María del Refugio Aguilar sintió que su vida se estaba apagando a causa de una enfermedad. A pesar de su debilidad, continuó guiando a las hermanas con fortaleza y resignación hasta sus últimos días. Después de meses padeciendo fiebre y malestar general, desarrolló bronconeumonía y nefritis, lo que ocasionó la hinchazón de su cuerpo. El 24 de abril de 1937, María del Refugio falleció placidamente.