SlideShare una empresa de Scribd logo
1 de 20
Descargar para leer sin conexión
Radial	
  distribu,onsfunk,on	
  	
  

       antal partikel-par med afstand r i simulationen
g(r) =
        antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
        1 N N dN(rij )
     =      ∑∑
       N par i j >i dN jævnt (rij )




                                                         For	
  den	
  blå	
  par-kel	
  er	
  	
  
                                                                  dN(r)	
  =	
  7	
  
                                                           (2	
  dimensionalt	
  eksempel)	
  




Image:	
  h<p://www.phy.cmich.edu/people/petkov/isaacs/phys/rdfs.html	
  
Hvordan	
  a3ænger	
  dN(r)	
  af	
  r	
  


                                                h>p://poll4.com	
  


                                MolstatA	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  grønne	
  linie	
  

                                MolstatB	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  røde	
  linie	
  

                                MolstatC	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  gule	
  linie	
  

                                MolstatD	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  ved	
  ikke	
  
Hvordan	
  a3ænger	
  dN(r)	
  af	
  r	
  


                                                h>p://poll4.com	
  


                                MolstatA	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  grønne	
  linie	
  

                                MolstatB	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  røde	
  linie	
  

                                MolstatC	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  gule	
  linie	
  

                                MolstatD	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  ved	
  ikke	
  
for	
  a	
  gas	
  
antal partikel-par med afstand r i simulationen
           g(r) =
                   antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
                   1 N N dN(rij )
                =      ∑∑
                  N par i j >i dN jævnt (rij )


                                      Hvad	
  er	
  Npar?	
  

h>p://poll4.com	
        MolstatA	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  N2	
  

                         MolstatB	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  N(N-­‐1)/2	
  

                          MolstatC	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  N(N-­‐1)	
  

                         MolstatD	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  ved	
  ikke	
  
antal partikel-par med afstand r i simulationen
           g(r) =
                   antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
                   1 N N dN(rij )
                =      ∑∑
                  N par i j >i dN jævnt (rij )


                                      Hvad	
  er	
  Npar?	
  

h>p://poll4.com	
        MolstatA	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  N2	
  

                         MolstatB	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  N(N-­‐1)/2	
  

                          MolstatC	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  N(N-­‐1)	
  

                         MolstatD	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  	
  ved	
  ikke	
  
antal partikel-par med afstand r i simulationen
g(r) =
        antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
        1 N N dN(rij )
     =      ∑∑
       N par i j >i dN jævnt (rij )

                                                                                    N
       Jævnt	
  stof	
  har	
  konstant	
  tæthed:	
   ρ =
                                                                                    V


                        ⎛ N⎞
dN jævnt (rij ) = V (r) ⎜ ⎟
                        ⎝V⎠

               V(r)	
  er	
  volumen	
  af	
  denne	
  skal:	
  




                                                          Image:	
  A.R.	
  Leach	
  Molecular	
  Modeling	
  
Hvad	
  er	
  volumen	
  af	
  denne	
  skal,	
  V(r)?	
  
                                                                      4 3
         Volumen	
  af	
  en	
  kugle	
  med	
  radius	
  r	
  er	
     πr
                                                                      3
          hint:
       4             4 3
V (r) = π (r + δ r) − π r
                   3

       3             3

             MolstatA	
                    V (r) ≈ 4π r 2δ r

                                                         4 2
             MolstatB	
                    V (r) ≈         πr δr
                                                         3
                                                  4 3
             MolstatC	
                    V (r) ≈ π r
                                                  3
             MolstatD	
                         Ved	
  ikke	
  



                                                                  Image:	
  A.R.	
  Leach	
  Molecular	
  Modeling	
  
Image:	
  A.R.	
  Leach	
  Molecular	
  Modeling	
  

                                    Hvad	
  er	
  V(r)?	
  
                                                                      4 3
         Volumen	
  af	
  en	
  kugle	
  med	
  radius	
  r	
  er	
     πr
                                                                      3
          hint:
       4             4 3
V (r) = π (r + δ r) − π r
                   3

       3             3

             MolstatA	
                    V (r) ≈ 4π r 2δ r

                                                         4 2
             MolstatB	
                    V (r) ≈         πr δr
                                                         3
                                                  4 3
             MolstatC	
                    V (r) ≈ π r
                                                  3
             MolstatD	
                         Ved	
  ikke	
  

             4 ⎛ 3                             ⎞ 4 3
      V (r) = π ⎜ r + 3r δ r + 3r(δ  + (δ r) ⎟ − π r
                        2
                               r) 
                                
                                     2       3

             3 ⎝                  0      0 ⎠
                                                 3
Radial	
  distribu,onsfunk,on	
  	
  


         antal partikel-par med afstand r i simulationen
g(r) =
          antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
          1 N N dN(rij )
    =
         N par
                 ∑ ∑ dN             (rij )
                 i   j >i   jævnt

       1 N N dN(rij )
    =      ∑ ∑ 4π r 2δ r ρ
      N par i j >i ij   ij
Hvilken	
  g(r)	
  forventer	
  du	
  for	
  faststof?	
  

A	
                      B	
                                         C	
  
Hvilken	
  g(r)	
  forventer	
  du	
  for	
  faststof?	
  

A	
                      B	
                                         C	
  
Images:	
  D.	
  Chandler	
  Introduc2on	
  to	
  
Modern	
  Sta2s2cal	
  Mechanics	
  
Hvilken	
  g(r)	
  forventer	
  du	
  for	
  væske?	
  

A	
                      B	
                                      C	
  
Hvilken	
  g(r)	
  forventer	
  du	
  for	
  væske?	
  

A	
                      B	
                                      C	
  
Hvilken	
  g(r)	
  forventer	
  du	
  for	
  gas?	
  

A	
                   B	
                                       C	
  
Hvorfor	
  går	
  g(r)	
  mod	
  1	
  for	
  stort	
  r?	
  
               antal partikel-par med afstand r i simulationen
        g(r) =
                antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
                1 N N dN(rij )
             =      ∑∑
               N par i j >i dN jævnt (rij )
               1 N N dN(rij )
            =      ∑∑
              N par i j >i 4π rij2δ rij ρ


A	
                                B	
                                        C	
  
Hvorfor	
  går	
  g(r)	
  mod	
  1	
  for	
  stort	
  r?	
  
       antal partikel-par med afstand r i simulationen
g(r) =
        antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
        1 N N dN(rij )
     =      ∑∑
       N par i j >i dN jævnt (rij )
        1 N N dN(rij )
     =      ∑∑
       N par i j >i 4π rij2δ rij ρ


   MolstatA	
        Når	
  rij	
  er	
  stor	
  er	
  par-kel	
  j	
  ikke	
  påvirket	
  af	
  par-kel	
  
                     i	
  ligesom	
  I	
  jævnt	
  stof,	
  så	
  dN	
  =	
  dNjævnt	
  


   MolstatB	
        Både	
  dN	
  og	
  dNjævnt	
  er	
  1	
  når	
  r	
  er	
  stort	
  


   MolstatC	
        g(r)	
  går	
  kun	
  mod	
  1	
  i	
  simula-oner,	
  fordi	
  vi	
  bruger	
  cutoff	
  

   MolstatD	
        ved	
  ikke	
  
Hvorfor	
  går	
  g(r)	
  mod	
  1	
  for	
  stort	
  r?	
  
       antal partikel-par med afstand r i simulationen
g(r) =
        antal partikel-par med afstand r i jævnt stof
        1 N N dN(rij )
     =      ∑∑
       N par i j >i dN jævnt (rij )
        1 N N dN(rij )
     =      ∑∑
       N par i j >i 4π rij2δ rij ρ


   MolstatA	
        Når	
  rij	
  er	
  stor	
  er	
  par-kel	
  j	
  ikke	
  påvirket	
  af	
  par-kel	
  
                     i	
  ligesom	
  I	
  jævnt	
  stof,	
  så	
  dN	
  =	
  dNjævnt	
  


   MolstatB	
        Både	
  dN	
  og	
  dNjævnt	
  er	
  1	
  når	
  r	
  er	
  stort	
  


   MolstatC	
        g(r)	
  går	
  kun	
  mod	
  1	
  i	
  simula-oner,	
  fordi	
  vi	
  bruger	
  cutoff	
  

   MolstatD	
        ved	
  ikke	
  

Más contenido relacionado

Más de molmodbasics

Teaching Tools and Tips
Teaching Tools and TipsTeaching Tools and Tips
Teaching Tools and Tips
molmodbasics
 
Peer instruction questions on thermodynamics part 1
Peer instruction questions on thermodynamics part 1Peer instruction questions on thermodynamics part 1
Peer instruction questions on thermodynamics part 1
molmodbasics
 

Más de molmodbasics (20)

Chemical Space Exploration
Chemical Space ExplorationChemical Space Exploration
Chemical Space Exploration
 
ChemRxiv, Plan S, and OA publishing
ChemRxiv, Plan S, and OA publishingChemRxiv, Plan S, and OA publishing
ChemRxiv, Plan S, and OA publishing
 
A Quantum Chemist Meets Cheminformatics
A Quantum Chemist Meets CheminformaticsA Quantum Chemist Meets Cheminformatics
A Quantum Chemist Meets Cheminformatics
 
Can We Automate Computational Studies of Enzymes? Lessons from Small-Molecul...
Can We Automate Computational Studies of Enzymes?  Lessons from Small-Molecul...Can We Automate Computational Studies of Enzymes?  Lessons from Small-Molecul...
Can We Automate Computational Studies of Enzymes? Lessons from Small-Molecul...
 
Open is Better
Open is BetterOpen is Better
Open is Better
 
Proteiner du kan regne med
Proteiner du kan regne med Proteiner du kan regne med
Proteiner du kan regne med
 
Using semiempirical methods for fast and automated predictions
Using semiempirical methods for fast and automated predictionsUsing semiempirical methods for fast and automated predictions
Using semiempirical methods for fast and automated predictions
 
Jan H. Jensen: profile
Jan H. Jensen: profileJan H. Jensen: profile
Jan H. Jensen: profile
 
Why I blog
Why I blogWhy I blog
Why I blog
 
Why I tweet
Why I tweetWhy I tweet
Why I tweet
 
Can semiempirical methods be used for high throughput screening (for enzyme m...
Can semiempirical methods be used for high throughput screening (for enzyme m...Can semiempirical methods be used for high throughput screening (for enzyme m...
Can semiempirical methods be used for high throughput screening (for enzyme m...
 
Thermodynamics for Biochemists: a YouTube textbook
Thermodynamics for Biochemists: a YouTube textbookThermodynamics for Biochemists: a YouTube textbook
Thermodynamics for Biochemists: a YouTube textbook
 
Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodyn...
Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodyn...Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodyn...
Predicting accurate absolute binding energies in aqueous solution: thermodyn...
 
I lecture nomore
I lecture nomoreI lecture nomore
I lecture nomore
 
Teaching Tools and Tips
Teaching Tools and TipsTeaching Tools and Tips
Teaching Tools and Tips
 
Short answer questions on thermodynamics
Short answer questions on thermodynamicsShort answer questions on thermodynamics
Short answer questions on thermodynamics
 
Different kinds of peer instruction questions for thermodynamics
Different kinds of peer instruction questions for thermodynamicsDifferent kinds of peer instruction questions for thermodynamics
Different kinds of peer instruction questions for thermodynamics
 
Teaching Tools and Tips
Teaching Tools and TipsTeaching Tools and Tips
Teaching Tools and Tips
 
Quantum Biochemistry: the rise of semiempirical methods
Quantum Biochemistry: the rise of semiempirical methodsQuantum Biochemistry: the rise of semiempirical methods
Quantum Biochemistry: the rise of semiempirical methods
 
Peer instruction questions on thermodynamics part 1
Peer instruction questions on thermodynamics part 1Peer instruction questions on thermodynamics part 1
Peer instruction questions on thermodynamics part 1
 

Peer instruction questions for radial distribution functions

  • 1. Radial  distribu,onsfunk,on     antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) For  den  blå  par-kel  er     dN(r)  =  7   (2  dimensionalt  eksempel)   Image:  h<p://www.phy.cmich.edu/people/petkov/isaacs/phys/rdfs.html  
  • 2. Hvordan  a3ænger  dN(r)  af  r   h>p://poll4.com   MolstatA                grønne  linie   MolstatB                        røde  linie   MolstatC                          gule  linie   MolstatD                            ved  ikke  
  • 3. Hvordan  a3ænger  dN(r)  af  r   h>p://poll4.com   MolstatA                grønne  linie   MolstatB                        røde  linie   MolstatC                          gule  linie   MolstatD                            ved  ikke  
  • 5. antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) Hvad  er  Npar?   h>p://poll4.com   MolstatA                                    N2   MolstatB              N(N-­‐1)/2   MolstatC                    N(N-­‐1)   MolstatD                ved  ikke  
  • 6. antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) Hvad  er  Npar?   h>p://poll4.com   MolstatA                                    N2   MolstatB              N(N-­‐1)/2   MolstatC                    N(N-­‐1)   MolstatD                ved  ikke  
  • 7. antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) N Jævnt  stof  har  konstant  tæthed:   ρ = V ⎛ N⎞ dN jævnt (rij ) = V (r) ⎜ ⎟ ⎝V⎠ V(r)  er  volumen  af  denne  skal:   Image:  A.R.  Leach  Molecular  Modeling  
  • 8. Hvad  er  volumen  af  denne  skal,  V(r)?   4 3 Volumen  af  en  kugle  med  radius  r  er   πr 3 hint: 4 4 3 V (r) = π (r + δ r) − π r 3 3 3 MolstatA   V (r) ≈ 4π r 2δ r 4 2 MolstatB   V (r) ≈ πr δr 3 4 3 MolstatC   V (r) ≈ π r 3 MolstatD   Ved  ikke   Image:  A.R.  Leach  Molecular  Modeling  
  • 9. Image:  A.R.  Leach  Molecular  Modeling   Hvad  er  V(r)?   4 3 Volumen  af  en  kugle  med  radius  r  er   πr 3 hint: 4 4 3 V (r) = π (r + δ r) − π r 3 3 3 MolstatA   V (r) ≈ 4π r 2δ r 4 2 MolstatB   V (r) ≈ πr δr 3 4 3 MolstatC   V (r) ≈ π r 3 MolstatD   Ved  ikke   4 ⎛ 3 ⎞ 4 3 V (r) = π ⎜ r + 3r δ r + 3r(δ  + (δ r) ⎟ − π r 2 r)    2 3 3 ⎝ 0 0 ⎠ 3
  • 10. Radial  distribu,onsfunk,on     antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = N par ∑ ∑ dN (rij ) i j >i jævnt 1 N N dN(rij ) = ∑ ∑ 4π r 2δ r ρ N par i j >i ij ij
  • 11. Hvilken  g(r)  forventer  du  for  faststof?   A   B   C  
  • 12. Hvilken  g(r)  forventer  du  for  faststof?   A   B   C  
  • 13. Images:  D.  Chandler  Introduc2on  to   Modern  Sta2s2cal  Mechanics  
  • 14. Hvilken  g(r)  forventer  du  for  væske?   A   B   C  
  • 15. Hvilken  g(r)  forventer  du  for  væske?   A   B   C  
  • 16. Hvilken  g(r)  forventer  du  for  gas?   A   B   C  
  • 17.
  • 18. Hvorfor  går  g(r)  mod  1  for  stort  r?   antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i 4π rij2δ rij ρ A   B   C  
  • 19. Hvorfor  går  g(r)  mod  1  for  stort  r?   antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i 4π rij2δ rij ρ MolstatA   Når  rij  er  stor  er  par-kel  j  ikke  påvirket  af  par-kel   i  ligesom  I  jævnt  stof,  så  dN  =  dNjævnt   MolstatB   Både  dN  og  dNjævnt  er  1  når  r  er  stort   MolstatC   g(r)  går  kun  mod  1  i  simula-oner,  fordi  vi  bruger  cutoff   MolstatD   ved  ikke  
  • 20. Hvorfor  går  g(r)  mod  1  for  stort  r?   antal partikel-par med afstand r i simulationen g(r) = antal partikel-par med afstand r i jævnt stof 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i dN jævnt (rij ) 1 N N dN(rij ) = ∑∑ N par i j >i 4π rij2δ rij ρ MolstatA   Når  rij  er  stor  er  par-kel  j  ikke  påvirket  af  par-kel   i  ligesom  I  jævnt  stof,  så  dN  =  dNjævnt   MolstatB   Både  dN  og  dNjævnt  er  1  når  r  er  stort   MolstatC   g(r)  går  kun  mod  1  i  simula-oner,  fordi  vi  bruger  cutoff   MolstatD   ved  ikke