Italian translation of the slides from my invited talk at the ANAFI Workshop in Cremona in February 2013.

1. John B. Cole
Animal Improvement Programs Laboratory
Agricultural Research Service, USDA
Beltsville, MD 20705-2350, USA
john.cole@ars.usda.gov
Uso e valore economico
dei test genomici in
azienda

2. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (2) Cole
Introduzione
 La selezione genomica aumenta la
risposta alla selezione.
 I tori sono stati genotipizzati prima per
una questione di costi
 Adesso sono state genotipizzate molte
più femmine che maschi.
 Come usare la genomica per migliorare
le proprie scelte in azienda?

3. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (3) Cole
Molti animali sono stati valutati
Data Valutazione (YYMM)
Genotypes
0
50000
100000
150000
200000
250000
1004 1008 1012 1104 1108 1112 1204 1208 1212
Bulls Cows
335,929 animali genotipizzati

4. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (4) Cole
Perchè sono importanti le scelte giuste?
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
2010 2011 2012
M:FP = prezzo di 1 kg di latte/
prezzo di 1 kg of
razione al 16% di proteina
Mese
RapportoPrezzo
lattealimento
Luglio 2012: Prezzi granaglie
Soia: $15.60/bu (€0.46/kg)
Mais: $ 7.36/bu (€0.23/kg)

5. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (5) Cole
Come funziona la selezione genetica
 ΔG = progresso genetico annuale
 reliability = misura della certezza con la quale
valutiamo un animale (genomica )
 selection intensity = quanto siamo “puntigliosi” nel
fare le nostre scelte selettive (la gestione può )
 genetic variance = variabilità osservata nella
popolazione dovuta alla genetica (non possiamo
modificarla molto)
 generation interval = tempo che passa tra 2 generazioni
(genomica )

6. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (6) Cole
Posso permettermi la genomica?
Numero di SNP 9K 50K 800K
Prezzo USA €32 €92 €184
Prezzo Internazionale €41 €100 €192

7. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (7) Cole
Quattro modi per usare la genomica
 Verifica parentela
 E’ davvero l’animale che penso sia?
 Pre-selezione o eliminazione
 Sto tenendo gli animali giusti?
 Accoppiamenti
 Come produrre i migliori vitelli/e
 Identificazione vacche di elite

8. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (8) Cole
…se l’ascendente mancante è stato genotipizzato:
92%
Animale
Mancante
Mancante
98%
100%
Se l’ascendente è stato genotipizzato, lo troviamo !

9. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (9) Cole
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
0-2
months
3-15
months
16-23
months
2 yr-
olds
3 yr-
olds
4 yr-
olds
5 yr-
olds
6 yr-
olds
7 &
older
73% hanno meno di 15 mesi di età!
Manze genotipizzate negli USA

10. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (10) Cole
Ora sappiamo quale manza è la migliore
La migliore
ha un PTA
NM$ di +868 e
REL di 73%.
La peggiore ha
un PTA NM$ di
+48 e una REL
di 68%.
PLANET ha 3,783 figlie
genotipizzate – quale volete nella
vostra azienda?

11. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (11) Cole
-600
-400
-200
0
200
400
600
Non è possibile conoscere il suo valore
genetico (Net Merit –NM$)
Senza pedigree, sono tutte uguali!
GeneticMeritforNM$
46 US Holsteins – genitori sconosciuti

12. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (12) Cole
-600
-400
-200
0
200
400
600
Variazione nel Valore Genetico (NM$)
dopo la genotipizzazione
GeneticMeritforNM$46 US Holsteins – animali genotipizzati

13. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (13) Cole
-600
-400
-200
0
200
400
600
Se eliminiamo il peggior 10%
La media dei rimanenti è di +$99.2 più
alta
GeneticMeritforNM$
I peggiori animali possono essere eliminati

14. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (14) Cole
Come scegliere gli accoppiamenti
 Scelte 3 aziende di US Jersey
 Confrontati gli accoppiamenti esistenti
con altri possibili
 Avremmo potuto scegliere meglio?
 I dati si riferiscono a 220
accoppiamenti effettivi ottenuti a
partire da 142 vacche/tori

15. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (15) Cole
Confronto con i veri accoppiamenti
 Utilizzate 3 strategie nella simulazione
 Piani di accoppiamento che usano EBV
tradizionali e genomici come descritto
da Pryce et al. (2012)
 Scelta del genitore con DGV + alto
 Numero massimo di figli/e per toro:10

16. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (16) Cole
Che tori erano disponibili?
Toriutilizzati
Vacche presenti
Vitelli genotipizzati
Ciascun toro viene
accoppiato con tutte
le vacche
Vitelli nati dagli
accoppiamenti reali.
Vitelli simulati

17. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (17) Cole
Indice genomico reale e consanguineità
Simile distribuzione dei
valori genomici (DGV)
Diverse distribuzioni delle
parentele – diversi gruppi di
tori

18. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (18) Cole
Cosa abbiamo imparato dagli esempi
 Ciascuna delle 3 aziende avrebbero
potuto fare scelte migliori
 Le differenze tra I metodi sono minime
 La consanguineità è sempre una
preoccupazione
 Negli USA, molti allevatori non usano un
programma di accoppiamento!

19. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (19) Cole
Scegliere gli animali di elite
 Genotipizzando le tue vacche saprai
quali animali poter contrattare come
madri di toro
 …saprai anche il valore degli embrioni
ottenuti da un flushing
 Vendere gli animali di elite può
rappresentare una fonte di ricavi
addizionale
http://vet.tufts.edu/tas/dairy_farm_
services/embryo_transfer_service.
html

20. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (20) Cole
Conclusioni
 Genotipizzare può aumentare il
progresso genetico
 Gli errori di paternità possono
essere corretti
 Le scelte selettive più accurate
possono far risparmiare denaro
 Migliore scelta degli accoppiamenti
produce migliori vitelli
 La genetica di elite può essere
commercializzata
http://houston.cowparade.com/cow/large/917

21. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (21) Cole
Ringraziamenti
Tom Lawlor
Holstein Association USA
Brattleboro, VT
Albert De Vries
Department of Animal Sciences
University of Florida, Gainesville, FL
Paul VanRaden, Dan Null, and Tabatha Cooper
Animal Improvement Programs Laboratory, ARS, USDA
Beltsville, MD

22. ANAFI Workshop, Cremona, Italy, 7 February 2013 (22) Cole
Domande?