1. Kenneth Devloo Master Computerwetenschappen: Mens-machine communicatie Promotors: Prof. dr. ir. Philip Dutré Prof. dr. ir. Abram Aertsen Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time-lapse opnames

2. Inhoud 2 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

3. Inhoud 3 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

4. Inleiding 4 Doel Video en Uitdagingen Bestaandetoepassingen

5. Inleiding: Doel 5 Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacteriëlecellen Nieuwalgoritme Accuraat Implementatie

6. Inleiding: Doel 6 Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacteriëlecellen

7. Inleiding: Video en uitdagingen 7

8. Inleiding: Bestaandetoepassingen 8 Cell Profiler CellTracer

9. Inleiding: Bestaandetoepassingen 9 Cell Profiler CellTracer

10. Inhoud 10 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

11. Algoritme 11 Preprocessing Detectie Beschrijving Tracken en correctie van detectie Correctie op segmentatie

12. Algoritme: Preprocessing 12

13. Algoritme: Detectie: Threshold 13

14. Algoritme: Detectie: Breedte 14

15. Algoritme: Detectie: Cellen 15

16. Algoritme: Beschrijving 16

17. Algoritme: Tracken 17 Voorbereiding Driebouwblokken: Matchen Correctie op score Correctie op detectie

18. Algoritme: Correctie 18 Restoratievanafeenskelet Na tracking!

19. Inhoud 19 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

20. Implementatie 20 Technologie Gebruikersinterface

21. Implementatie: Technologie 21 C++ OpenMP Qt Graphviz Implementatie preprocessing Portabel Snel

22. Implementatie: Gebruikerinterface 22 Input, Detectie

23. Implementatie: Gebruikersinterface 23 Lineage, opties

24. Aanpak: Gebruikersinterface 24

25. Inhoud 25 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

26. Resultaten 26 Positief Correct op gewonecellen Robuusttegenkwaliteitsverlies Hogeaccuraatheid Snel op eenvoudigebeelden Negatief Sneluitbreidendepopulaties Lange cellen Populatiebuitenbeeld Somsaanpassing parameter

27. Inhoud 27 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

28. Toekomstigwerk 28 Deel van het algoritme Accurater op pixelniveau Iteratiefdeel Visualisatie Lineage Alternatieven

29. Inhoud 29 Inleiding Algoritme Implementatie Resultaten Toekomstigwerk Besluit

30. Besluit 30 Doel: Geautomatiseerdeen lineage opstellen van eenpopulatiebacteriëlecellen Geslaagd Accuraat Volledigeimplementatie

31. Vragen? 31

32. Volledige lineage 32

33. Radiaal 33

34. 34

35. Skelet 35

36. 36

37. 37

38. 38

39. 39

40. 40