1. 変態にRを与えた結果がこれだよ…7
Rでネットワーク解析とGIS
20131109
Tokyo.R#35 @ニフティ株式会社 新宿フロントタワー18F
YF@Med_KU

2. 本日の内容
ネットワーク解析
{igraph} and {linkcomm}
レイアウトの微調整の話
Rで地図
{spsurvey} and {RgoogleMaps}
地図がプロットできたら楽しいという話

3. 真面目にネットワーク解析
第2回Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
R+igraphではじめる生物ネットワーク解析 竹本和広
http://www.slideshare.net/kztakemoto/r-seminar-on-igraph
https://sites.google.com/site/kztakemoto/r-seminar-on-igraph---supplementary-information

4. ネットワーク (グラフ)
node
edge
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131007
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905

5. グラフの準備 {igraph}
隣接行列
graph.adjacency()
エッジリスト
graph.data.frame()
1,2
1,5
…
無向グラフなら対称行列
無向グラフ

6. 無向グラフと有向グラフ
「にこまき」と「まきにこ」は同等
「遥真」と「真遥」は同等でない
(百合は可換) ｷﾏｼﾀﾜｰ
(ホモは非可換) ｱｯhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905

7. 無向グラフと有向グラフ
「にこまき」と「まきにこ」は同等
「遥真」と「真遥」は同等でない
(百合は可換) ｷﾏｼﾀﾜｰ
(ホモは非可換) ｱｯhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905

8. ネットワークの統計量
次数 Degree
線が集まる点ほど中心性が高い
近接中心性 Closeness
他の点と距離が近いほど中心性が高い
媒介中心性 Betweenness
その点を通る経路が多いほど中心性が高い
推移性 Clustering coefficient (transitivity)
頂点が結ばれている確率
Motif, hub, and community are also important…
無向グラフと有向グラフでは計算が異なる

9. Scale free network
Bioinformatics. 2012 Jan 1;28(1):84-90.

10. Scale free network
べき乗則(パレート分布)になる

11. ネットワーク解析の問題点
レイアウトが難しい!!

12. レイアウトが難しい!!
layout.*()が用意されているが…

13. レイアウトが難しい!!
ネットワークレイアウト編集
Gephi https://gephi.org/
Cytoscape http://www.cytoscape.org/
(使ったことないけど…)

14. 人力補正
http://www.kegg.jp/kegg-bin/highlight_pathway?scale=1.0&map=map04115&keyword=p53

15. レイアウトが難しい!!
R上級者()なら {igraph}
tkplot()
Tcl/TkによるGUIでのグラフ調整
tkplot.getcoords(tkid)
座標が取得できる!!

16. レイアウトが難しい!!
http://d.hatena.ne.jp/kmgs100/20090806/1249574893

17. レイアウトが難しい!!
tkplot
layout.circle
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131106

18. Rで地図
日本全体の統計量(疫学，売上，etc…)
地図データには緯度経度がある：座標
Rで遊べんじゃね??

19. {spsurvey}
.shp ファイルが必要
ESRIジャパン株式会社 (市町村対応)
http://www.esrij.com/products/data/japan-shp/
Global Administrative Areas (世界対応)
http://www.gadm.org/Japan

20. {spsurvey}
重い
かなり重い
死ぬほど重い
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130317

21. {spsurvey}
新卒医学生の就職内定動向
都道府県単位の色指定
緯度軽度による中心・拡大縮小指定
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130928

22. {igraph}と{spsurvey}をmerge
新幹線接続データ
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130912

23. ﾌｧｯ!?!?

24. ﾌｧｯ!?!?
緯度経度(座標)があれば、
segments()とpoints()でゴリ押しが可能

26. iPhone5sのつながりやすさ(山手線)
(どこがつながりやすいんだよ…??)
http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html

27. 祇園祭をTSPで回る
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130715

28. {RgoogleMaps}
GoogleMapの見た目そのままの図を取得する。
中心座標とズームを指定する。

29. iPhone5sのつながりやすさ(山手線)
通信速度を取得
駅の緯度・経度を取得
http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html

30. iPhone5sのつながりやすさ(山手線)
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130921

31. Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)
表面抗原発現パターンから分化系統樹作成
Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91
Science. 2011 May 6;332(6030):687-96
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922

33. Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)
n次元定量データのパターンから分化系統樹作成
新規
退会
課金厨
無課金厨
重課金厨
Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91
Science. 2011 May 6;332(6030):687-96
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922