanuntuk member perhatian lebih terhadap “bentuk cacing” dalam ipun. Selamapelaksanaan penelitian ini, terutama di akhir penelitian, diharapkan munculteknologi penyortiran larva dan anakan ikan sidat dalam ipun yangmemungkinkan larva dan anakan tsb bias hidup dan menjadi dewasa di bagianhulu sungai. Di Indonesia bias ditemukan 9 spesies ikan sidat dari 18 spesies yang didunia. Dua diantaranya adalah endemik, yaitu Anguilla borneensis danA.celebesensis. Di pantai Barat Sumatera dilaporkan bias ditemukan 7 spesies.Namun begitu, belum ada spesifisitas habitat sungai dari setiap spesies ikan sidatyang sudah ditemukan. Pemetaan antara spesies larva dan anakan sidat yangditemukan di muara sungai terhadap ikan sidat dewasa di bagian hulu sungai –dan kemudian antar badan sungai – diharapkan mampu mengungkap banyakfenomena migrasi ikan sidat ini. Dalam jangka panjang, pemetaan ini diperlukanuntuk melakukan manajemen terhadap pemanenan secara lebih lestari.PERUMUSAN MASALAH 1. Bagaimana cara meningkatkan kualitas ekonomi masyarakat berbasis science riset? 2. Bagaimana cara membuat masyarakat sadar bahwa ikan sidat yang bernliai ekonomi tinggi dapat digunakan sebagai cara untuk meningkatkan kualitas ekonomi mereka?
  4. 4. 3. Bagaimana metode pemanfaatan ikan sidat untuk meningkatkan kualitas ekonomi masyarakat? 4. Bagaimana mekanisme basis DNA barcoding dalam identifikasi larva sidat “glass eel” untuk meningkatkan kualitas ekonomi masyarat?TUJUAN PENELITIAN Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi glass eel sidat (Anguillasp.) dalam kumpulan larva ikan dari muaraSungai Kedurang, Bengkulumenggunakan DNA Barcode. Kemudian menggunakan hasil dari penelitianberbasis riset science tersebut untuk meningkatkan kualitas ekonomi masyarakat.RUANG LINGKUP Kegiatan penelitian ini termasuk kedalam lingkup riset berbasis scienceyang diimplementasikan kedalam pengabdian masyarakat. Basis riset meliputikegiatan penelitian identifikasi “glass eel” dengan teknik DNA barcoding. DNAbarcoding dipiih karena identifikasi morfologi biasanya hanya diakukan untukfase dewasa bukan untuk fase larva. Setelah mengidentifikasi “glass eel” makadicari kaitan ekologi antara larva sidat dengan lingkunganya. Sifat ekologitersebut yang nantinya akan digunakan sebagai bentuk implementasi pengabdianmasyarakat. Peningkatan kualitas ekonomi masyarakat bisa dilakukan denganmemahami pentingnya larva sidat dalam ekologi. Sidat biasanya menyatu denganlarva ikan lainya atau masyarakat Bengkulumenyebutnya dengan ipun.Masyarakat biasanya memanfatkan fenomena migrasi larva ikan ini denganmemasang jaring disekitar sungai dan memanen larva untuk dijadikan makananatau dijual. Sebelum dikemas atau dijual akan terjadi proses penyortiran dimanalarva yang mirip cacing akan dibuang karena dari segi bentuk tidak layakkonsumsi. Padahal larva yang mirip cacing tersebut bisa saja adalah larva sidat.Larva ini biasanya akan dibuang kesawah atau tempat pembuangan yang tidakterdapat saluran langsung menuju kesungai. Akibatnya ratusan larva yang tadinyabisa hidup dan menjadi sidat dewasa akan mati. Hal ini sangat disayangkan,
  5. 5. karena jika masyarakat membuang larva sidat tersebut kesungai maka dalambeberapa bulan ikan sidat yang bernilai ekonomi tinggi bisa dipanen.SIGNIFIKANSI Penelitian ini penting karena dengan memahami aspek ekologi danekonomi dari ikan sidat dari fase larva hingga dewasa maka akan bisadikembangkan teknik pengelolaan “glass eel” menjadi lebih bernilai. Tekhnikpengelolaan untuk budidaya ikan sidat adalah tujuan utama dari riset ini, namununtuk mengarah kebagian tersebut perlu dikembangkan teknik rancangan awalseperti memastikan “glass eel” yang diambil petani ipun-ipun tidak mati ketikaterjadi pemanenan, penyortiran, sampai pelepasan kembali ke sungai.KONSEP OPERASIONAL Konsep operasional penelitian diawali dengan pengambilan sampel ikan,identifikasi sampel, ekstraksi dan isolasi DNA, amplifikasi dan visualisasifragmen DNA, dan perunutan produk PCR dan analisis DNA sequencing.Berdasarkan hasil riset tersebut dikembangkan tekhnik pengelolaan untukbudidaya ikan sidat yang merupakan tujuan jangka panjang dari riset ini, namununtuk mengarah kebagian tersebut perlu dikembangkan teknik rancangan awalseperti memastikan “glass eel” yang diambil nelayanipun tidak mati ketika terjadipemanenan, penyortiran, sampai pelepasan kembali ke sungai. Diharapkan denganriset ini dapat mendorong peningkatkan kualitas ekonomi masyarakat.KERANGKA TEORI Muara sungai (estuaria) merupakan daerah pertemuan air tawar dan laut.Estuari dicirikan dengan kondisi lingkungan yang subur dan fluktuatif mengikutipasang-surut laut. Secara umum estuaria mempunyai peran ekologis penting, yaitusebagai tempat berlindung, mencari makanan, tumbuh dan bereproduksi bagisejumlah spesies ikan dan udang (Subiyanto et al. 2008). Estuaria merupakanhabitat dengan keanekaragaman biota yang sangat tinggi, baik biota residenmaupun migran. Salah satu biota migran musiman dalam jumlah yang sangat
  6. 6. besar yaitu larva ikan sidat “glass eel”. Fenomena kembalinya kumpulan larvaikan sidat menuju estuaria akan membentukgelombang hitam. Gelombang iniseringdisebut sebagai ipun-ipun oleh masyarakatBengkulu. Ipun-ipun menjadisumber makananpenting bagi penduduk Bengkulu. Identifikasi spesimen biasanya dilakukan ketika spesimen masih dalambentuk utuh dan dalam keadaan dewasa menyebabkan terhambatnyapengungkapan keanekaragaman hayati. Teknik DNA barcoding dapatmenyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yangdistandardisasi untuk mengenali suatu spesiesTeknik DNA barcoding dapatmenyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yangdistandardisasi untuk mengenali suatu spesies (Hajibabaei et al. 2005). Sitokromoksidase sub unit 1 (CO1) merupakan salah satu gen dalam genom mitokondria(mtDNA) yang sekuennya digunakan dalam barcoding. Gen CO1 memunyai sifat-sifat yang memenuhi persyaratan untuk digunakan dalam menentukan identitassebuah spesies hampir pada semua hewan tingkat tinggi. Panjang ruas gen CO1relatif pendek yaitu hanya sekitar 700 bp pada ujung 5’ dan relatif stabil sehinggatidak mudah mengalami perubahan dibandingkan gen-gen mitokondria sejenis(Hebert et al. 2003).METODOLOGIWaktu dan Tempat Penelitian akan dilaksanakan selama 10 bulan, yaitubulan Juli 2013-April2014. Lokasi sampling dilakukan disepanjang muara sungai Kedurang, Bengkulu.analisis DNA barcoding akan dilakukan menggunakan sampel tersebut di bagianFungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.Bahan dan Metode Sampel Ikan. Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai KedurangBengkulu yang akan diambil empat kali yaitu, dua kali pada minggu kedua bulanJuli 2013 dan dua kali pada minggu keempat Agustus 2013. Semua sampeldisimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM. Sampel tersebut
  7. 7. nantinya akan digunakan untuk dua kali penelitian yaitu penelitian skripsi S1 danthesis S2. Identifikasi sampel. Larva dan juvenil sidat disortir berdasarkan cirikhusus yaitu polapigmentasidanjumlah myomere ano-dorsal pada larva.Sedangkanpadaanakanmemiliki insang yang terbuka dan tidak salingberhubungan, sirip punggung (dorsal) dan sirip dubur (anal) memanjang menjadisatu dengan sirip ekor (caudal) . Ekstraksi dan Isolasi DNA. Sampel jaringan yang digunakan sebagaisumber DNA adalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagiantubuh belakang sejak anus sampai ekor. Ekstraksi dan isolasi DNA akanmenggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue (Geneaid). Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi ruas gen CO1mtDNA akan dilakukan dengan menggunakan primer universal gen CO1 padaikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/), yaitu AF282 5’-TCTACCAACCACAAAGACATCGG dan AF283 5’-TACTTCTGGGTGTCCRAAGAATCA. Kondisi PCR akan dioptimasikan untuk memperoleh ruasDNA target atau amplikon yang spesifik untuk setiap pasangan primer. Pengujianamplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis(PAGE) 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak (Byun et al. 2009). Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing. Amplikon yangberupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing.Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama denganamplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cyclesequencing.Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian salingdisejajarkan dengan runutan nukleotida referensi dari Genebank menggunakanprogram Clustal W 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamuraet al. 2007). Runutan nukleotida referensi diperoleh berdasarkan data familiGobiidae yang terdapat pada Genebank dengan cara hasil sekuensing dijadikaninput dalam BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Analisis keragamannukelotida dan filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00
  8. 8. berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Analisis kekerabatan antarsampel menggunakan metode neighbor joining (NJ) dengan bootstrap 1000x.JADWAL RISETTabel 1. Rancangan kerja riset untuk S1-S2 (program sinergi/fast track) periodeJuli-Desember 2013 untuk skripsi S1 dan periode Januari-Mei 2014 untuk thesisS2. Kegiatan Bulan Jul Agus Sept Nov Des Jan Feb Mar April MeiStudi LiteraturPengambilanSampelPenyortiranSampelEkstraksi danisolasi DNAAmplifikasi DNADNA SequencingAnalisis Filogeni
  9. 9. RENCANA ANGGARANAnggaran yang dibutuhkan untuk melaksanakan kegiatan yang diusulkan inisebagai berikut:1. Transportasi dan akomodasi a. Bogor -Bengkulu pp, 2 x 1 orang Rp 3.000.000,- b. Bengkulu - Manna pp, 2 x 1 orang Rp 300.000,- c. Transport lokal, 20 harikerja x 1 orang Rp 1.000.000,- d. Penginapan dan akomodasi, 20 hari kerja x 1 orang Rp 3.000.000,-2. Sampling a. Biaya sampling (botol penyimpan sampel, pengawet sampel, dokumentasi gambar, pembelian ipun-ipun Rp 1.500.000,-3. Bahan habis untuk kerja laboratorium DNA a. Identifikasi/analisis morfologi Rp 1.000.000,- b. Ekstraksi DNA, 40 sampel x Rp 150.000 Rp 6.000.000,- c. PCR DNA barcoding, 40 sampel x Rp 100.000,- Rp 4.000.000,- d. PCR-sequencing 20 sample x 2 rxn x Rp 160.000 Rp 9.600.000,-4. Desain dan Pembuatan Diseminasi hasil Penelitian a. Desain poster Rp 1.000.000,- b. Desain flyer Rp 1.000.000,- c. Perbanyakan poster dan flyer 100 lembar Rp 1.200.000,-5. Pembuatan Laporan, Penulisan Skripsi dan Publikasi Ilmiah a. Pembuatan laporan akhir Rp 1.000.000,- b. Penulisan Skripsi1 Rp 0,- 2 c. Publikasi Ilmiah Rp 0,- Total Rp 33.600.000,-Daftar Pustaka1 Biaya penulisan Skripsi diperoleh dari Beasiswa pengusul2 Biaya penulisan dan publikasi ilmiah akan dimintakan ke summber dana lain setelah data yanngdiperoleh dari penelitian ini digabung dengan data-data yang ada sebelumnya ditanggung oleh
  10. 10. Aoyama J, Wouthuyzen S, MillerMJ, InagakiT, TsukamotoK.2003. Short- distance spawning migration of tropical freshwater eels.Biol. Bull.204:104- 108Aoyama J. 2009.Life history and evolution of migration in catadromous eels (Genus Anguilla).Aqua-BioSci. Monogr. (ABSM) 2: 1–42Byun SO, Fang Q, Zhou H, dan Hickford JGH. 2009. An effective method for silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem 385: 174-175.Hajibabaei et al. Dna barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103: 968-971Hebert PDN, Ratnasingham S, De Waard JR. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc . R. Soc . B 270: 96–99.Inoue GJ, Miya M, Tsukamoto K, Nishida M. 2004. Mitogenomic evidence for elopomorph fishes (Teleostei) and the evolutionary origin of the leptocephalus larva. Mol Phylogenet Evol 32:274–286Lin CC. 2007. A Field Guide to FreshwaterFish and Shrimps in Taiwan. Taiwan:Commonwealth publishing.Tamura K, Dudley J, Nei M dan Kumar S. 2007. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24: 1596-1599.Tesch FW.1977. The Eel- Biology and Management of Anguillid Eels. Chapman and Hall : LondonTsukamoto K, Umezawa A (1994) Metamorphosis: a key factor of larval migration determining geographic distribution and speciation of eels. In: Proc 4th Indo-Pac Conf Fac Fisheries, Kasetart University, Bangkok, p 231– 248

×