O documento apresenta uma palestra sobre Bioinformática com Biopython. Resume os objetivos da palestra de incentivar o uso de Python em Bioinformática e otimizar tempo com Biopython. Descreve o que é Biopython, instalação, uso de objetos Seq e parsers Bio.SeqIO para lidar com formatos como FASTA e genbank. Apresenta exemplos de complementar sequências, tradução, alinhamentos, BLAST e visualização de dados.
2. Apresentação
• Nome: Marcos Castro
• Formação: Ciência da Computação.
• Obs.: espero não assassinar a Biologia...
• Grupo de Bioinformática Unifesp-SJC
• Apresentações toda sexta.
• O café do laboratório é famoso!
• Objetivos da palestra:
• Incentivar o uso de Python em Bioinformática.
• Uso de Biopython para otimizar o seu tempo.
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4. O que é Biopython?
• Conjuntos de ferramentas gratuitas para bioinformática.
• Site oficial: http://biopython.org/
• Código Biopython: https://github.com/biopython/biopython
• Biopython Tutorial: http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf
• Códigos da apresentação: https://github.com/marcoscastro/pybr11
• Slides: https://speakerdeck.com/marcoscastro/bioinformatica-com-biopython
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5. Instalação
• Suporte para diversos sistemas operacionais:
• http://biopython.org/wiki/Download
• Versões:
• http://biopython.org/DIST/
• Pelo pip:
• pip install biopython
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8. Transcrição
• Transcrição: onde tem “T” troca por “U” (recordando o ensino médio).
• IUPAC: define padrões de alfabetos para nucleotídeos/proteínas.
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9. Tradução
• De RNA para proteína:
• Tradução direta (DNA para proteína):
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10. Parsers – Bio.SeqIO
• O pacote BioSeqIO fornece suporte a vários formatos tais como fasta, fastq etc.
• FASTA
• Formato muito utilizado para armazenamento de sequências biológicas.
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29. Aprendendo Bioinformática
• Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython:
• http://www.amazon.com/dp/B015IK1C4O/
• Documentação Biopython:
• http://pydoc.net/Python/biopython/1.63
• Artigo Biopython:
• http://goo.gl/yYSyLs
• Rosalind:
• Aprenda Bioinformática resolvendo problemas.
• http://rosalind.info/
• Blog Bioinformática:
• http://bioinformatica.blog.br/
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30. Aprendendo Bioinformática
• An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Pavel Pevzner)
• Curso de Bioinformática com Python:
• https://goo.gl/kwiZf7
• Várias apresentações sobre temas relacionados à Bioinformática:
• https://speakerdeck.com/marcoscastro
• http://slideshare.net/mcastrosouza
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