Alla scoperta di PubMed Labs

ALLA SCOPERTA DI PUBMED LABS
MILANO, 22 NOVEMBRE 2019
Maurella Della Seta
Settore Documentazione
Istituto Superiore di Sanità
maurella.dellaseta@iss.it

STRUTTURA, CONTENUTO E NOVITÀ DI PUBMED LABS
Breve storia di PubMed e del sistema Medlars
Panoramica di PubMed Labs
Contenuto di PubMed Labs
Struttura del record
Caratteristiche principali di PubMed Labs
Linguaggio naturale o descrittori MeSH?
2

BREVE STORIA DI PUBMED E DEL SISTEMA
MEDLARS
1879 Index Medicus
1964 Sistema MEDLARS
1997 PubMed
2018-2019 PubMed Labs
Novembre 2019 Nuovo PubMed
Primavera 2020 Nuova release di PubMed diventa il default
3

PANORAMICA DI PUBMED
PubMed è una risorsa gratuita, sviluppata per guidare l’utente nella ricerca
e nel reperimento di pubblicazioni biomediche e di scienze della vita, con
l'obiettivo di migliorare la salute, sia a livello globale che personale
Tutte le pubblicazioni presenti in PubMed sono peer-reviewed
PubMed contiene oltre 30 milioni di citazioni e abstract di letteratura
biomedica
PubMed è stato sviluppato ed è gestito dal National Center for
Biotechnology Information (NCBI) presso la National Library of Medicine
(NLM) degli Stati Uniti, che fa parte dei National Institutes of Health (NIH)
4

NUOVO PUBMED: 18 NOVEMBRE 2019
5

IL BOLLETTINO TECNICO DELLA NLM ANNUNCIA
IL NUOVO PUBMED
https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/nd19/nd19_pubm
ed_new.html
6

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
7

CONTENUTO DI PUBMED 1/2
PubMed è attualmente formato da tre sotto-insiemi:
MEDLINE. Il file MEDLINE costituisce la componente maggiore di PubMed e consiste
principalmente in citazioni tratte da riviste accuratamente selezionate dalla NLM, in
base alla qualità e al valore scientifico. Tutti gli articoli presenti nel MEDLINE sono
indicizzati con i MeSH (Medical Subject Headings); i dati presenti nella citazione
bibliografica sono integrati con dati relativi ai finanziamenti ricevuti per effettuare
la ricerca, dati di genetica, di chimica e altri metadati.
PubMed Central (PMC). Le citazioni relative agli articoli raccolti nell‘archivio
PubMed Central (PMC) costituiscono la seconda componente di PubMed. PMC è un
archivio digitale a testo completo, che include articoli di riviste selezionate dalla NLM
per l'archiviazione (corrente e storica), nonché singoli articoli ad accesso aperto, in
conformità con le politiche dell’ente finanziatore della ricerca.
Bookshelf. La terza componente di PubMed è costituita da citazioni di libri e
capitoli di libri disponibili nel Bookshelf, archivio a testo completo di libri, relazioni,
database e altri documenti relativi alle scienze biomediche, sanitarie e della vita.
9

CONTENUTO DI PUBMED 2/2
Le citazioni bibliografiche e abstract provengono da oltre 5200 riviste in
quaranta lingue diverse, pubblicate negli Stati Uniti e in altri settanta paesi
Per la selezione del materiale da indicizzare la NLM si avvale della
collaborazione di un comitato composto da medici, editori di riviste scientifiche
e bibliotecari (Literature Selection Technical Review Committee)
L’aggiornamento dell’archivio avviene con cadenza giornaliera. La
percentuale degli articoli in lingua inglese presenti nella base di dati
ammonta al 93%
 I riferimenti corredati da abstract originale dell’autore sono circa 85% del
totale
MEDLINE®: Description of the Database
https://www.nlm.nih.gov/bsd/medline.html
10

STRUTTURA DEL RECORD 3/4
In alcuni record ci sono anche tutti i riferimenti bibliografici dell’articolo
13

CARATTERISTICHE PRINCIPALI DI PUBMED LABS
La nuova versione di PubMed mantiene, anche se leggermente modificate,
tutte le funzionalità già presenti nella versione precedente, tra cui:
Advanced Search (Ricerca avanzata)
Search details (Visualizzazione degli elementi della strategia di ricerca, dal
2020 disponibile solo nella modalità Advanced Search)
Search history (Cronologia della sessione di ricerca con visualizzazione dei
set inseriti)
Filters (Filtri, cioè possibilità di limitare la ricerca a determinati aspetti, quali
ad esempio fasce di età o tipi di pubblicazione)
My NCBI (spazio di memoria in cui è possibile conservare strategie di
ricerche o bibliografie)
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FUNZIONALITÀ MIGLIORATE
I miglioramenti apportati all’algoritmo di ricerca di PubMed Labs
comprendono:
ricerca più ampia dei sinonimi;
ricerca delle forme singolari e plurali;
ricerca delle varie forme ortografiche (ad es.: centre/center;
behaviour/behavior);
troncamento illimitato di un termine (mentre prima era limitato a
600 varianti)
16

MODALITÀ DI RICERCA
1. inserire parole o frasi nella casella di ricerca (Search Box), senza utilizzare
virgolette o operatori logici booleani (es.: olaparib ovarian cancer)
2. digitare nella casella di ricerca gli elementi noti della citazione (ad
esempio autore, parole del titolo, titolo della rivista, volume, anno, ecc.): lo
strumento “PubMed citation sensor” ricercherà la citazione corrispondente
(ad es.: colombo n NEJM 2018)
3. Per ricercare articoli di un autore, scrivere il cognome dell’autore, seguito
dall’iniziale o dalle iniziali del nome (ad es.: della seta m ); per articoli dal
2002 in poi è possibile anche ricercare il nome completo dell’autore
(maurella della seta o della seta maurella)
17

PECULIARITÀ DI PUBMED LABS 1/7
La funzione di mapping (indirizzamento dal linguaggio naturale) è stata migliorata
in questa versione di PubMed, e consente, attraverso algoritmi di ricerca innovativi,
di visualizzare articoli pertinenti, in ordine di Best match (migliore corrispondenza) a
quanto inserito nella casella di ricerca.
La funzione Best Match è stata migliorata ed è diventata l’opzione di default per
la visualizzazione degli articoli reperiti. Questo significa che gli articoli più
pertinenti alla strategia di ricerca vengono visualizzati per primi.
Nel caso si vogliano, invece, vedere gli articoli in ordine cronologico, dal più
recente al meno recente, è necessario cliccare sul tasto Most recent.
18

Una possibilità particolarmente interessante è quella di poter visualizzare,
memorizzare e importare le citazioni bibliografiche reperite nei vari formati richiesti
dalle principali riviste scientifiche, attraverso l’opzione “Cite” (Citazione)
I formati finora disponibili sono:
AMA (American Medical Association);
MLA (Modern Language Association);
APA (American Psychological Association);
NLM (National Library of Medicine)
Inoltre, la scelta dell’opzione formato RIS consente di importare le citazioni all’interno
di un software per la gestione delle stesse, come EndNote, Mendeley, RefWorks, ecc.
19

È possibile aggiungere una o più citazioni di proprio interesse ai Preferiti
(Favorites)
Non solo nel proprio spazio all’interno di MyNCBI, ma anche in eRA
Commons, Google Accounts, NIH
21

È stato modificato il formato Summary (formato di default quando si effettua
una ricerca)
Il formato Summary, oltre a comprendere i consueti dati bibliografici
(autore/i del documento, titolo, fonte bibliografica ecc.) consente ora la
visualizzazione di snippet, cioè frammenti dell’abstract, in cui sono evidenziati
in grassetto i termini inseriti nella strategia di ricerca, eventuali sinonimi e
termini affini
Questo consente all’utente di selezionare con più facilità i documenti
potenzialmente utili
22

23Citazioni visualizzate in formato Summary, con frammenti (snippets) dell’abstract
Da notare il
reperimento di
sinonimi del
termine treatment

Accanto ai risultati di una ricerca, nella colonna di sinistra, compare il
grafico della distribuzione degli articoli per anno di pubblicazione. Il grafico
può essere ingrandito, ed inoltre è possibile selezionare direttamente dal
grafico l’anno di pubblicazione, per limitare gli articoli a un dato anno o a un
determinato intervallo di tempo
24

Opzione “Share” (Condividi), che consente di condividere una o più citazioni
su Twitter o su Facebook, oppure di copiare o memorizzare sulla clipboard il
Permalink (indirizzo permanente internet di una citazione)
25

La sezione “My Bibliography” (presente all’interno del proprio spazio
MyNCBI) è stata migliorata
 Al suo interno è possibile memorizzare articoli di proprio interesse, tratti da
varie fonti, e creare una bibliografia personalizzata
Le citazioni possono essere ricercate in PubMed e inserite automaticamente
nella sezione (prima opzione); possono essere caricate da un file preesistente
(seconda opzione); oppure possono essere inserite manualmente, attraverso
una griglia che guida l’utente nella creazione della citazione bibliografica
(terza opzione). Inoltre, all’interno della sezione “My Bibliography”, è stata
introdotta la possibilità di effettuare ricerche (per autore, parole del titolo,
titolo della rivista, PMID) all’interno della bibliografia memorizzata.
26

27
Maschera di
inserimento di
citazioni non
provenienti da
PubMed in “My
Bibliography”

CAMBIAMENTI NELLA VISUALIZZAZIONE 1/3
Nel formato abstract è possibile scorrere con frecce a sinistra e a destra,
navigando all’interno dei risultati di ricerca
La visualizzazione delle figure contenute nell’articolo è ora più immediata.
Nel formato abstract si visualizzano i riferimenti bibliografici contenuti
nell’articolo, con relativo link al PubMed o al PubMed Central (non in tutte le
citazioni per ora)
28

29
 Navigazione all’interno della citazione
grazie alla barra laterale

Secondo i dati della NLM oltre metà degli accessi a PubMed avviene ora da
dispositivi mobili
Di conseguenza è stata molto migliorata la visualizzazione e l’accesso a tutte
le funzionalità da cellulari e tablet, grazie ad un sito più reattivo
In particolare, è stata migliorata la possibilità di collegarsi agli Outside
Tools (posseduto della Biblioteca) da dispositivi mobili
30

NUOVO PUBMED:
VISUALIZZAZIONE
DA DISPOSITIVO
MOBILE
31

SALVATAGGIO DELLE CITAZIONI – NUOVI
FORMATI DISPONIBILI
32
Formato RIS per
esportare i risultati
della ricerca in un
software per la
gestione
bibliografica
Formato CSV per
esportare i dati in
una tabella EXCEL

LINGUAGGIO NATURALE O DESCRITTORI MESH?
1/2
L’interrogazione di PubMed 2020 può essere effettuata nel linguaggio
naturale, inserendo una o più parole, o una frase a scelta dell’utente (ad es.:
olaparib ovarian cancer treatment)
Questa strategia di ricerca, relativa all’uso del farmaco Olaparib nella cura
del tumore ovarico, sarà tradotta automaticamente dal sistema in una formula
di ricerca più ampia
La traduzione automatica, che comprende parole tratte dal linguaggio
libero, termini MeSH, e Supplementary concepts, cioè nomi di sostanze
chimiche e farmaci, si può visualizzare partendo dalla modalità Advanced e
cliccando su Details
33

34
Visualizzazione della strategia di ricerca, nella traduzione automatica effettuata
dall’algoritmo di PubMed
N.B. Per
editare la
strategia
presente nei
Details
bisogna
copiarla e
incollarla
nella Search
Box

LINGUAGGIO NATURALE O DESCRITTORI MESH?
2/2
Volendo effettuare una ricerca più mirata ed esaustiva, come nel caso
di ricerche per revisioni sistematiche della letteratura scientifica, o
finalizzate all’elaborazione di linee guida per la pratica clinica, la NLM
stessa consiglia di utilizzare i descrittori che compaiono nel thesaurus
MeSH (Medical Subject Headings), unitamente a parole tratte dal
linguaggio naturale
Volendo memorizzare una strategia di ricerca nel “MyNCBI”, da
ripetere periodicamente, si consiglia di utilizzare termini tratti dal
linguaggio naturale (es.: breast cancer OR breast tumor OR breast
neoplasm), per essere sicuri di reperire tutte le citazioni, comprese
quelle inserite recentemente in PubMed (e quindi ancora in process
e non indicizzate con i MeSH)
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IL THESAURUS MESH
In PubMed Labs i descrittori MeSH possono essere ricercati nel
MeSH Database, come nella versione precedente di PubMed
L’interrogazione e la ricerca nel MeSH Database sono rimaste invariate
Tenere presente che le ricerche limitate ai termini MeSH (ad es.: Breast
Neoplasms [mh]) non reperiscono le citazioni PubMed più recenti, in quanto
non ancora indicizzate con i descrittori MeSH
I Medical Subject Headings sono stati tradotti in varie lingue, nell’ambito di
un progetto denominato UMLS (Unified Medical Language System). La
traduzione italiana dei MeSH a cura dell’Istituto Superiore di Sanità, è
reperibile all’indirizzo Internet www.iss.it/site/mesh
36

37
Traduzione italiana dei MeSH

INFORMAZIONI SUI MESH
Per maggiori informazioni sui MeSH consultare la pagina dedicata
della National Library of Medicine, che contiene tutte le
informazioni relative a questo argomento:
https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html
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DOVE TROVO LE NOVITÀ DI PUBMED?
PubMed è un sistema in continuo sviluppo: cambiamenti, miglioramenti,
integrazioni e modifiche della grafica e del motore di ricerca sono implementati
man mano, in base all’uso, ai riscontri e ai suggerimenti dell’utenza
Si consiglia, pertanto, di consultare regolarmente la sezione “Learn”, presente
nella pagina iniziale di PubMed Labs, per essere sempre informati sulle novità del
sistema
39

THE RESOURCE GUIDE – GUIDA ALLE RISORSE
HTTPS://WWW.NLM.NIH.GOV/BSD/PMRESOURCES.HTML
40

ALCUNE RISORSE SELEZIONATE 1/2
1. Manuale per l’utente di PubMed aggiornato settembre 2019
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/
2. Tutte le novità di PubMed in ordine cronologico
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi?ChanKey=PubMedNews
3. Bollettino tecnico della NLM
https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so19/so19_issue_cover.html
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ALCUNE RISORSE SELEZIONATE 2/2
4. Materiale didattico in PowerPoint preparato dalla NLM e liberamente
riutilizzabile
https://learn.nlm.nih.gov/documentation/training-packets/T0022014P/
5. Video: New PubMed: Highlights for Information Professionals
https://www.youtube.com/watch?v=O0Dg8eGfeRg
6. Tutorial sull’uso di My Bibliography: NCBI Minute: An Insider's Guide to the
New My Bibliography (settembre 2019)
https://www.youtube.com/watch?v=DDHkAVQ5dDQ
42

BIBLIOGRAFIA 1/2
1) Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical
literature. Database (Oxford). 2011 Jan 18;2011:baq036. doi:
10.1093/database/baq036. PMID: 21245076; PMCID: PMC3025693.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3025693/
2) Fiorini N, Canese K, Bryzgunov R, Radetska I, Gindulyte A, Latterner M,
Miller V, Osipov M, Kholodov M, Starchenko G, Kireev E, Lu Z. PubMed
Labs: an experimental system for improving biomedical literature search.
Database (Oxford). 2018 Jan 1;2018:bay094. doi:
10.1093/database/bay094. PMID: 30239682; PMCID: PMC6152140.
43

BIBLIOGRAFIA 2/2
3) Fiorini N, Canese K, Starchenko G, Kireev E, Kim W, Miller V, Osipov M,
Kholodov M, Ismagilov R, Mohan S, Ostell J, Lu Z. Best Match: New relevance
search for PubMed. PLoS Biol. 2018 Aug 28;16(8):e2005343. doi:
10.1371/journal.pbio.2005343. PMID: 30153250; PMCID: PMC6112631.
4) Williamson PO, Minter CIJ. Exploring PubMed as a reliable resource for
scholarly communications services. J Med Libr Assoc. 2019 Jan;107(1):16-
29. doi: 10.5195/jmla.2019.433. Epub 2019 Jan 1. PMID: 30598645;
PMCID: PMC6300231.
44

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