1) O documento discute o uso de Python para informática de biodiversidade, incluindo bancos de dados, ferramentas de análise e aplicações. 2) Há grandes quantidades de dados sobre biodiversidade armazenados em formatos heterogêneos, e Python pode ajudar a integrar e analisar esses dados. 3) Ferramentas como BioPython, PyDELTA e e-Species usam Python para lidar com dados taxonômicos e de coleções biológicas.

3. Bioinformática x Informática para Biodiversidade Bioinformática Molecular Informática para Biodiversidade A idade da biologia molecular é virtualmente igual a dos computadores (ca. 50 anos); > 95% dos dados estão digitalizados A base de conhecimentos é 5X mais velha do que os computadores (ca. 250 anos); < 5% estão digitalizados Linguagem comum (i.e., ATGC, aminoácidos, etc.)‏ Linguagem imensamente complexa (pouca ou nenhuma padronização)‏ No mínimo $500Mi por ano gastos em bioinformática $50Mi por ano gastos em informática para biodiversidade pycon brasil 2008

4. Bioinformática pycon brasil 2008 informática para biodiversidade “ bioinformática” ecoinformática genômica proteômica

9. Photos: Chip Clark

11. Dados sobre Biodiversidade pycon brasil 2008 Family: Pyralidae Order: Lepidoptera Class: Insecta Genus: Ostrinia Hübner, 1825 Vernacular (FR): Pyrale du maïs Vernacular (ES): Piral del maíz Vernacular (DE): Maiszünsler Vernacular (EN): European Corn-borer Collection: DGH Lepidoptera Record id: DGHEUR_003217 Country: France Coordinates: 03.047˚E 48.730˚N Date: 28 June 2003 Collector: Donald Hobern Dados sobre espécimes e observações de coleta Nomes Taxonômicos Species: Ostrinia nubilalis (Hübner, 1796)‏ Synonym: Pyralis nubilalis Hübner, 1796 Foodplant: Zea mais L. 1753 Interações Ecológicas Locus: AAL35331 Definition: acyl-CoA Z/E11 desaturase 1 mvpyattadg hpekdecfed... Dados de Seqüências Average Rainfall Location: 48.82°N 2.29°E Jan Feb Mar Apr ... 182.3 120.6 158.1 204.9 ... Dados Abióticos Diagnosis: Wingspan 26-30mm; sexually dimorphic;male: forewings ochreous to dark brown; female: forewings pale yellow; … Descrições Taxonômicas Pheromones of Ostrinia http://www.nysaes.cornell.edu/fst/faculty/acree/pheronet/phlist/ostrinia.html Literatura Digital e Recursos Web

14. Matriz de Dados Biológicos ? = desconhecido, X = não-aplicável pycon brasil 2008

31. Anatomia do e-Species pycon brasil 2008

34. ECOLOG ECOLOG (1990-1993)‏ ECOLOG 2000 pycon brasil 2008

35. Croizat pycon brasil 2008 Matplotlib + Basemap Minimum Spanning Tree (Algoritmo de Prim)‏

36. Python in Biodiversity Informatics http://pybio.infobio.net pycon brasil 2008

38. Perguntas? pycon brasil 2008