лекция проф. Прохорчука Егора Борисовича

1. Лекция 1
Основные современные методы геномики
24 октября 2013 года

2. История секвенирования ДНК:
метод Максама-Гилберта,
метод Сэнгера
Алан Максам
Вальтер Гилберт 1976-1977 Гаравардский университет, США
Фредерик Сэнгер 1977 Гарвардский университет, США

6. Основные геномные проекты прошлого и
настоящего.
Геном человека- 2000 год.
Геном мыши- 2003 год
Геном картошки – 2010 год
Геном 1000 людей
Раковый геном
Геномы всех видов

7. 26 июня 2000 г. - Клинтон и Блэр
объявили о завершении проекта
Геном Человека. Подготовка
«проекта» текста генома заняла
десять лет, и потребовала
международного сотрудничества со
стороны Китая, Франции, Германии,
Японии, Великобритании и США
Крэйг Вентер, президент частной
компании и Фрэнсис Коллинз из
NIH поделили признание за
«секвенирование генома человека», на
расшифровку которого было
потрачено 10 лет и 6 миллиардов
долларов
РАСШИФРОВКА ГЕНОМА ЧЕЛОВЕКА

8. Современные технологии секвенирования
ДНК: 454 Roche, Illumina GA,
• Roche- пиросеквенирование
• Иллюмина- секвенирование за счет синтеза
• СОЛИД- секвенирование за счет лигирования.
• Домашнее задание- разобраться в технологии
пиросеквенирования и секвенирования через лигирование.
• Ключевые слова- 454 technology; SOLiD technology.

10. Основные параметры зарождающихся
новейших технологий секвенирования.

14. Методы нового секвенирования:
Ion Personal Genome Machine (PGM)
Производительность - 100 млн. нуклеотидов/запуск
длина чтения – 200 нуклеотидов
длительность рабочего цикла - 2 часа
стоимость реактивов около 1 тыс евро

15. Поверхностно усиленная Рамановская спектрометрия для
мономолекулярного сиквенса ДНК

16. Центр «Биоинженерия» РАН
Курчатовский институт Биофак МГУ
Общая производительность 600 миллиардов нуклеотидов в месяц
Стоимость 1000 нуклеотидов на приборе SOLiD4 или Illumina GAIIx
равна 1 копейке

17. Быстро снижающаяся стоимость секвенирования
открывает новые возможности
По закону Мура количество транзисторов на плате удваивается каждые два года: стоимость
вычислений падает в два раза каждые два года.
Стоимость секвенирования генома уменьшается быстрее стоимости компьютерных вычислений.
Источник: Broad Institute