Natuurplaza Symposium januari 2017 - presentatie RAVON - Jelger Herder. Titel: Next generation monitoring met environmental DNA

1. Next generation monitoring met environmental DNA
Jelger Herder & Tim Termaat
Nijmegen, 20 januari 2017

2. 2/19
Sommige soorten zijn lastig te monitoren
 Grote modderkruiper (Misgurnus fossilis)
• Vrijwilligers  schepnet
• Professionals  electrovissen
• Maar pit-tag onderzoek liet zien
lage trefkans zien
• Habitat
• Environmental DNA

3. 3/19
eDNA verzamelen en aantonen in het lab
 Snel en efficiënt monsteren
 In het lab is er met PCR en soortspecifieke primers aan te tonen of
er DNA van de doelsoort aanwezig was.

4. 4/19
Eerste studie in Nederland
 In 2011 hebben RAVON en SPYGEN een pilotstudie naar de
toepassingsmogelijkheid van eDNA methode voor grote
modderkruiper (Misgurnus fossilis)
• Trefkans met eDNA 87,5% (7 van de 8 locaties)
• Negatieve veldcontroles allen negatief (4 locaties)
Herder et al., 2012 – H2O

5. 5/19
Hogere trefkans met eDNA
Kranenbarg et al., 2014 – H2O
Vergelijking in het veld: 48 wateren electrovissen vs eDNA
 Trefkans eDNA ~ 3x hoger
 Trefkans electrovissen max 37,5%
 Electro vangst  eDNA positief (100%)

6. 6/19
Pilotstudie Libellen
 Groene glazenmaker
(Aeshna viridis)
 7/9 locaties (trefkans 78%)
 Gevlekte witsnuitlibel
(Leucorrhinia pectoralis)
 6/8 locaties (trefkans 75%)
 Locaties “gemist” ook niet met
traditioneel onderzoek

7. 7/19
Pilotstudie noordse woelmuis
 Noordse woelmuis keutels zijn niet te onderscheiden van
aardmuis en veldmuis.
 Keutelhoopjes zijn te vinden in het veld:
 Middels eDNA wel op naam brengen?

8. 8/19
Pilotstudie noordse woelmuis
 Hogere trefkans met eDNA + kostenefficiënter
Herder et al., 2015 – Levende Natuur

9. 9/19
Soort specifiek onderzoek succesvol
Bemonsterde locaties
2011-2013

10. 10/19
eDNA metabarcoding - vissen
Hoe werkt het?
 Universele primers vermeerderen kort DNA fragment
 Al het eDNA van vissen wordt vermeerderd
 Vermeerderde sequenties uitlezen met NGS
 Sequenties matchen aan soorten
Uitkomsten:
 Lijst aanwezige soorten
 Relatieve verhoudingen tussen soorten
Valentini et al., 2016

11. 11/19
Groot onderzoek 2015 (eDNA vs KRW)
 55 onderzoekslocaties (KRW traject)
 1 tot 3 monsters per locatie
Watertypen
 12 R-type (beek tot kleine rivier)
 47 M-type (sloot, kanaal, plas
tot groot meer en ook brak
water)
 3 niet KRW wateren

12. 12/19
Onderzoekslocaties en monstermethode
Berkel en Rodenrijs - vaart

13. 13/19
Onderzoekslocaties en monstermethode
Berkel Zutphen – Kleine rivier

14. 14/19
Onderzoekslocaties en monstermethode
Noorder IJplas – groot brak water

15. 15/19
1.6 x meer soorten met eDNA
aa
a
a
ab b
b

16. 16/19
Reproduceerbaarheid analyse
R² = 0.9793
0
50000
100000
150000
200000
0 50000 100000 150000

17. 17/19
Reproduceerbaarheid monstername
Noorder IJplas 1 Noorder IJplas 2 Noorder IJplas 3
R2 tussen
0,90 en 0,96

18. 18/19
Verder lezen
www.environmental-dna.nlUitgebreid review
Do’s and Don’ts
eDNA onderzoek