Intervento al Linux Day con Roberto Siragusa sull'utilizzo di software Open Source per l'analisi dei dati Pandemici all'interno dell'Hub Vaccinale di Palermo

1. Analisi open source de
i
dati pandemici
Daniele Mondello
Roberto Siragusa
Linux Day 202
1
Palermo 23/10/2021

2. 2020
Cosa facevo…

3. 2021
Tamponi
Inoculazioni
Vaccini
Positivi
…cosa faccio!

4. R.Costa R Siragusa D. Mondello
Here
F. Passantino L.Mingari
N.Pontorno N. Anfuso
Here
G.Molinari E. Siragusa A.Bracco
Il Team

5. Esplode la seconda
ondata che presagisce la
necessità di nuove
restrizioni
18/10/20
Le autorità cinesi riferirono all’oms
l’insorgenza di diversi casi di una
misteriosa epidemia con epicentro a
Wuhan, successivamente verrà
identificato come 2019-ncov.
31/12/19
Gli effetti del lockdown si
concretizzano in una riduzione
dei contagi e delle TI che
consentono una fase di
riaperture
04/2020
21/02/20
Primo caso in Italia
il governo estende le
misure di contenimento a
tutta l’Italia anticipando
gli altri paesi occidentali
09/03/20
l’Italia registra 86 mila casi e 968 morti
27/03/20
Pfizer Biontech e Moderna
comunicano l’efficacia al 90%
dei rispettivi vaccini mRNA
11/2020
Prime inoculazioni di
vaccino in Italia
12/2020
Breve cronistoria del covid-19

6. Lo scenario precedente l’insediamento della struttura Commissariale
mostrava una situazione iniziale in cui tutti i flussi informativi erano
disgregati e di difficile accesso, in particolare:
-Il dipartimento di prevenzione non riusciva nell’intento di accentrare le
informazioni delle U.S.C.A. e di rispondere in tempo all’avanzare
dell’andamento epidemiologico;
-Le U.S.C.A non avevano procedure univoche con conseguenti difficoltà
nelle comunicazioni tra il territorio e con il dipartimento di prevenzione
-I laboratori di analisi operavano in maniera disgregata con una scarsa
capacità di distribuzione dei carichi di lavoro che generava delle latenze di
refertazione spesso notevoli
-La mancanza di un unico software di gestione comportava la raccolta e
l’invio di segnalazione dei nuovi positivi e/o contatti unicamente su
supporto cartaceo e la carenza di sistemi di caricamento massivi dei dati
epidemiologici raccolti e delle attività svolte sul territorio comportava ritardi
e missing nel caricamento dei portali ministeriali e regionali
Tali condizioni ovviamente rendevano difficile se non impossibile le analisi
sull’impatto e sullo stato del virus nel territorio
Da dove siamo partiti…

7. I padiglioni 16/20 della Fiera del Mediterraneo
A dicembre 2020, su intuizione del Commissario Costa, venne costituita la Struttura Commissariale
presso il pad 16 della Fiera del Mediterraneo dove vennero centralizzate le figure delle U.S.C.A.
della città di Palermo e del dipartimento di prevenzione.
Tra le varie attività di potenziamento, si annovera, tra l’altro:
-L’ ottimizzazione e potenziamento servizi Fiera Drive-In ed istituzione Centrale Operativa CoVid.
-Il monitoraggio, studio e gestione flussi laboratori molecolari.
- La gestione dei servizi USCA, Interfaccia con Centralino Regionale e Aziendale, Comunicazione
con i Medici Curanti.
-Il caricamento ed allineamento dati con Istituto Superiore di Sanità.
-Il controllo e verifica dei monitoraggi dei pazienti in carico.
-La strutturazione unità statistiche e raccolta dati.
-Lo studio e follow-up sul gestionale ASP e integrazione e valutazione altri software di gestione.

8. C
B
A - Rilevazione dei tamponi rapidi
- Calcolo dei nuovi posi
ti
vi
- Calcolo dell’incidenza cumula
ti
va
D - Calcolo della prevalenza
E - Rilevazione del tasso di ospedalizzazione
F - Confronto dei dataset e sta
ti
s
ti
che ponderate
G - Analisi dinamiche su serie storiche
Alcune rilevazioni effettuate sul territorio

9. misura la proporzione di "eventi"
presenti in una popolazione in un
dato momento
PREVALENZA
rappresenta la proporzione di individui
che vengono colpiti dalla malattia in un
determinato periodo di tempo
.
INCIDENZA
38%
74%
A
B
Incidenza e Prevalenza

20. Da quando abbiamo iniziato, sono sta
ti
fa
tti
passi da gigante nella
rilevazione dei da
ti
pandemici, ma ancora molte operazioni sono
ridondan
ti
e complesse e meritano ulteriori approfondimen
ti
.
Più speci
fi
catamente i prossimi obie
tti
vi che ci siamo pre
fi
ssa
ti
riguardano:
-implementazione di tu
tti
i task del so
ft
ware ges
ti
onale
-miglioramento con
ti
nuo dei sistemi di data cleaning e qualità oltre alla
sensibilizzazione a tu
tti
gli operatori che operano sui sistemi a cercare di
raggiungere la completezza dei da
ti
-rendere i da
ti
aggrega
ti
di pubblico dominio e con rappresentazioni
cristalline e di facile interpretazione per non ingenerare s
fi
ducia nelle
informazioni che forniamo
-Allineamento di tu
tt
e le fon
ti
da
ti
-Creare una procedura esportabile ad altri ambi
ti
sanitari al
fi
ne di
sfru
tt
are l’esperienza della
fi
era come modello di un nuovo conce
tt
o di
medicina, più vicina alle reali esigenze del paziente e di ausilio ai medici
che, a
tt
raverso l’immediatezza delle informazioni e strumen
ti
predi
tti
vi
basa
ti
sulle serie storiche, possano intervenire con maggiore accuratezza
e in tempi rido
tti
.
Dove vogliamo arrivare

21. 21
• Management
• Team Leader
• Quality Manager
• Web Architect
• Healthcare IT Consultant
• UX Expert
General O.S.
• PHP
• Javascript
• ASP
• MySQL HTML, CSS3
• Ruby, Rails
• Python
Developer
• Ubuntu, CentOS
• Mac OSX
• Windows
• IOS - Android
• Embedded OS
• Raspai, Pidora
Classe 1971- Cresciuto tra coin up, Super Santos e libri, nell’estate del
1986 mi regalano un COMMODORE 64 che cambia la mia vita.
Un nerd prestato all’imprenditoria (ed alla PA!)

22. Analisi dei processi e piccoli
cambiamenti per adeguarli alle
norme e alle Best Practices
Miglioramento dei processi
Obiettivo: trovare degli strumenti che
permettessero di accelerare i tempi
delle analisi per il monitoraggio
Cambio tecnologico
38%
Analisi iniziale

23. IL GDPR è un regolamento dell'Unione europea in materia di
trattamento dei dati personali e di privacy, entrato in vigore nel 05/2018.
La Commissione europea si propone di rafforzare e rendere omogenea
la protezione dei dati personali sia dentro che fuori i confini UE
Viene restituito ai cittadini il controllo dei propri dati personali, semplificando
il contesto normativo unificando la norma privacy dentro l'UE.
General Data Protection Regulation

24. ISO 27001- Sistema di gestione della
sicurezza delle informazioni
Lo standard ISO/IEC 27001 è una norma internazionale certificabile che definisce
i requisiti per un Sistema di Gestione della Sicurezza delle Informazioni ed è
progettata per garantire la selezione di controlli di sicurezza adeguati e proporzionati.
Concetto di informazione con relativa valorizzazione
Efficacia delle contromisure adottate per trattare i rischi.
Aspetto organizzativo (non solo tecnologico) della Sicurezza delle Informazioni

25. C
B
A Esplorazione dei dati
Elaborazione dei dati
Rappresentazione dei dati
A B C
Workflow nella elaborazione dei dati

26. Dai dati alla conoscenza
Informazioni
Dati
Cooscenza

27. Software utilizzabili

28. VisiData è un fantastico strumento open source per
esplorare e manipolare dati. Mette insieme la
chiarezza di un foglio di calcolo, con l'efficienza del
terminale e la potenza di Python, in una utility
leggera in grado di gestire milioni di righe con facilità
Il coltellino svizzero dei dati

29. Open Source e disponibile per
diversi Sistemi Operativi
Open Source
Utilizza CSV tramite shell
Velocità e Potenza
In Visidata possibile utilizzare
espressioni e librerie Python
Librerie Python
Si possono registrare macro
per utilizzarli dopo come script
Generazione Script
05 04
E’ possibile gestire diversi foglie
aprendo diversi files o come selezione
dei altro foglio aperto
Multifogli
L’uso di espressioni regolari permette di
effettuare facilmente ricerche e analisi
Utilizzo delle RegEx
06 03
01 02

30. l'Istituto superiore di Sanità
cambia licenza
il ministero salute
cambia licenza
Basta PDF scansione dal
comitato tecnico scientifico
Gli open data assurdi
del portale PNRR
Open Data Sicilia e A. Borruso

31. La vera cultura open!
Robert
o
Baggio
Andre
a
Borruso
Daniele
Mondello
Francesc
o
Totti
Hurricane
Polymar
github.com/ondata/guidaVisiData/

32. Strumenti per la visualizzazione

33. Possono essere utilizzati diversi DB
Totalmente Web Based
User Friendly con ricerche con o senza SQL
Permette la generazione di script
Multi DB Web Based
No SQL
Self Hosted
Caratteristiche di Metabase

34. www.yourwebsite.com
datastudio.google.com
Google Data Studio è un tool
pensato appositamente per
creare, in poco tempo, dashboard
dinamiche e report efficaci

35. Workflow ottimizzato
01
02
03
ESPLORAZIONE
ELABORAZIONE
VISUALIZZAZIONE
+

36. Grazie ed arrivederci al prossimo evento!
@DMONDELLO
DANIELEMONDELLO
INFO@DANIELEMONDELLO.IT
Linux day 202
1
Palermo 23/10/2021
Daniele Mondello
SIRAGUSA8
R.SIRAGUSA@GMX.COM
Roberto Siragusa
ROBERTO-SIRAGUSA/8
DANIELEMONDELLO

37. “One more thing”…
si può dire al linux day?!
I HUB!