SNOMED CT tilanne ja hyödyntäminen. Esa-Matti Tolppanen (esittäjä), Mikko Härkönen, Juha Mykkänen. THL/OPER, 31.10.2019 Tiedonhallinnan kehittämisen seminaari (sessio 4)

1. SNOMED CT tilanne ja hyödyntäminen
Esa-Matti Tolppanen (esittäjä), Mikko Härkönen, Juha Mykkänen
Soten digitalisaation kansallinen pohja kuntoon yhteistyöllä - tiedonhallinnan kehittämisen seminaari
31.10.2019

2. Esityksen sisältö
• Mikä SNOMED CT on?
• SNOMED CT ylläpitävän IHTSDO yhdistyksen toimintamalli
• SNOMED CT Suomessa – iso kuva
• SNOMED CT Kansallinen jakelukeskus (NRC)
• SNOMED CT sovellusten kehittäminen Suomessa
• Aineistojen lataus omaan käyttöön, miten pääsen alkuun?
2

3. Mikä SNOMED CT on?
31.10.2019

4. Mikä SNOMED CT on?
• Kansainvälinen terminologinen järjestelmä
• Sisältää lääketieteen termit ja mm. hoitotyön, palvelujen järjestämisen ja potilashallinnon termejä
• Yhteensä noin 0,5 miljoonaa käsitettä ja niiden hierarkia- ja muut ominaisuudet
• Vastaavuudet mm. ICD-10:een ja ICPC-2:een
• Lisäinfoa: SNOMED Starter Guide
• Kaikille avoin termiselain: https://browser.ihtsdotools.org/
• Ylläpitäjänä kansainvälinen terveysviranomaisten yhdistys IHTSDO (International Health Terminology
Standards Development Organisation)
• Yhdistys käyttää viestinnässä myös nimeä SNOMED International
• Jäseninä 39 maata / terveysministeriöitä tai niiden valtuuttamia organisaatioita (lisäksi 5000 + käyttöoikeuslisenssiä)
• SNOMED CT:n käyttöoikeus on kaikilla IHTSDO yhdistyksen jäsenmailla
• Koskee koko maata. Kaikki kehittämistyö tapahtuu avoimen lähdekoodin periaatteilla  kansalliset laajennukset (mm.
referenssimääritykset) ovat avoimia kaikille jäsenille
• IHTSDO edellyttää Suomessa National Release Center (NRC) –toimintaa / koordinointia – THL:n
koodistopalvelu toimii Suomen NRC:na
• Suomalaisia rekisteröitynyttä käyttäjiä on 22 kpl (tilanne 14.10.2019)
4

5. SNOMED CT Termi: Escherichia coli
ruokamyrkytys
Käsite ID: 240335007
GI – kanava
ID: 122865005
Infektio
ID: 441862004Patol. prosessi
Escherichia coli
ID: 112283007
Enterotoksigeeninen E. coli
ruokamyrkytys
ID: 240336008
Enterohemorraginen E. Coli
ruokamyrkytys
ID: 122865005
Kuuluujoukkoon
Bakteerin aiheuttama GI-kanavan
tulehdustauti
Käsite ID: 312121001
E. Coli aiheuttama infektio
Käsite ID: 71057007
Kuuluu
joukkoon
Bakteerin aiheuttama ruokamyrkytys
Käsite ID: 66107000
Käsitteidenyksityiskohtaisuuslisääntyy

6. IHTSDO yhdistyksen toimintamalli
31.10.2019

7. SNOMED CT ylläpitävän IHTSDO yhdistyksen
toimintamalli
• Ylläpitävän yhdistyksen (IHTSDO) jäseninä toimivien terveysviranomaisten tavoitteena on luoda
eri koodistoja ja luokituksia integroiva käsitejärjestelmä siten, että sen rakenne tukee suoraan
myös IT-toteutuksia
• SNOMED CT tyypillinen käyttö tietojärjestelmässä
• tietoja tuotaessa tai tietoja muualle vietäessä keskeiset tietoelementit koodattu SNOMED CT:lla
• tietojärjestelmä hoitaa vastaavuudet: järjestelmän sisäinen koodi – SNOMED CT käsitekoodi
• SNOMED CT hyödyt
• Semanttinen yhteentoimivuus (käsite- ja termivastaavuudet) yli erikoisala-, organisaatio-, maa- yms rajojen
• Granulaarisuus mahdollistaa kliinisen tiedon rakenteistaminen riittävän yksityiskohtaisesti
• Käsitteiden (ja niiden tunnisteiden) hierarkiasuhteet mahdollistavat esim. käyttöliittymissä tai
tilastoanalytiikassa yhteisesti määritellyt tavat ryvästää yksityiskohtaisia tietoja
• Muualta saatavat valmiit määritykset (käytetty hyväksi myös kahdessa ensimmäisessä suomalaisessa
sovelluksessa, kts. alla) nopeuttavat kansallista määrittelytyötä
• Nopeuttaa pienimuotoistakin kehittämistyötä kun voi kopioida osia SNOMED CT käsitemäärityksistä, termeistä
ja niiden suhteista
• Kaikkii määritykset ovat Open Source –tyyppisesti kaikkien saatavissa (esim. ammattilaistermien ruotsin-,
englannin ja espanjan kieliset käännökset)
28/10/2019 7

8. SNOMED CT Suomessa – iso kuva
31.10.2019

9. SNOMED CT Suomessa – iso kuva 1/4
• Suomi on IHTSDO täysivaltainen maajäsen 12.11.2018 lukien
• THL on käynnistänyt SNOMED CT NRC toiminnan osana THL:n Koodistopalvelua
vuoden 2019 aikana
• SNOMED CT terminologiaa ei ole tarkoitus kääntää kokonaisuudessaan (toisin
kuin Ruotsissa, Norjassa ja Tanskassa)
• … vaan tavoitteena on luoda ja ylläpitää SNOMED CT pohjaisia kansallisia
referenssimäärityksiä ja tehdä käännöksiä esille nousevien tarpeiden mukaisesti
osa-alue kerrallaan
9

10. Suunnitelmat Suomessa – iso kuva 2/4
• SNOMED CT pohjaisten kansallisten referenssimäärityksissä on
tarkoitus hyödyntää mahdollisimman paljon muualla tehtyä työtä
• Lähdetty liikkeelle kahdella sovelluksella (pilotilla)
1. Potilaan ongelmalista –käsitteistö
• Suomennos National Library of Medicine CORE Problem List –määrityksestä. Tämä
suunniteltu käytettävän mm. kansainvälisessä akuuttihoidon epikriisisovelluksessa
(International Patient Summary, CEN – HL7).
2. Patologian löydösluokitus
• NHS:n SNOMED CT kudospatologian referenssimäärityksiä käytetään suomalaisen
patologian löydösluokituksen standardointityön pohjana 10

11. Suunnitelmat Suomessa – iso kuva 3/4
• THL:n NRC tavoitteena on myös jatkuvan asiantuntemuksen, tuen ja
koulutuksen järjestäminen käyttöönottaville organisaatioille
• Osa omana toimintana, osa alihankkijoiden ja osa yhteistyökumppanien mm.
IHTSDO yhdistyksen ja korkeakoulujen kanssa
• Lisää tässä esityksessä myöhemmin…
11

12. Suunnitelmat Suomessa 4/4
SNOMED CT terveydenhuollon modulaarisissa tietorakenteissa
1. Tietokomponentit
• Tietokomponentin ”sisällöllistä merkitystä” vastaava SNOMED CT -
käsite ilmaistaan ”Tietokomponentin käsitteen määritelmäviittaus”
attribuutissa
2. Tietokomponenttien osana olevat elementit
• Elementin merkitystä vastaava SNOMED CT käsite ilmaistaan
elementin SNOMED CT ID attribuutissa
3. Tietokomponenttien elementeissä käytettävät koodistot / luokitukset /
arvojoukot
• (Keskeisten) luokitusten sisältöpäivitysten yhteydessä etsitään ja
julkaistaan koodiarvoille vastaavuus SNOMED CT käsitteistä, sallitaan
myös SNOMED CT ID sisällyttäminen siirrettävissä tietorakenteissa
(”varsinaisen koodin” lisäksi). Myös vastaavuustaulukoiden kautta
hyödyntäminen on mahdollista esim siirtymäkauden järjestelynä.
• Myös pelkästään SNOMED CT käsitteisiin ja niiden ID-tunnuksiin
nojautuvat arvojoukot (”koodistot”) ovat mahdollisia jatkossa
4. Mahdollistaa
• SNOMED CT käsitteiden ja käsitesuhteiden hyödyntämisen tietoa
käsittelevissä järjestelmissä ”kansallisen pohjatyön kautta ilman
pakollisesti järjestelmiin toteutettavia uusia vaatimuksia”
• Vähittäisen ”SNOMED CT tuen” lisäämisen, kun uusia kansallisia
tietorakenteita valmistellaan
• Vähittäisen kääntämisen tai ”kääntämislistalle lisäämisen”, kun
SNOMED CT käsitteitä hyödynnetään entistä enemmän kansallisissa
tietorakenteissa
• Vasta tarvittaessa tai uusissa soveltamiskohteissa ”pakollisen SNOMED
CT tuen” vaatimisen järjestelmiltä
• SNOMED CT:n hyödyntämisen eri koodistoja ja luokituksia integroivana
terminologiana (IHTSDO yhdistyksen strategian mukaisesti)
5. Edellyttää
• Osana tietorakenteiden valmistelua SNOMED CT käsitevastaavuuksien
etsimisen ja julkaisun (yleensä osana julkaistavaa tietorakennetta, tai
erillisenä vastaavuustaulukkona)
• Tämä toimintamalli suunniteltu otettavaksi käyttöön uusien ja
päivitettävien terveydenhuollon tietokomponenttien määrittelyissä,
julkaisuissa ja hallintamallissa
28.10.2019 12

13. Hankekokonaisuus
13
2018 2019 2020
SNOMED CT
päätöksen valmistelu Koodistostrategia ja NRC toiminnan käynnistys
SNOMED CT Patologia
SNOMED CT Potilaan
ongelmalista
Maajäsenyys
Esiselvitysprojektit:
17.5.
SNOMED CT Patologia
SNOMED CT Potilaan
30.4.
Toteutusprojektit:
STM
12.11.
KANTA
ohry
15.6.
Kansalliset toteutusprojektit
SOTE luokitusstrategia ja NRC toiminnan käynnistys

14. Suomen SNOMED CT NRC
31.10.2019

15. SNOMED CT NRC Finland
31.10.2019 15
• hallinnoi suomalaisten organisaatioiden
käyttöoikeuksia (Affiliate Licence Agreements)
• toimii yhteyspisteenä suomalaisten
organisaatioiden ja IHTSDO:n välillä
• ylläpitää ja hallinnoi SNOMED CT:n jakelua
Suomessa
• vastaa kansallisista referenssimäärityksistä ja
muista laajennuksista ml. niiden laadusta
• kerää, analysoi ja välittää SNOMED
Internationalille suomalaisten käyttäjien lisäys-
ja muutospyyntöjä

16. SNOMED CT NRC Finland
• SNOMED CT:ta ylläpitävä IHTSDO yhdistys tuottaa verkkokursseja, joista
peruskurssit ovat suomalaisille ilmaisia (https://elearning.ihtsdotools.org/), vaatii
rekisteröinnin
• Neuvotteluja on menossa kotimaisen korkeakoulun kanssa SNOMED CT
koulutuksen tuottamisesta terveydenhuollon ammattilaisille ja toimittajille
• SNOMED CT NRC FI on kokoamassa asiantuntijaverkostoa Suomessa, mukaan voi
ilmoittautua kaikki asiasta kiinnostuneet (koodistopalvelu@thl.fi)
• THL suunnittelee keväälle 2020 SNOMED CT –seminaaria
• Alustava päivämäärä on 31.3.2020
• Käsiteltäviä ja/tai esiteltäviä asioita voi ilmoittaa allekirjoittaneelle
• SNOMED CT NRC FI on ottamassa SNOMED CT -käyttöön SQL-tietokantaa, jonka
avulla tuotetaan Koodistopalvelimen kautta jaettavia tietoaineistoja
• Referenssimääritykset
• Erilaiset ”puolivalmisteet”, joilla standardoidaan ja helpotetaan tietojärjestelmätoteutuksia
31.10.2019 16

17. SNOMED CT sovellusten kehittäminen
Patologian löydösluokitus ja Potilaan ongelmalista
31.10.2019

18. SNOMED CT toteutuksilla tavoiteltavat hyödyt
• SNOMED CT Patologian löydösluokitus:
• Patologian löydösluokituksen harmonisointityö on ollut vuosia esillä joka
tapauksessa edessä olevana ”putkiremonttina” nykyisen SNOMED II
luokituksen hajottua laboratoriokohtaisiksi murteiksi
• Auttaa patologian laadun kehittämistyötä helpottamalla laboratorioiden
keskinäistä benchmarkingia
• Biopankkitietojen käyttö yli organisaatiorajojen mahdollistuu ilman
projektikohtaisesti tehtävää työtä
• Suomen syöpärekisterin tiedonkeruun ja tietojen laatu paranee samalla
kun tiedonkeruun työmäärä vähenee
• Tehostaa ja parantaa sairaanhoitopiirien tutkijoille tarjolla olevien
kliinisten tietovarastojen laatua
28.10.2019 18

19. Patologian löydösluokitus - tuotokset
Osaprojektin tuotokset:
• Kansallisen jakelukeskuksen (NRC) kautta jaettavat tietoaineistot
• SNOMED CT Patologian löydösluokitus
• SNOMED CT Patologia → ICD-O-3 vastaavuustaulu Suomen syöpärekisterin tiedonsiirtoihin
• Kolme muuta laboratorioiden tietojärjestelmien vakiointia tukevaa tietoaineistoa
• Ehdotukset jatkokehittämisen ja ylläpitoprosessin linjauksista
• Alustava versio perehdytys- ja koulutusmateriaalista
19

20. SNOMED CT toteutuksilla tavoiteltavat hyödyt
• Potilaan ongelmalista:
• Potilaan ongelmalista referenssimääritys tuottaa yhtenäisen käsitteistön ja terminologian
hoitoon johtavista tarpeista ja ongelmista. Sama käsite – omat termit potilaille,
hoitohenkilökunnalle ja lääkäreille yli erikoisala-, organisaatio- ja järjestelmärajojen
• Kertomustensa käytettävyyttä voidaan parantaa lisäämällä ammattilaisnäkymiin
otsikkotietoja, jotka ryvästävät samaan tarpeeseen / ongelmaan liittyvät merkinnät yli
organisaatiorajojen.
• Potilaan ongelmalista voidaan tuoda myös osaksi Kanta terveystietojen tietorakenteita.
• Valmistautuminen kansainvälisten tiedonsiirtostandardien hyödyntämiseen.
Ensimmäisenä ’ei-suunnitellun hoidon’ hoitoyhteenveto (International Patient Summary,
kehitteillä CEN-HL7)
(Huom. termi ’potilaan ongelmalista’ on herättänyt keskustelua kentällä – jo vuosia sitten esim. Epic järjestelmän käyttöönoton
yhteydessä. Tässä dokumentissa käytetään termiä ’potilaan ongelmalista’, koska se parhaiten vastaa englanninkielistä Problem
List –termiä eikä se sekoitu muihin käsitteisiin. Problem list on maailmalla varsin vakiintunut termi terveyskertomuksen
käsitteelle, joka ei ainakaan aivan sellaisenaan ole ollut käytössä Suomessa. Tärkeä on kuitenkin on todeta, että käsitteellisesti
’problem list’ ja ’diagnoosi’ ovat eri asioita. Samaten ’problem list’ ei ole sama kuin ’hoidon (pääasiallinen) syy’ tai ’hoidon tarve’.
Mikään ei estä käyttämästä ’problem list’ käsitteestä sellaista termiä, joka sopii kullekin käyttäjälle tai käyttäjäorganisaatiolle.)
28.10.2019 20

21. Potilaan ongelmalistan tavoitteet ja tuotokset
Tuotokset:
• Kansallisen jakelukeskuksen (NRC) Koodistopalvelimelta jaettavat tietoaineistot
• Potilaan ongelmalista tietoaineisto (ammattilais-, potilastermit suomeksi ja ammattilaistermit ruotsiksi)
• ICD-10 ja ICPC-2 siltaukset
• Hakukoneiden laatua parantavat hakuindeksit
• Alustava analyysi ja ehdotukset potilaan ongelmalista käsitteistön käyttötavoista
• Ehdotukset jatkokehittämisen ja ylläpitoprosessin linjauksista
• Alustava versio perehdytys- ja koulutusmateriaalista
21

22. SNOMED CT aineistojen käyttöönotto
31.10.2019
22

23. Käyttäjän rekisteröityminen SNOMED CT:n
käyttäjäksi
• Käyttöoikeuden hakeminen tapahtuu suoraan Snomed Int MLDS jakelupalvelimelle
(mlds.ihtsdotools.org/#/landing/FI)
• Palvelimella haetaan käyttöoikeutta, käyttäjätunnuksen edellytyksenä on Affiliate Licence
Agreementin (”kumppanin käyttöoikeussopimus”) hyväksyminen
• Kumppanin käyttöoikeus on maksuton niin kauan kuin Suomi on yhdistyksessä maajäsen.
Käyttäjän velvollisuus on raportoida vuosittain SNOMED CT käytöstä. Tämä tapahtuu myös em.
MLDS palvelimella.
• Maajäsenyyteen liittyy myös joukko ilmaisia e-learning kursseja, joista erityisesti Foundation
kurssi on suositeltava sellaiselle käyttäjälle, joka tarvitsee perustiedot SNOMED CT järjestelmän
periaatteista.
• Yksittäisiin määrityksiin perehtyminen on mahdollista SNOMED CT selaimelta:
browser.ihtsdotools.org (Huom. SNOMED CT perusteet e-learning kurssi kannattaa käydä läpi
etukäteen / rinnalla).
• Varsinaiset SNOMED CT aineistot saa käyttöönsä mlds-palvelimelta, josta alun perin
käyttöoikeuden hakeminenkin tapahtui. Aineistot ovat tekstimuotoisia relaatiokannan
lataustiedostoja. Latauksessa käytettävät SQL-skriptit löytyvät Githubin SNOMED CT sivuilta.
31.10.2019 23

24. 31.10.2019Etunimi Sukunimi 24
Kiitos! Kommentteja? Kysymyksiä?