Las funciones de archivo en PHP incluyen fopen() para abrir archivos, fclose() para cerrar archivos, fread() para leer partes de un archivo y fwrite() para escribir en archivos. Otras funciones como chdir() cambian el directorio de trabajo actual, mkdir() crea nuevos directorios y rmdir() elimina directorios. Los nombres y ubicaciones de archivos y directorios se especifican como parámetros en estas funciones.