O documento discute o câncer, seu diagnóstico e tratamento. Também descreve as atividades do Hospital A.C. Camargo em informática médica e bioinformática, incluindo o gerenciamento de projetos de pesquisa, banco de tumores e prontuários eletrônicos.
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Hospital A.C. Camargo
Bairro da Liberdade, São
Informática Médica e Paulo
Centro de referência em
Bioinformática Câncer
A experiência do Hospital A.C. Camargo 61.000 pacientes
atendidos em 2008
11.000 novos casos de
câncer
Pós graduação nota 7
Diogo F. C. Patrão CAPES
O Câncer Diagnóstico/Tratamento
Neoplasia maligna Nos EUA, 25% das mortes Fatores ambientais
é causada por câncer
Crescimento, divisão de Fatores genéticos
células no corpo sem H: Próstata, Pulmão e
Fatores hereditários
controle Colorretal
Idade, hábitos
Destruição de tecidos M: Mama, Pulmão e
adjascentes Colorretal Quimioterapia
Fixação à distância Completa remissão é rara, Radioterapia
(metástase) sobrevida é curta
Hormonioterapia
Cada tipo de câncer tem
características diferentes Cirurgia
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Pesquisa LBHC
Diagnóstico: quais fatores determinam como o
desfecho do caso? Como adiantar o diagnóstico o
Laboratório
máximo possível?
de
Tratamento: qual funciona melhor? É melhor que
deixar o paciente sem tratamento? Biotecnologia
Qualidade de vida: como aumentar o conforto do do
paciente? Fatores emocionais interferem?
Hospital
do
Câncer
Diogo F C. Patrão
. Curriculum
Desenvolvedor de software freelancer desde
9 trabalhos publicados em revistas indexadas no
1996 PubMed
Bacharel em física pela USP (2003)
Aulas ministradas sobre bioinformática na pós
Ingresso em 2004 no Instituto Ludwig de graduação da Medicina e Biologia/USP.
Pesquisa Sobre o Câncer como Programador
Jr.
Membro titular do Comitê de Ética em Pesquisa do
Transferência em 2005 para o Hospital A.C. Hospital A.C. Camargo
Camargo como Assessor Estatístico.
Coordenador de Informática Médica em 2007 Participante do projeto INCiTO – Instituto Nacional
Gerente de Informação Científica em 2009
de Ciência e Tecnologia em Oncogenômica
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L?HC
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Nota de rodapé
Coringa
Anonimização
O que é biotecnologia?
Bioinformática?
Ciência ou apoio a ciência?
Pesquisadores ou técnicos?
Cadeia de valor na ciência
Dados sobre a amostra
Coleta da amostra
Armazenamento
Preparação
Processamento
Obtenção do resultado
Processamento do
resultado
Analise final
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Para fazer o processo
Cientista chefe do laboratório
Técnico biólogo para coletar as amostras e dados,
e lidar com os aparelhos
Técnico bioinformata para rodar as análises e
gerenciar os dados e resultados parciais
Estatístico / Cientista bioinformata para planejar o
experimento e escolher as ferramentas de análise
Técnicos de TI: computador, sistema operacional,
rede, impressora, telefone
Mais ainda! 1ª. Lei da Bioinformática
Departamento de compras:
reagentes, máquinas,
servidores
Pessoal: contratação, ∀xBioInfo(x) ∧¬TI(x)
salários, aumentos,
produtividade, demissão, ∀xTI(x) ∧¬BioInfo(x)
processos
Manutenção: ar
condicionado, água, luz,
no-break, ratos, pia,
Bioinformática não é TI, e
banheiro € vice-versa.
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Bioinformática vs TI LBHC’2004
Arquitetura de rede Linguagem de Banco de tumores (afabri)
programação
Cabeamento/Internet CloneDB e Pipeline (chuck)
Bibliotecas de análise de
Instalar Windows/linux ArrayManager (luizpcam)
dados
Formatar/Configurar Power!Array (djogo)
Interface com
Escolher e comprar equipamentos de análise
computador Escolher e adaptar Outros integrantes:
Manutenção de software e métodos
Coordenação (helena)
equipamento quebrado Interagir com biólogos,
médicos e a TI Estatístico (ctorres)
Pesquisador (eabrantes)
Prontuário Eletrônico Dificuldades
Informação médica é difícil
Motivações de modelar
Pesquisa clínica Não há consenso sobre
vocabulário utilizado
Pesquisa biomoléculas (médicos não usam)
Há conceitos em medicina
Administração que tem intersecção de
significado
Atendimento médico
É mais fácil escrever por
extenso!
Tudo isso complica a busca
e reaproveitamento dos
dados
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E os prontuários em papel? Apoio à ciência
1953-2007 – mais de 50 mil pacientes!
Integração entre sistemas LBHC-DEV
divisão de informação médica
Alambique Pinga Projetos – Trâmite e avaliação de projetos de
Bancos comuns Informação específica
pesquisa no HACC
Pinga – amostras Pinga - projetos Pinga Biobank – Gestão do banco de tumores
XUSD
congelados, parafina, RNA, DNA e sangue
SAME2
Oncotree Oncotree – Cadastro de estrutura familial integrada
a informação clínica
Login LBHC SAME2 – Agendamento de consulta a prontuários
XUSD – Dados clínicos para pesquisa
Usuários CID10 CID-O Países ...
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Pinga Projetos
Cadastro de projetos de ciência desenvolvidos no
Pinga Projetos
Hospital A.C. Camargo Objetivos Empecilhos
Reflete as políticas e regulamentações do CEP Facilitar a submissão de Regulamentação não
projetos permite entrega de
(Comitê de Ética em Pesquisa) e CONEP (Comissão documentos com assinatura
Nacional de Ética em Pesquisa) Melhorar as estatísticas e eletrônica
controle da direção
Acessível pela intranet do Hospital Muita regulamentação
interna tem que mudar
Processo de aprovação é
regulado por órgão federal
Pesquisador
Pinga Projetos – características
Elaboração do
projeto
Escritório de Avaliação
Checklist de documentos baseado nos atributos financeira e
projetos doc.
Gerador automático de documentos
Escolha da
Vínculo com cadastro de pesquisadores comissão
competente
Vínculo com pubmed para cadastrar papers
CEP Atribuição de
relator
Solicitação de
parecer parcial
para outra
Cadastro do comissão
parecer
Cadastro da
decisão final Aprovado, Em pendência,
Não aprovado
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Em implementação Same2
Adequação a projetos avaliados pelo CEUA (Comitê Solicitação de prontuários para pesquisa
de Ética em Uso de Animais)
Prontuários em papel ou microfilme
Projetos temáticos e afiliados (sem aprovação)
Autorização de acesso aos documentos pelo Pinga
Cartas-respostas do CEP e outros comitês (toda a Projetos ou Carta de Autorização
comunicação entre comissões e pesquisador)
Relatórios de acompanhamento (depois da
aprovação)
Integração com Plataforma Brasil – Ministério da
Saúde
Pinga biobank
Cadastro de tecido congelado, parafinado, sangue,
RNAe DNA
Cadastro de informações sobre tecidos e pacientes
Gestão de pedidos e fornecimento de alíquotas de
moléculas
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Request for project and on-demand
Sample acquisition and storage extraction of RNA/DNA
Sample request
(no RNA/DNA
on bank)
Surgery Tumor Cut samples
Preliminary AP
Frozen Ossue MicrodissecOon
diagnosis
withdraw
Request (RNA/
Researcher DNA on bank) RNA/DNA
extracOon
DefiniOve storage Store in tube then Final AP
at ‐160C snap freeze diagnosis
Aliquot for
Processes fully covered by Biobank
project RNA/DNA
(by Desktop or Mobile staOon)
storage
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XUSD Oncotree
Cadastro de informações clínicas Cadastro de árvores familiares
Reunir dados para pesquisa científicas Estudo de síndromes hereditárias
Prioridades: Busca, Flexibilidade, Integração Em especial, síndromes relacionadas a câncer
Escopo: dados de pacientes interessantes para
pesquisa
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Projetos Dados clínicos
http://www.lbhc.hcancer.org.br/wiki/ Prontuário, anotações de tratamento, exames
suporte@lbhc.hcancer.org.br
Resumos, levantamentos para pesquisa
Legado: papel, microfilmes, fichas
Prontuário familiar
Dados de autoexame
Como coletar? Como armazenar?
Qual a interface ideal para Modelagem tradicional de Quase totalidade dos
o atendimento médico ? banco de dados: rápido de softwares clínicos usa
gravar e buscar, mas difícil modelagem tradicional.
Texto livre ou campos de mudar
detalhados? A modelagem XML é mais
Modelagem XML de flexível, mas ainda requer
Como disponibilizar a bancos: não tão rápido um expert para organizar o
informação? para gravar, lento para conhecimento médico.
buscar, flexível
Arquétipos: iniciativa para
Linguagem médica é de normatizar a modelagem
difícil compreensão para do prontuário
leigos colaborativamente
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Metadados Como disponibilizar?
Quais pacientes tiveram Quais dados são Qual a melhor forma de
câncer de mama no ano necessários durante organizar o dado?
passado? um atendimento
Como dar conta das
CID10: C50 um exame preferências de cada
um relatório médico médico e especialidade?
CIDO:M8012/2 um resumo de alta
Texto: “CDI” ou “Tu ma” ou uma internação
“CA ma” uma cirurgia
E para os
departamentos de
apoio?
Quantas perguntas no
Quanto dura uma consulta? prontuário ideal?
30 minutos 90-200
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Otimizar! 1ª lei da informática médica
Não basta ser possível
O prontuário tem que ser eficiente
∀xIM(x) ∧¬TI(x)
Prover os dados que o médico (e todo o resto)
precisa ∀xTI(x) ∧¬IM(x)
Não dificultar o atendimento
€
Oportunidades
Bioinformática e Informática médica
Desenvolvimento de software XP
Gestão de projetos científicos
Finanças e produtividade
Planejamento estratégico
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